Харченко была включена в число частей и подразделений, принимавших участие в учениях, и должна была выполнять рутинные инженерные задачи на стороне «западных», которые по плану учений организовывали оборону и удерживали обороняемые позиции.
Во время разбора учений всё высшее военное руководство Советского Союза согласилось с тем, что учения прошли успешно, и поставленная задача была выполнена, но генерал Харченко выступил с категорическим возражением. Он обратил внимание командования на то, что в реальной обстановке бомба не была бы сброшена, и операция по прорыву обороны провалилась бы, потому что группа Харченко в какой-то момент прекратила выполнять предусмотренные планом учений задачи, проникла на территорию условного противника, нашла объект, где хранились ядерные заряды, и готова была уничтожить автомобильную колонну, перевозившую атомную бомбу на аэродром. Более того, военачальники, руководившие учениями и отдававшие приказ пилоту самолета-носителя на сброс атомной бомбы, в реальной обстановке были бы убиты бойцами группы Харченко прежде, чем отдали бы такой приказ. В подтверждение этого Харченко продемонстрировал командованию фотоснимки, сделанные бойцами его группы и убедительно доказывающие, что бойцы в самом деле скрытно подобрались к своим целям и заняли такие позиции, которые позволяли гарантированно уничтожить и ядерный заряд, и руководителей учений. Харченко напомнил, что всего тринадцать лет назад грандиозный замысел недавней войны тоже казался руководству Советского Союза безупречным, но в реальности внезапное нападение Германии расстроило советскому командованию все планы. Он настаивал на том, что диверсионные подразделения доказали свою эффективность в современных условиях, и подготовке таких подразделений нужно уделять особое внимание.
Конечно, Харченко сильно рисковал: как известно, инициатива в Советской Армии (и не только там) была наказуемой, а за такую инициативу Харченко мог поплатиться карьерой, тем более что учениями руководил маршал Жуков, известный своим крутым нравом и чудовищной, даже по меркам военных, жестокостью. Однако Харченко все тщательно рассчитал, и его расчет оказался верен: важное сообщение, сделанное в присутствии большого количества высших офицеров и дополненное дельным предложением, в значительной степени обезопасило генерала от гнева высокого начальства, ибо тот военачальник, который решился бы наказать Харченко за его инициативу, выглядел бы в глазах остальных полным идиотом.
В тот раз действия диверсионной группы Харченко не произвели должного впечатления на командование, и тогда Харченко повторил то же самое на следующих больших учениях. В конце концов генерал Харченко и его единомышленники добились своего: уже в 1957 году, всего через четыре года после сокращения, пять из оставшихся девяти рот СпН превратили в батальоны СпН.
Харченко сделал блестящую карьеру. В 1961 году он стал заместителем начальника, а в 1965 году –