Петро ось-ось помириться з царицею і залишить недавно заснований ним Петербург, а разом з ним і свої реформи, що тільки руйнують Русь. Це дійшло до Петра, коли цар проводив слідство у справі царевича Олексія. Під час суду над ним цареві доповіли: колишня цариця Євдокія «яшкается с противниками его реформ и принимает участие в ихнем заговоре против царя». Відразу ж у Суздаль для проведення додаткового розслідування було послано капітана-поручика Скорнякова-Писарева, який і заарештував Євдокію разом з деякими її прихильниками.
Петро видав йому нове повеління: «Указ бомбардирской роты капитана-поручика Писареву. Ехать тебе в Суздаль и там в келиях бывшей жены моей и ея фаворитов осмотреть письма, и ежели найдутся подозрительныя, по тем письмам, у кого их вынул, взять за арест и привести с собою купно с письмами, оставя караул у ворот».
Капітан-поручик Скорняков-Писарев заскочив колишню царицю у мирській сукні (та яка ж вона тоді черниця?), а в церкві монастиря виявив записку, в якій її згадували не черницею: «Благочестивейшей великой государыней нашей, царицей и великой княгиней Евдокией Федоровной, и желали ей и царевичу Алексею благоденственное пребывание и мирное житие, здравие же и спасение и во все благое поспешение ныне и впредь будущие многие и несчетные лета, во благополучном пребывания многая лета здравствовать».
На допиті «с пристрастиями» арештований майор Глєбов зізнався: «…сошелся я с нею в любовь через старицу Каптелину и жил с нею блудно».
Стариці Мартем’яна і Каптеліна показали, що свого любаса «инокиня Елена пускала к себе днем и ночью, и Степан Глебов с нею обнимался и целовался, а нас или отсылали телогреи кроить к себе в кельи, или выхаживали вон». Гвардії капітан Лев Ізмайлов, що робив обшук, знайшов у Глєбова 9 листів цариці. Вона просила його покинути військову службу і добитися місця воєводи в Суздалі, рекомендувала, як добитися успіхів в інших справах, але головним чином вони присвячувалися їхній любовній пристрасті. Сама Євдокія показала: «Я с ним блудно жила в то время, как он был у рекрутского набора, в том и виновата». В листі до Петра вона зізналася у всьому і просила вибачити, що їй «безгодною смертью не умереть».
«Писарев арестовал всех и повез в Москву, а затем в застенке Преображенском состоялась очная ставка Глебова и Лопухиной, которые не запирались в своей связи. Глебову ставили в вину письма «цифирью», в которых он изливал «безчестныя укоризны, касающияся знамой высокой персоны Его царского величества, и к возмущению против Его величества народа». Австриец Плейер писал на родину: «Майор Степан Глебов, пытанный в Москве страшно кнутом, раскаленным железом, горящими углями, трое суток привязанный к столбу на доске с деревянными гвоздями, ни в чем не сознался». Тогда Глебов был посажен на кол и, прежде чем умереть, мучался 14 часов. По некоторым указаниям, Евдокию заставили присутствовать при казни и не давали закрывать глаза и отворачиваться».
«После жестокого розыска были казнены