обряд похорон проходил 11 марта 1699 г. Таких почестей, как Лефорт, не удостаивался никто из бояр, тем более иноземцев, но, как говорили современники, высшими почестями для усопшего были царские слезы. Перед выносом царь приказал открыть гроб и в присутствии двора, рыдая, долго лобызал холодное тело. Во время погребальной процессии к реформаторской церкви царь шел в глубоком трауре, с первой ротой Преображенского полка, перед ним несли государственное знамя. Далее следовали Семеновский и Лефортов полки. Перед каждым полком шли музыканты, исполнявшие печальные мелодии. Офицеры были в черных шарфах и лентах. Знамена с долгими черными кистями и барабаны были обиты черным сукном. За полками ехал черный рыцарь с обнаженным мечом острием вниз, за ним вели двух коней в богатом убранстве и одного коня под черной попоной. Затем генерал-майор нес на черной шитой серебром подушке знаки Ф. Лефорта (по другой версии, их несли пять человек) – знамя с золотым в красном поле гербом и с оранжевой длинной перевязью, золотые шпоры, перчатки с золотой бахромой, шпагу, полковой жезл, шлем. Меняясь каждые четверть часа, двадцать восемь полковников в сопровождении пяти протестантских священников несли гроб, обитый черным бархатом с позументом, золотой бахромой и серебряными бляхами с гербом Ф. Лефорта. По другой версии, тело Лефорта везли на одре. За гробом шли сын синдика Женевы Петр Лефорт, послы Австрии, Бранденбурга, Дании, Швеции, пажи, бояре, офицеры в траурных одеждах. Два генерала под руки вели вдову Елизавету Францевну в окружении толпы плачущих женщин.
В реформаторской церкви Немецкой слободы пастор Стумпфиус сказал прочувствованное надгробное слово на текст из книги Экклезиаста. Охарактеризовав Франца Лефорта как «верного раба и служителя» Петра, он закончил свою речь словами: «…Солнце жизни его померкло в самый полдень славы, лучи же царской милости провождают его и до могилы… Доступностию наверху почестей, готовностию к ходатайству, безмерною кротостию и постоянным дружелюбием он привлекал к себе сердца всех людей». Речь так понравилась Петру, что он приказал напечатать ее и позже передал на хранение в Академию наук. Некоторые характеристики, данные пастором, присутствующие восприняли как осуждение покойного за порочные наклонности. Но, скорее всего, священнослужитель воспользовался ситуацией, чтобы призвать паству к необходимости подготовить добродетельной жизнью блаженную кончину. По окончании службы процессия тронулась на Немецкое кладбище. После выноса тела из церкви раздались троекратные залпы сорока орудий, установленных на площади рядом с собором. При переносе тела на кладбище установленный порядок шествия был нарушен: бояре посчитали ниже своего достоинства идти за иностранными послами и опередили их. Петр заметил это и позже в гневе сказал племяннику Лефорта: «Это собаки, а не мои бояре». Когда гроб при пушечной пальбе и беглом оружейном огне опускали в могилу, Петр, рыдая, упал на труп своего друга. Поминки проходили в Лефортовском