Не вошедшим в реестр предписывалось вернуться в панскую неволю, что, конечно же, не могло понравиться вкусившим сечевой жизни. Нереестровые, или низовые, казаки отправлялись не к пану, а в Запорожье, откуда и поднимали восстания. Таким образом, к середине XVII в. на Украйне не просто умножилось количество недовольных произволом шляхты, но и в самом казачестве произошёл раскол – появилось привилегированное сословие и голота.
Это роковое и неодолимое противоречие стало причиной многих бед малороссийских вплоть до сего дня. Разделение на богатых и бедных, сильных и слабых существует везде. Но только в Малороссии это разделение возникло в среде, принципиально не предполагающей неравенства. И именно поэтому неравенство здесь воспринималось острее и враждебнее, чем где бы то ни было. Но все эти малороссийские хитросплетения оказались для Москвы малоинтересными и совершенно непонятными. В.О. Ключевский весьма остроумно отмечает, что «московское правительство, присоединив Малороссию, увидело себя в тамошних отношениях, как в тёмном лесу».
Конечно, воссоединение последовало не в ответ на угрозы Хмельницкого. Кроме того, решив наконец согласиться на предложение гетмана, в Москве ещё долго держали в секрете своё решение, объявив о нём только летом 1653 г. Затем ещё взяли полгода для роздыха и лишь в январе 1654 г. приняли казацкую присягу. Н.И. Ульянов настаивает, что искать московского подданства вынудили Хмельницкого постоянные измены своих же казаков и тяготение народа к Москве. И вот, 8 января 1654 г. в Переяславе собрались казаки, духовенство, мещане и крестьяне. Площадь, прилегающие улицы и даже крыши домов были заполнены народом. И когда гетман представил собравшимся четырёх соседей Украйны – Польшу, Турцию, Крым и Россию – в ответ ему понеслось: «Волим под царя московского православного!» Так совершилось воссоединение России с Украйной.
Радость, однако, была недолгой. Присягнув «царю московскому православному», казаки принялись упражняться в изменах и наветах. Так что вторая половина XVII столетия прошла на Украйне под антимосковскими воззваниями. Поколения малороссов вырастали с убеждением, что Москва – это тёмное царство. Памфлеты, посвящённые России и производимые, главным образом, в Польше, распространялись в Малороссии с завидным тщанием. И только чудом, по мнению Н.И. Ульянова, можно объяснить, что «малороссийский народ в массе своей не сделался русофобом».
Воссоединившись с Россией, казаки, видимо, не умея иначе, принялись метаться между всеми своими соседями, по очереди им присягая и по очереди же их предавая. А Москва, по воссоединении с братьями и единоверцами, натолкнулась на целый частокол внешнеполитических конфликтов. И если бы не религиозный трепет царя Алексея Михайловича, не желавшего оставлять православных христиан Украйны во власти турок или еретиков-католиков, от новоиспечённых подданных Москва, по всей вероятности, отказалась бы. Любопытно, что за последние четыреста лет немногое изменилось в нравах