первого царя рода Романовых великая государыня инокиня Марфа (Ксения Иоанновна Шестова-Романова), пострадавшие при Годунове братья патриарха Филарета и их отец Никита Романович Юрьев (в схиме Нифонт), царевна Ирина, дочь Михаила Феодоровича, и другие яркие представители этого судьбоносного для России рода. 17 сентября 1995 года в Новоспасский монастырь из Кремля торжественно при большом стечении народа были перенесены останки московского генерал-губернатора, дяди Николая II, великого князя Сергея Александровича, зверски убитого террористом Каляевым в 1905 году. Захоронение великого князя было обнаружено возле здания бывшего Верховного совета на Ивановской площади Кремля. Долгое время это место использовалось как стоянка правительственных машин. Там же был воздвигнут крест-памятник великому князю, выполненный по эскизам Васнецова скульптором Н. Орловым и автором проекта Д. Гришиным. Этот крест был уничтожен в 1918 году.
Небольшая часовня у восточной стены монастыря указывает на место погребения подвижницы XVIII столетия, невольной затворницы инокини Досифеи (в миру княгини Августы Таракановой) – дочери от тайного, но законного брака императрицы Елизаветы Петровны с графом А.Г. Разумовским.
В этом монастыре захоронены многие представители родственных Романовым семейств: Оболенские, Сицкие, Трубецкие, Ярославские, Нарышкины, Гагарины, Новосельцевы. Над входом в усыпальницу в начале XX века был устроен портал в русском стиле с мозаичной иконой Нерукотворного Спаса. В годы, последовавшие за закрытием монастыря, когда на его территории разместили концлагерь, усыпальница Рома новых подвергалась систематическому расхищению. В настоящее время захоронения в подклете Преображенского собора приводятся в порядок.
В ноябре 1918 года Чрезвычайная комиссия Рогожско-Симоновского района организовала здесь исправительно-трудовой лагерь для женщин, не угодивших новым властям. Одной из таких заключенных была дочь Льва Николаевича Толстого Александра Львовна Толстая. Из ее воспоминаний вырисовывается ужасная картина уничтожения монастырского кладбища, разорения могил, осквернения храмов. Она рассказывала, как заключенные разрывали по ночам могилы в поисках драгоценностей, чтобы за удачную находку получить отпуск в город. Первые годы Советской власти в монастыре находилась женская тюрьма, затем – один из первых в Москве исправительно-трудовой лагерь для уголовников и политических заключенных (ИТЛ).
Храм Знамения Богородицы превращен в тюремный барак. Затем здесь размещался филиал Таганской тюрьмы, архив НКВД. В эти страшные годы в монастыре происходили массовые расстрелы. Часть обреченных на смерть людей привозили якобы для санобработки в Знаменский храм и здесь расстреливали. Трупы хоронили у монастырских стен в насыпи со стороны Москва-реки.
Последний храм (Никольский) был закрыт в 1926 году.
До 1922 года монастырские ценности никем не охранялись. В соответствии с Указом об изъятии церковных ценностей в 1922