Руководство Наркомата юстиции тщетно добивалось у Ленина права официального надзора за деятельностью первой большевистской спецслужбы, просило даже предоставить им право санкционировать аресты чекистов, как это принято сейчас в большинстве стран Европы. Уже в канун нового, 1918 года у Дзержинского со Штейнбергом случился по этому поводу первый острый конфликт, когда нарком юстиции потребовал освободить арестованных ЧК членов Союза защиты Учредительного собрания, а глава чекистов в резкой форме ему отказал. Помимо того, чекисты не допускали представителей ведомства юстиции с проверками в места содержания арестованных их службой граждан. Тогда конфликт стал предметом отдельного разбирательства в советском правительстве – Совнаркоме – и потребовал опять личного вмешательства Владимира Ильича Ленина. Ленин, естественно, занял сторону Дзержинского, а не откровенно полагаемых им лишь как «временных попутчиков» левых эсеров из Наркомата юстиции. И очень скоро отрыв ЧК от органов юстиции был оформлен законодательно: в декабре 1917 года постановление Совнаркома подтвердило, что ЧК будет органом внесудебной расправы с контрреволюцией, а «любые изменения постановлений комиссии Дзержинского допустимы только путем обжалования их в Совнаркоме, а никоим образом не распоряжением наркома юстиции». Этот документ ленинского Совнаркома на долгие десятилетия задал курс на действия советских спецслужб параллельно органам юстиции и прокуратуры или даже временами наперекор им.
Все эти прения закончились в июле 1918 года с изгнанием левых эсеров из правительства, а соответственно и из всех советских органов власти и управления. Но установленная тогда руководством ЧК дистанция от ведомства юстиции сохранилась, и эта продолжавшаяся затем долгие годы тенденция стала в истории этой спецслужбы еще одной миной замедленного действия.
Все эти месяцы недолгого романа партии Ленина с левыми эсерами большевики-чекисты были вынуждены уживаться внутри своей молодой спецслужбы с коллегами-эсерами. По договоренности между этими партиями в ЧК была установлена особая квота для членов партии левых эсеров, многие из которых имели дореволюционный опыт террористической работы. Как, впрочем, имели его и некоторые чекисты из правоверных ленинцев и членов его РКП(б) – в истории тайного сыска в России впервые в тайной полиции появлялось такое количество вчерашних подпольщиков, террористов и каторжан, но с 1917 года в России многое происходило впервые и никого не удивляло. Первым заместителем Дзержинского в ЧК согласно тем же договоренностям с эсерами в Совнаркоме был в январе 1918 года назначен член ПСР(л) Александрович. В главной коллегии ВЧК, а таковая была создана при председателе этой структуры Дзержинском в ознаменование культового тезиса большевиков о коллегиальном управлении, Александрович был единственным эсером. Остальные члены коллегии – сам Дзержинский, Менжинский, Петерс, Ксенофонтов, Щукин, Фомин, Яковлев, Жиделев –