Соузы в какой-то мере смягчались деятельностью прибывших с ним иезуитских миссионеров, главой которых был Мануэл да Нобрега, происходивший из знатной сановной семьи. Иезуитов пригласил в Бразилию король Жуан Третий, придававший первостепенное значение обращению туземных жителей в христианство. Примечательно, что в самом начале колонизации индейцев считали дикарями, неспособными воспринять христианское учение, но в 1537 году папа римский Павел Третий издал буллу[10], в которой коренные жители Америки признавались «настоящими людьми», могущими стать добрыми христианами.
Иезуиты оставили о себе добрую память. В отличие от фазендейро, они не стремились закабалять или порабощать индейцев, обучали их грамоте и ремеслам, справедливо оплачивали их труд, бесплатно лечили и предоставляли выходные по воскресным и праздничным дням. В миссиях устанавливалось самоуправление – так индейцев приучали к административной деятельности. Помимо общей земли, доход с которой шел на обеспечение существования миссии, каждой индейской семье выделялся земельный участок, урожай с которого был собственностью этой семьи. Иногда миссионерам ставят в вину ограничение свободы их подопечных, которым запрещалось выходить за пределы миссий, но это ограничение было вынужденным и делалось для того, чтобы соплеменники-язычники не сбивали новообращенных христиан с избранного пути.
Деятельность иезуитов вызывала большое недовольство у фазендейрос[11], которые считали, что святые отцы «портят» индейцев, поднимая их на одну ступень с белыми людьми. Нередко дело доходило до нападений на миссии, которые, по сути, превращались в столкновения между индейцами – одни шли на поводу у фазендейрос, а другие защищали свою миссию. Противоречия между светской знатью и духовенством обострились в 1553 году, когда на место отозванного в Лиссабон Томе де Соузы прибыл Дуарте да Кошта. Глава епархии Сан-Сальвадор-де-Баия Перо Сардинья, обладавший прямым и независимым характером, позволил себе публичную критику поведения губернаторского сына Альваро да Кошты, после чего губернатор и епископ вступили в открытую конфронтацию. Теперь уже фазендейрос громили миссии с одобрения губернатора, помогая ему в борьбе с епископом и всем духовенством. Конфликт предсказуемо закончился победой светской власти над духовной. В июне 1556 года епископ отбыл в Лиссабон, чтобы найти защиту у короля, но корабль, на котором он плыл, потерпел крушение у северо-восточного побережья Бразилии. Троим морякам удалось спастись, а все остальные, включая и несчастного епископа, были съедены индейцами (так, во всяком случае, рассказали спасшиеся).
Одной из миссий, основанных Мануэлем да Нобрегой при содействии его ближайшего помощника Жозе ди Аншиеты, стала коллегия Сан-Паулу-душ-Кампуш-ди-Пиратининга, первую мессу в которой отслужили 25 января 1554 года. Со временем небольшое поселение выросло в город Сан-Паулу, численность населения которого (вместе с пригородами) превышает двадцать миллионов человек.