Средние века. Ещё в IX в. алжирский грамматист Иехуда ибн Курайш писал об этом родстве со ссылками на арабский, древнееврейский и арамейский языки. Европейские исследования в этой области начались только тысячелетием спустя, хотя сопоставления отдельных форм делались ещё в XVII в. В 1812 г. немецкие лингвисты И. К. Аделунг и И. С. Фатер в своём сводном труде «Митридат» отмечали родство между семитскими и берберскими языками. В 1844 г. немецкий филолог Т. Бенфей предположил генетическую связь между семитскими, берберскими и кушитскими языками, а англичанин Т. Ньюман годом позже заметил схожесть семитских языков с коптским и хауса.
Датой становления сравнительно-исторических исследований афразийских языков принято считать 1863 г., когда К.-Р. Лепсиус предложил объединить семитские языки с рядом языков Африки, прежде всего древнеегипетским, а также некоторыми кушитскими, берберскими языками и языком хауса. Все перечисленные африканские языки были им названы хамитскими, а обе крупные группы объединены в семито-хамитскую, или хамито-семитскую, семью языков. Названия «хамитские» и «семитские» происходят из генеалогии Книги Бытия, выводящей все народы мира от трёх сыновей легендарного пророка Ноя – Сима, Хама и Иафета. Точка зрения была поддержана Л. Рейнишем в начале XX в. К этому времени А. Эрманом было доказано родство древнеегипетского языка с семитскими – их долго относили к одной группе. В работах К. Майнхофа термин «хамитские языки» был размыт причислением к группе множества самых различных языков Африки, сходных по типологическим критериям – прежде всего по наличию грамматического рода. Лишь после выхода в свет в 1924 г. труда М. Коэна [Cohen 1924] состав хамитских языков был ограничен берберскими, чадскими и кушитскими (в состав последних тогда включали и омотские языки).
Эта и другие работы середины XX в. продемонстрировали также, что хамитские языки не составляют единой группы vis-à-vis семитские языки. В 1950-е гг. Дж. Гринберг предложил классификацию афразийской макросемьи, принятую по сей день, – с делением на шесть семей единого таксономического уровня. Обоснование выделения омотских языков в особую ветвь макросемьи принадлежит Г. Флемингу. Название «семито-хамитские» после работ Гринберга стало устаревшим и было заменено термином «афроазиатские» или «афразийские»; последнее принято в российской научной литературе.
Советская востоковедческая школа внесла важнейший вклад в изучение афразийских языков. В 1965 г. советским лингвистом И. М. Дьяконовым была опубликована первая сравнительно-историческая грамматика афразийских языков [1965]. Тогда же над афразийским материалом работали виднейшие советские компаративисты В. М. Иллич-Свитыч и А. Б. Долгопольский. Ностратическая гипотеза, выдвинутая в начале XX в. Х. Педерсеном и обоснованная в 1960-х гг. советской школой компаративистики, включала афразийские языки в состав ностратической языковой общности. Позже возобладала точка зрения о примерно одинаковом таксономическом уровне двух праязыков, однако гипотеза о родстве афразийских языков с другими семьями языков Евразии по-прежнему остаётся привлекательной.
В