Каллай считал высокообразованное и прошедшее строгий отбор чиновничество. Если османы в управлении Боснийского вилайета обходились 120-ю чиновниками, то у Австро-Венгрии в 1881 г. их было 600, в 1897–7379, во время аннексии их число достигло 953910. Так новое владение Австро-Венгрии постепенно превращалось в колонию, в которой правили чиновники. Если до 1878 г. доминирующими представителями общественно-политической и культурной элиты всех национальных сообществ БиГ являлось духовенство, то после ее подчинения Австро-Венгрии и проникновения буржуазно-либеральных идей роль духовной иерархии начала падать: образованные чиновники и преподаватели занимали главные места в администрации и просветительно-образовательных учреждениях. В первую очередь вытеснялось мусульманское (ислам постепенно терял привилегированный статус) и православное духовенство. Католицизм, напротив, приобретал позиции государственного вероисповедания.
Внушительный слой бюрократии позволил Каллаю перейти к реализации концепции просвещенного абсолютизма: править без народа, одновременно, сообразуясь с интересами монархии и возможностями боснийских финансов, сближая социально-экономические условия БиГ с общеимперскими, подготавливая тем самым почву для перехода от оккупации к аннексии.
Тогда было определено новое направление деятельности, связанное с изменением самосознания местного населения. Сербов в БиГ насчитывалось явное большинство (первая австро-венгерской перепись 1879 г. показала, что из 1 158 164 чел., населяющих БиГ, православные сербы составляют большинство – 496 485 чел.11), и под руководством Каллая все усилия австро-венгерской власти направлялись на создание интерконфессиональной «боснийской нации», которая бы под одним названием объединила все три религиозно-этнические группы БиГ. Единственным «успехом» на этом поприще можно отметить тот факт, что газета «Бошняк», редактором которой был Мехмед-бег Капетанович, в 1891 г. перешла на позиции отстаивания особой общебоснийской национальной идеи. Однако Капетанович встретил шквал критики со стороны сербских и хорватских печатных изданий не только в Боснии и Герцеговине, но и в Сербии, Воеводине, Хорватии и Далмации. Мусульманское население БиГ также не принимала идеи Капетановича, считая его «коллаборационистом», а молодая мусульманская интеллигенция и вовсе отказалась от какого бы то ни было сотрудничества с ним. Так бесславно в конце XIX в. закончилась попытка австрийской власти создать в Боснии альтернативу прежде всего сербскому национальному движению.
Несмотря на поражение, Каллай не уменьшил давление на сербов, продолжив наступление на права православной общины, унаследованные ею от османских времен. Сербы в БиГ, со своей стороны, в 1896 г. развернули движение за свою церковно-школьную автономию. Во главе движения стал неформальный комитет, членами которого были Г. Ефтанович, В. Шола, В. Радович, Л. Йованович, П. Дрляча и К. Куюнджич. В 1898 г. они составили проект устава церковной и школьной