Mõned julgeolekutöötajad arreteeriti juurdluses „ebaõigete” meetodite kasutamise eest.
Moldaavias korraldati kohtuprotsess vabariikliku NKVD töötajate üle, keda süüdistati provokatsioonide kasutamises uurimise käigus, arreteeritult valetunnistuste väljapressimises ja ülekuulamisprotokollide võltsimises. Arreteeriti ka sealne rahvakomissar, julgeoleku kapten Ivan Širokov. Ta sooritas vanglas enesetapu.
Kõike seda, mis julgeolekuorganeis toimus, teati poliitbüroos vägagi hästi. Aeg-ajalt korraldati ka näitlikke kontrollreide.
1. veebruaril 1939 kandis NSVL prokurör Võšinski Stalinile ja Molotovile ette tõsistest kuritegudest, mida olid pannud toime mitmed Vologda oblasti siseasjade valitsuse töötajad ja mida Vologda oblastikomitee sekretäri palvel uuris sõjaväe peaprokuratuur.
Nad „koostasid võltsitud protokolle süüdistatavate ülekuulamise kohta, kes olevat tunnistanud end süüdi rasketes riiklikes kuritegudes… Niiviisi fabritseeritud kohtuasju arutati kohtuväliselt Vologda oblasti siseasjade valitsuse juures tegutsevas troikas, maha lasti üle saja inimese… Ülekuulamise ajal käituti metsikult, ülekuulatavaid piinati kõige erinevamal moel. Asi läks nii kaugele, et need uurijad tapsid ülekuulamise ajal neli inimest.”
Võšinski selgitas, et nende kuritegude eest on arreteeritud kümme tšekisti. Ta tegi ettepaneku „kuulata seda kohtuasja Leningradi sõjaväeringkonna sõjaväetribunali kinnisel istungil, millest võtaksid siiski osa üksikud Vologda NKVD valitsuse ja Vologda prokuratuuri töötajad”.
Nagu tavaliselt, oli ka sellel protsessil kohtuotsus juba ette teada: „Soovitan süüalustele Vlassovile, Lebedevile ja Roskurjakovile, kes olid nimetatud kuritegude algatajad ja organiseerijad, mõista kõrgeim karistusmäär – mahalaskmine, ülejäänutele aga pikaajaline vabadusekaotus.”
1939. aastal vabastati laagritest 223 600 inimest, kolooniatest aga 103 800 inimest.
Kuid sama aja jooksul arreteeriti 200 000 inimest, arvestamata pärast Poola jagamist 1939. aasta sügisel Valgevene ja Ukraina läänepiirkondadest väljasaadetuid. Beria tungival nõudmisel laiendati NSVL NKVD juures tegutseva erinõupidamise õigusi, eriti selliste kohtuväliste protsesside puhul, kus ei olnud mingeid süüdimõistmist kinnitavaid tõendeid.
Stalini kurikuulus juhend, millega lubati arreteerituid piinata ja peksta, ei ilmunud kirjalikult mitte Ježovi, vaid just Beria ajal.
Jutt on 10. jaanuaril 1939. aastal oblastikomiteede, kraikomiteede ja liiduvabariikide partei esimestele sekretäridele lähetatud šifreeritud telegrammist, millele kirjutas alla Stalin: „ÜK(b)P Keskkomitee selgitab, et NKVD praktikas oli 1937. aastast lubatud füüsiline mõjutamine KK loal… ÜK(b)P KK leiab, et füüsilist mõjutamist kui igati õiget ja otstarbekat meetodit tuleb kindlasti kasutada ka edaspidi, erandina, ilmselgete rahvavaenlaste suhtes, kes pole loobunud vastupanust.”
Välisasjade rahvakomissariaadi ajakirjanduse osakonna endine juhataja Jevgeni Gnedin, kes arreteeriti 1939. aasta mais, oli paljudes laagrites, kuid jäi ellu ja jättis endast maha kirjalikud mälestused. Ta kirjeldab, kuidas ta toodi Kobulovi juurde:
„Minu ees soliidse kirjutuslaua taga istus paks mees, seljas esimese järgu komissari munder. Tal oli suur pea, süüa ja juua armastava inimese lai nägu, pisut pungis silmad ja suured karvased käed…
Kobulov lõpetas telefonivestluse. Viimane fraas kõlas umbes nii:
„Juba istub ja kirjutab, jah, kirjutab, kuidas siis teisiti!”
Kobulov naeris lõbusalt ja rahulolevalt, jutt käis ilmselt hiljuti arreteeritud inimesest, kes andis juba tunnistusi.
Pöördudes minu poole, manas Kobulov näole ähvardava ilme. Minult silmi pööramata hakkas ta toppima piibu sisse tubakat „Prints Alberti” firmamärgiga karbist. Ma suitsetasin ka ise piipu ja pidasin väga lugu sellest suurepärasest ameerika tubakast, mida Moskvas polnud võimalik saada… Kobulov lausus mulle ähvardava häälega, et ma olen paljastatud ja varsti lastakse mind maha… Ta nõudis, et ma räägiksin talle oma sidemetest rahvavaenlastega…”
Kuna Gnedin ei tahtnud oma süüd tunnistada, siis kutsuti ta hommikul, neli tundi pärast esimese ülekuulamise lõppu, uuesti ülekuulamisele:
„Läbi peaukse fuajee ja läbi vastuvõturuumi viidi mind poliitbüroo liikmekandidaadi, siseasjade rahvakomissari L. Beria kabinetti.
Põrandal oli vaip, mida ma varsti lähemalt tunda sain. Pikal nõupidamistelaual oli vaagen apelsinidega. Hulk aega hiljem räägiti mulle, et Beria kostitas apelsinidega neid, kellega ta rahul oli. Mina neid apelsine maitsta ei saanud.
Ruumi tagaosas oli kirjutuslaud, selle ääres istus Beria ja vestles enda vastas istuva Kobuloviga. Mind pandi istuma Kobulovi kõrvale, minust vasakule istus keegi leitnant, aga esialgu ma seda ärevuse tõttu ei märganudki…
Kobulov kandis ametliku tooniga ette:
„Seltsimees rahvakomissar, uurimisalune Gnedin pidas ennast esimesel ülekuulamisel jultunult ülal, kuid tunnistas oma sidemeid rahvavaenlastega.”
Ma katkestasin Kobulovit, öeldes, et pole rääkinud midagi sidemetest rahvavaenlastega… Lisasin, et ma ei pea ennast süüdlaseks.
Kobulov virutas mulle täiest jõust vastu lõuga, sellest paiskusin ma vasakule ja sain hoobi näkku seal istunud leitnandilt. Löögid järgnesid üksteisele kiiresti. Kobulov ja tema abiline töötlesid minu pead – nii treenivad poksijad rippuva palliga. Beria istus meie vastas ja vaatas huviga, millal see talle nii tuttav eksperiment hakkab tulemusi andma…
Veendunud, et minul on sellise „ärritaja” suhtes „aeglane reaktsioon”, tõusis Beria püsti ja käskis mul põrandale pikali heita. Juba halvasti taibates, mis minuga toimub, heitsin ma põrandale pikali, kuid selili.
„Mitte nii!” sõnas poliitbüroo liikmekandidaat L. Beria kannatamatult.
Ma pöörasin ennast nii, et jalad jäid kirjutuslaua poole.
„Mitte nii!” kordas Beria.
Ma pöörasin end peaga laua poole. Minu taipamatus ärritas või siis hämmastas Beriat. Ta käskis oma alluvatel mind kõhuli pöörata ja valmistada ette programmi järgmiseks etteasteks. Kui timukad (nüüd oli neid juba mitu) tegutsema asusid, lausus Beria:
„Jälgi ärge jätke!”
Nad peksid mind keppidega vastu paljast ihu. Mulle tundus, et tegu oli kumminuiadega, eriti valus oli see, kui mind jalataldade alla löödi, ma kordasin endamisi, küllap selleks, et säilitada selge mõtlemisvõime: „Mind pekstakse kumminuiadega vastu jalataldu.” Ma karjusin, ja mitte ainult valust, ma lootsin naiivselt, et minu valjud karjed rahvakomissari kabinetis sunnivad timukaid oma tegevuse katkestama. Kuid nemad lõpetasid alles siis, kui väsisid.”
Samasuguseid asju toimus kogu riigis.
Kirjanik Kirill Stoljarov tsiteerib julgeolekuminister Abakumovi kohta kirjutatud raamatus Gagra rajooni NKVD osakonna ülema asetäitja V. Vassiljevi raportit (osakonna ülem oli hilisem Gruusia julgeolekuminister Ruhhadze):
„Arreteerituid peksti ülekuulamisel surnuks, seejärel kirjutati dokumentidesse surma põhjusena kas südamerabandus või mõni muu häda…
Arreteerituid peksti vahest mitu tundi järgemööda, löödi, kuhu juhtus… köiest tehti silmus mis keerati ümber suguorganite, siis tõmmati see pingule… Major Ruhhadze selgitas oma alluvatele: „Kes ei peksa, see on ise rahvavaenlane!”
Ma läksin kord uurija kabinetti, kes kuulas üle arreteeritud eestlast, keda kahtlustati sidemetes saksa luurega. „Kuidas ta käitub?” küsisin ma. „Vaikib, ei taha oma vaenulikke plaane üles tunnistada,” vastas uurija, kes ise protokolli kirjutas. Ma vaatasin arreteeritut tähelepanelikult ja taipasin, et ta on juba surnud. Tema selja taha astudes nägin ma tema kuklal verd… Ma küsisin uurijalt, mida ta arreteerituga tegi, tema näitas mulle traadist punutud nuuti, umbes kahe sõrme jämedust, millega ta oli arreteeritut vastu selga löönud, märkamata, et too on juba surnud…
Rajooniosakonna ruumidest kostis nii päeval