Самые ранние археологические находки в городе датируются этим периодом. Греческие колонисты наладили хорошие торговые связи с крымскими царскими скифами и даже место для строительства города получили с согласия скифского царя. Город располагался на склонах и у подножья скалистой горы, называемой ныне Митридатовой. Хлебные поставки с плодородных равнин восточного Крыма быстро сделали Пантикапей главным торговым центром в регионе. Удобное расположение города на берегу большой бухты, хорошо оборудованная торговая гавань позволили этому полису быстро взять под свой контроль морские пути, проходящие через Керченский пролив. Пантикапей стал основным перевалочным пунктом для большей части товаров, привозимых греками для скифов и других местных племен. Название города переводится, возможно, как «рыбный путь» – изобилующий рыбой Керченский пролив. Чеканил свои медные, серебряные и золотые монеты. В первой половине V века до н. э. Пантикапей обьединил вокруг себя расположенные на обоих берегах Боспора Киммерийского – Керченского пролива греческие города– колонии. Понимавшие необходимость обьединения для самосохранения и осуществления своих экономических интересов греческие полисы образовали Боспорское царство. Вскоре после этого для защиты государства от вторжения кочевников был создан укрепленный вал с глубоким рвом, пересекавший Крымский полуостров от города Тиритака, расположеного у мыса Камыш-Бурун, до Азовского моря. В VI веке до н. э. Пантикапей был обнесен оборонительной стеной.
До 437 года до н. э. царями Босфора была греческая милетская династия Археанактидов, родоначальником которой был Археанакт, ойкист милетских колонистов, основавших Пантикапей. В этом году в Пантикапей во главе эскадры военных кораблей прибыл глава Афинского государства Перикл, совершавший с большой эскадрой обьезд греческих городов-колоний для установления более тесных политических и торговых связей. Перикл провел переговоры о хлебных поставках с боспорским царем и затем со скифами в Ольвии. После его отьезда в Боспорской царстве династия Археанактидов сменилась местной эллинизированной династией Спартокидов, возможно фpакийского происхождения, упpавлявшей цаpством до 109 года до н. э.
В своей биографии Перикла Плутарх писал: «Среди походов Перикла особенно популярен был его поход в Херсонес (Херсонес по-гречески означает полуостров – А.А.), доставивший спасение жившим там эллинам. Перикл не только привел с собою тысячу афинских колонистов и усилил ими население городов, но также провел поперек перешейка укрепления и заграждения от моря до моря и тем поставил препятствия набегам фракийцев, живших во множестве около Херсонеса, и положил конец непрерывной, тяжелой войне, от которой постоянно страдала эта земля, бывшая в непосредственном соприкосновении с варварами-соседями и наполненная разбойничьими шайками, как пограничными, так и находившимися в ее пределах».
Царем Спартоком, его сыновьями Сатиром и Левконом совместно со скифами в pезультате