XVI в. среднее число парламентариев равнялось шестидесяти[82], хотя в определенных чрезвычайных случаях, как это было, например, в 1563 г., среди парламентариев насчитывалось 53 представителя духовенства, 51 пэр, 44 городских депутатов и неопределенное количество баронов[83].
Гражданская война 1567–1573 гг. и последующее десятилетие политической нестабильности показали, что парламент может быть орудием в руках фракций, поведение которых определялось принадлежностью к религиозным группировкам, политической идеологией, отношениями с королевской властью, а также интересами кровной вражды. В особенной мере это продемонстрировали парламенты 1567 г. В то время как депутаты сессии, собранной в апреле, посредством серии законопроектов попытались закрепить власть Марии, в декабрьском парламенте большинство составляли противники королевы, которые передали власть Джеймсу VI и приняли ряд законов, направленных на закрепление реформационных положений 1560 г. Политическая нестабильность обуславливала тот факт, что в период с 1567 по 1584 гг. шотландский парламент созывался как никогда часто – в это время было собрано 12 заседаний ассамблеи, и около 17 раз созывалась конвенция сословий. Только за время 1571–1573 гг., период апогея гражданской войны, парламент собирался 5 раз. В мае 1571 г. партия Джеймса собрала т. н. «ползающий парламент», название которого произошло от того унизительного факта, что депутаты должны были пригнувшись пробираться на заседания ассамблеи в Канонгейте, близ Эдинбурга, подвергаемого пушечному обстрелу со стороны противников; в следующем месяце парламент собрала партия королевы[84]. Хотя в регентство Моргана на протяжении 1573–1578 гг. удалось достичь определенной стабильности, его правление подвергалось критике за то, что он правил единолично, не проводя консультаций с представителями других политических сил. Окончание его регентства в 1578 г. было ознаменовано тем, что королевство вновь было ввергнуто во фракционное противостояние, в котором парламент использовался как основное средство борьбы.
В годы реформации парламент стал ареной борьбы различных религиозных группировок. Законодательство 1560 г. было ратифицировано в декабре 1567 г., сразу же после отречения Марии, однако даже это не решило тонкого вопроса о взаимоотношениях церкви и короны. Проблема отношений короны, церкви и парламента оставалась не решена вплоть до 1689 г. Джон Нокс и его сподвижники, отстаивая идею превосходства божественной власти, особо апеллировали к парламенту, который наиболее полно, по их мнению, мог отражать эту идею на политическом уровне[85]. В мае 1584 г. парламент принял т. н. «Черный акт», признающий супрематию короны, и хотя протестантские лидеры, вроде Эндрю Мельвилля, критиковали эрастианскую[86] природу закона 1584 г., даже они вынуждены были признать необходимость превосходства светской власти, правда, в лице парламента, которая должна была обеспечивать политическую поддержку реформации[87].
Результатом