1943 г. Военная коллегия Верховного суда СССР вынесла приговор братьям Старостиным и пятерым их коллегам по работе в спортобществе «Спартак», Анатолию Денисову, Исааку Ратнеру, Александру Сысоеву, Станиславу Леута и Евгению Архангельскому. Все они были признаны «участниками антисоветской группы, возглавляемой Старостиным Николаем».
В вину братьям Старостиным и их «подельникам» вменялись антисоветские высказывания, «особенно участившиеся после начала Великой Отечественной войны», и «суждения пораженческого характера». В частности, как записано в приговоре, осужденными в личных беседах «восхвалялись порядки капиталистических стран Западной Европы, где большинству из них приходилось бывать на спортивных состязаниях».
Кроме того, Старостины, а также Денисов, Ратнер и Сысоев, были признаны виновными в том, что используя свое должностное положение они систематически расхищали спортивные товары из предприятий системы промкооперации, а деньги, вырученные от их продажи, делили в разных долях между соучастниками хищений. При этом в приговоре не было приведено ни одного конкретного случая хищений. Ущерб государству «от действий вышеперечисленных лиц» был оценён в 160 тыс. руб., при этом на долю Николая Старостина пришлось 28 тыс. руб., Александра – 12 тыс. руб., а Андрея и Петра – по 6 тыс. руб. Также члены группы Николая Старостина обвинялись в измене Родине, но судебному следствию не удалось установить «каких-либо конкретных приготовительных действий, направленных к измене Родине».
Участники «группы Старостина» были осуждены по статье 58—10 УК РСФСР. Александр Старостин, также, как и его братья, был приговорён к 10 годам лагерей, а также к конфискации «всего лично им принадлежащего имущества». Кроме того, военная коллегия постановила возбудить ходатайство перед Президиумом Верховного Совета СССР «о лишении Старостина Александра – ордена Трудового Красного знамени».
Свой лагерный срок Александр Старостин начал отбывать в Пермской области, в Усольлаге. Впрочем, уже 2 декабря 1943 г. Старостин покинул Усольлаг, и 5 февраля 1944 г. был принят в Печорлаг (Коми АССР). Находясь в Печорлаге, Александр Старостин подавал Сталину прошение о направлении на фронт. В лагере Старостин был задействован на общих работах на железнодорожном транспорте, став впоследствии бригадиром. В июне 1944 г. Старостин был принят на работу мастером спорта «Динамо» при Управлении Печорского ИТЛ НКВД. В 1946 г. он был отправлен в Пермь, где до 1947 г. работал тренером в местной футбольной команде «Динамо».
С февраля 1947 по июнь 1950 г. А. Старостин отбывал срок в Свердловской области, в Ивдельлаге, где работал на разгрузке древесины, и в качестве бухгалтера по производству, а также принимал «активное участие в проведениях физкультурно-спортивных мероприятий среди заключенных». 14 июня 1950 г. А. Старостин вновь переведён в Коми АССР, в базировавшийся в Инте Минеральный лагерь МВД СССР (Минлаг). Срок он отбывал в одном из лагерей в Абези, работая на комбинате «Интауголь». 4 сентября 1952 г. А. Старостин