С одной стороны, российские власти были бы не прочь вообще освободить Азербайджан от мусульман, сделав его русским и христианским (как это произошло на значительной части Северного Кавказа). На это был направлен подготовленный А. Грибоедовым проект об учреждении Российской Закавказской Компании, предусматривающий колонизацию региона путем передачи земель ханов и беков, «враждебно настроенных к России», нескольким десяткам тысяч русских переселенцев.
Россия на первых порах в лице обоих религиозных направлений встретила наиболее организованный отпор, что заставило царизм поставить задачу преодоления Ислама едва ли не в центр своей колониальной политики и всерьез рассматривать радикальный план христианизации всего региона. «Только в первые годы нахождения северо-азербайджанских земель в составе Российской империи, в основном из Эривани, Нахчывана, Карабаха, Шурагеля, Пампака и Лори в соседние страны было выселено и переселилось около 100 тыс. мусульман, среди которых преобладали азербайджанцы» (51) – в основном духовная и светская элита.
Но поскольку полное изгнание мусульман и заселение азербайджанских земель христианами было делом трудно реализуемым, предпринимались усилия по созданию лояльного империи и находящегося под её полным контролем слоя местного населения, способного выполнять мелкие административные функции и «продвигать цивилизацию». Так, проект сенаторов П. И. Кутасова и М. И. Мечникова, прибывших в Закавказье в начале 30-х годов для административного устройства края, предлагал «сделать край сей полезным для России», «оный связать с Россией гражданскими и политическими узами в единое тело и заставить жителей тамошних говорить, мыслить и чувствовать по-русски». Их проект заключал в себе идею «озарения жителей края лучом православной веры, водворения животворящего креста на развалинах исламизма» (52). Но до этого следовало предпринять шаги по нейтрализации мусульманского духовенства, религиозные пристрастия которого ориентировали его на Иран, или же Турцию. Административно-судебная реформа фактически покончила с шариатскими судами. Сложился, впрочем, и более взвешенный план первоначального заигрывания с духовенством, раздачей им земель, денежного содержания и званий, от которого Россия постепенно перешла к решительному ограничению прав религиозных деятелей, сворачиванию шариатских судов и затем к институализации в 1872 году закавказских шиитского и суннитского Духовных управлений, превратившей мусульманских религиозных иерархов в государственных служащих, лишенных по российскому примеру времен Петра Первого каких-либо светских полномочий. Правда, «…всего через год после введения в действие административной реформы сенатора Гана, по которой шариатские суды фактически упразднялись, власти вынуждены были пойти на попятную и скорректировать принятое законодательство в сторону