Государя говорить, в присутствии оставшегося в салоне морского министра, доложил следующее: «Я имею сведения, что в Ставке недовольны деятельностью моего начальника штаба и флаг-капитана, и мне предлагают их сменить. Но за боевую деятельность флота, Вашим Величеством мне вверенного, отвечаю я один. И если это недовольство действительно существует, я Всеподданнейше прошу Ваше Величество меня заменить, и ради блага России и пользы флота буду считать это Высочайшей мне милостью». Государь был удивлен и спросил А.А., откуда у него эти сведения. А.А. ответил: «Мне сообщил это Генерал-Адъютант Григорович». Тогда Государь, обернувшись к Адмиралу Григоровичу, спросил морского министра, откуда он это знает, и прибавил: «Я только что сам был в Ставке, и Великий Князь мне ничего по этому поводу не говорил». Адмирал Григорович ответил, что об этом много говорят в Петербурге. На это Государь возразил: «Иван Константинович, нельзя же всякому вздору верить». И, обращаясь к А.А., прибавил: «Я вполне вам доверяю и доволен вами и деятельностью флота, о чем можете объявить в приказе». Вопрос был исчерпан, а флот на следующий день снова вышел в море».
Капитан 1-го ранга В.М. Альтфатер, перебравшийся в Морской отдел Ставки и заведовавший там балтийскими делами, усиленно продвигал Непенина, рассчитывая, видимо, в дальнейшем на поддержку этого бесхитростного и порядочного человека. Хотя, как считал Тимирев, более подходящим кандидатом на пост командующего Балтийским флотом был Колчак. Черномрским направлением в Ставке заведовал капитан 1-го ранга А.Д. Бубнов, в будущем – известный теоретик и историк военно-морского искусства. Он-то и продвигал туда своего друга Колчака.
В своей книге воспоминаний А.Д. Бубнов пишет: «К осени 1916 года операции эти (имеются в виду операции Черноморского флота под командой Эбергарда. – В.Ш.) привели к разрушению копей и портовых сооружений Зангулдака и к уничтожению всех паровых и более или менее значительных парусных судов турецкого торгового флота, последствием чего явилось полное прекращение снабжения Константинополя углем, а турецкой армии – боевыми запасами по морю. Это чрезвычайно затруднило и так уже тяжелое положение Турции и турецко-германского флота, ибо впредь пришлось доставлять уголь по уже сильно обремененной железной дороге из Германии, а снабжение Анатолийской армии боевыми запасами производить на расстоянии тысячи километров сухим путем без железных дорог. Однако, несмотря на наличие в составе Черноморского флота новых мощных броненосцев, набеги немецких крейсеров на кавказское побережье продолжались, ибо наши броненосцы были тихоходные и не могли их настичь. Набеги эти послужили в течение зимы 1915/16 года предметом резких жалоб наместника на Кавказе великого князя Николая Николаевича верховному командованию и раздражали общественное мнение. Набеги эти могли быть прекращены лишь путем тесной блокады или минирования Босфора. Но, несмотря на повторные указания верховного командования командующему Черноморским