Зимой 1444 г. Василий Васильевич выслал против них рать, в состав которой входили мордовские лыжники и отряд рязанских городовых казаков. Татары были наголову разбиты, а сам Мустафа убит. Сам великий князь в ту же зиму изгнал Улу-Мухаммеда из Нижнего Новгорода и уничтожил несколько его отрядов.
За это в 1445 году Улу-Мухаммеду удалось жестоко отомстить Василию Васильевичу. Он неожиданно напал на великого князя, когда тот с малым отрядом стоял на реке Нерли недалеко от Суздаля. В результате жестокой сечи отряд Василия был разбит, а сам он, весь израненный, попал в плен. В знак того, что князь у него в плену, хан отправил его матери нательный крест Василия. Москвичей объял ужас от случившегося, который был усилен пожаром в Кремле и гибелью 3 тыс. человек, а затем и еще землетрясением в Москве, что для этих мест было небывалым явлением. Шемяка предложил Улу-Мухаммеду держать Василия Васильевича в вечном плену, а самому занять великокняжеский стол. Но тот предпочел освободить князя из плена за огромный «откуп» в 200 тыс. рублей. Для сбора этой фантастической по тем временам суммы вместе с Василием были отправлены на Русь татарские мурзы с отрядами воинов, многие из которых тут же поступали «в службу» к Василию. Великий князь принимал их на службу, а по стране ширилось недовольство татарской ориентацией Василия. Но политика великого князя оказалась дальновидной: с приемом татар на русскую службу Москва усиливалась, а Орда слабела. Тем не менее для большинства боярства это означало нарушение их прав, кроме того, по стране ползли слухи, что великий князь хочет Москву отдать Улу-Мухаммеду, а сам сесть на княжение в Твери. Этими слухами и недовольствами решил воспользоваться Шемяка.
И вот в один из выездов Василия на богомолье в Троицкий монастырь, в начале февраля 1446 г., Шемяка со своими сторонниками неожиданно захватил Москву и полонил жену и мать великого князя. А тем временем его союзник, князь Можайский, хитростью захватил Троицкий монастырь. Василий успел спрятаться в церкви, а затем вышел с иконой Сергия Радонежского, умоляя о милосердии и разрешении постричься в монахи. Милосердие ему было обещано, но Шемяка не сдержал слово. Василий на санях был отвезен в Москву, там его обвинили в поддержке татар, ослеплении Василия Косого, и затем по приказу Шемяки его ослепили (отсюда и прозвище князя – «Темный») и сослали вместе с женой и детьми в Углич.
Казалось, Шемяка мог праздновать победу, но сказалась неприязнь к нему москвичей: в Москве за его неправедные дела в судопроизводстве даже появилась поговорка «Шемякин суд». Кроме того, все татарские царевичи на русской службе были тоже на стороне Василия Темного, многие родовитые бояре сочувствовали ему, наконец, сам митрополит Иона был за возвращение престола Василию. И вот усилия сторонников великого князя дали свои плоды. Василий Темный, отправившись на очередное богомолье в Кирилло-Белозерский монастырь, сумел бежать оттуда в Тверь, где заручился поддержкой тверского князя. С помощью своих сторонников Василий в 1447 г. победоносно вернулся