Wówczas terytorium państwa podzielono na obszar wojenny i obszar wojskowy. Prowadzenie działań wojennych leżało w kompetencjach NDWP, a czynności wojskowe wewnątrz kraju – ministerstwa. Budując NDWP, odwoływano się do sprawdzonych wzorów c. i k. armii, armii niemieckiej i francuskiej, dzięki czemu działało sprawnie. Jednak w planowaniu operacji wojennych największą rolę odegrała Kwatera Główna Naczelnego Wodza (NW), nazywana Sztabem Ścisłym NW lub Sztabem NW. Sztab NW został stworzony przed wyprawą wileńską 1919 roku. Okazał się bardzo przydatnym instrumentem w rękach Piłsudskiego. Skupiał oficerów lojalnych, głównie legionistów. Ścisłe powiązanie Sztabu NW z Piłsudskim pozwalało na szybkie reagowanie oraz ułatwiało lepszy obieg informacji. Istotną rolę w jego pracy odegrali oficerowie tacy jak Julian Stachiewicz czy Tadeusz Piskor. Ten drugi do kwietnia 1920 roku był adiutantem generalnym NW. Rozkazy wychodzące ze Sztabu NW często tylko sankcjonowały ustne rozkazy Piłsudskiego, dlatego w materiałach źródłowych znajdujemy adnotacje w rodzaju: „w ślad za ustnym rozkazem”.
Jednym z pierwszych zadań NDWP było przeprowadzenie akcji scaleniowej wojsk, w których służyli dowódcy i żołnierze pochodzący z armii zaborczych, z Legionów Polskich, Korpusów Polskich w Rosji, Armii Hallera oraz Armii Wielkopolskiej. Dzieliła ich mentalność, przywiązanie do własnej tradycji wojskowej i regulaminów. Akcji scaleniowej, zwanej też jednoczycielską, nie ułatwiały skomplikowane relacje między Piłsudskim a generałem Józefem Hallerem oraz generałem Józefem Dowborem-Muśnickim, dowódcą Armii Wielkopolskiej. Nie uszło to uwadze alianckich oficerów. „Piłsudski – pisał jednak z pewną przesadą kapitan Charles de Gaulle – nie chce oglądać Hallera nawet na obrazie”.
Lecz generałów i oficerów z różnych armii także wiele łączyło, jak choćby szacunek do orderów, krzyży i medali otrzymanych za wierną i odważną służbę w armiach zaborczych. NDWP podkreślało tego niestosowność i wezwało ich, aby nie paradowali w mundurach obwieszonych obcymi wyrazami uznania. Podobnie uczynił to Dowbor-Muśnicki w rozkazie z 16 lutego 1919 roku skierowanym do oficerów i żołnierzy Armii Wielkopolskiej. Reakcje NDWP czy Dowbora-Muśnickiego są zrozumiałe, gdyż manifestacyjne noszenie obcych orderów i medali nie ułatwiało i tak skomplikowanej akcji scaleniowej.
„Ogół armii rekrutował się z rozbieżnych, a nierzadko nawet wrogich sobie wzajemnie elementów, które w okresie Wielkiej Wojny nie walczyły wspólnie, lecz przeciwko sobie […]. Czyż możliwym było utworzenie w ciągu kilku zaledwie miesięcy jednolitej i karnej siły zbrojnej” – pytał lord Edgar Vincent, wicehrabia D’Abernon. Świadom tego Piłsudski już w pierwszym rozkazie wydanym 12 listopada 1918 roku wezwał „do usunięcia różnic, tarć, klik i zaścianków w wojsku”, co jak się okazało, nie było wykonalne, gdyż kadra oficerska stale dzieliła się na równych i równiejszych, jak mówił premier Leopold Skulski: na „bardziej i mniej uprzywilejowanych”. Do uprzywilejowanych należeli dawni legioniści i peowiacy. Skulski w swoim exposé z grudnia 1919 roku krytykował między innymi kolesiostwo i politykę awansową:
Legioniści i tzw. Peowiacy, którzy niestety jeszcze w dalszym ciągu konspirują, szczególnie ci ostatni, są specjalnie w wojsku faworyzowani. Znamy młodzieńców z wykształceniem oficerskim, którzy obecnie mają wysokie rangi wojskowe, bynajmniej niezasłużone, i z drugiej strony mamy fachowych oficerów doświadczonych, którzy są ignorowani i do awansów niedopuszczani.
Jako dowód słuszności słów premiera opozycyjni wobec Naczelnika Państwa politycy i oficerowie wskazywali na szybką ścieżkę awansów młodych wiekiem legionistów na stopnie generalskie, takich jak trzydziestoletniego Mariana Januszajtisa-Żegoty, trzydziestoczteroletniego Kazimierza Sosnkowskiego, trzydziestotrzyletniego Edwarda Rydza-Śmigłego. W jednym z raportów adresowanych do szefa Sztabu Generalnego WP z 28 lipca 1920 roku czytamy:
Wszyscy oficerowie proszą, aby już raz zakończyć z protekcją, z partyjnością, jako też z wyszczególnianiem poszczególnych grup. Wszyscy czują się Polakami jednej i tej samej klasy i obecnie […] chcą być równie traktowani wraz z innymi […]. To, że niekiedy młodzi ludzie awansują, a starsi wiekiem i latami służby nagle [stają się] ich podwładnymi, wywołuje rozgoryczenie, niechęć do pracy i apatię.
Jednak do zakończenia wojny Piłsudski obdarzał względami – o czym się przekonamy w dalszych partiach książki – sprawdzonych i zaufanych, jako swoją gwardię, „czerwoną gwardię Komendanta”, jak powiadali oponenci. Dla niego legioniści i tak zwane peowiackie dzieci byli awangardą polskiej armii. Zwycięska wojna z ich decydującym udziałem miała i im, i jemu dać legitymację do skutecznej walki o władzę polityczną.
Trudności w akcji scaleniowej pogłębiło wchłonięcie przez wojsko polskie Armii Wielkopolskiej oraz Armii Polskiej z Francji, których żołnierze reprezentowali odmienne tradycje wojskowe niż żołnierze armii „krajowej”. Oficerów „krajowych” drażniły między innymi wysokie pobory hallerczyków, które zostały ustalone podczas ich pobytu we Francji. Jesienią 1919 roku sierżant z Armii Hallera otrzymywał pobory w takiej samej wysokości jak major armii „krajowej”. Z kolei hallerczycy nie byli radzi ze stosunków panujących w Wojsku Polskim i z poziomu życia żołnierzy. Niejeden spośród nich wychował się w Stanach Zjednoczonych. Był przyzwyczajony do lepszego menażu, czyli do wartościowszych prowiantów i wygód w koszarach. Musiały go denerwować jednostajne posiłki oparte na kaszy, chlebie i ziemniakach. Oczekiwał też więcej zaufania ze strony zwierzchników.
Nie mniejsze różnice zaznaczyły się między żołnierzami armii „krajowej” a Armii Wielkopolskiej. Z tego między innymi powodu Dowbor-Muśnicki był przeciwny unifikacji. „Piłsudski rozumiał unifikację w ten sposób, że mieszał żołnierzy lub oddziały pochodzące z różnych dzielnic […] stawiał nad nimi […] mało znanych dowódców i przypuszczał, że armię zorganizował” – pisał. Jego zdaniem było to jednym z powodów polskich niepowodzeń w 1920 roku. Preferowanie legionistów, których uważał za niedouczonych amatorów, obróciło się przeciwko Polsce. Z pewnością krytyczne opinie Dowbora były następstwem jego zadufania. Istotnym źródłem napięć między wojskowymi Armii Wielkopolskiej a pozostałymi było przekonanie tych pierwszych o własnej wyższości kulturowej, lepszym wykształceniu i dyscyplinie. Wielkopolanie nie mieli dobrego zdania o oficerach z zaboru rosyjskiego, otoczonych usługującą im służbą. Odmawiali im oddawania honorów, lekceważyli ich, wytykali braki w zakresie kultury osobistej. Kością niezgody stała się polityka w zakresie nagradzania. Wielkopolanie i Pomorzanie zarzucali dowódcom wojsk „krajowych” pomijanie ich w nagrodach, medalach i odznaczeniach, aczkolwiek obiektywnie – jedni i drudzy nie powinni czuć się dyskryminowani. Na ich postawy wpływało subiektywne poczucie krzywdy.
Odmiennie ułożyły się relacje między żołnierzami a kadrą w poszczególnych formacjach. W byłej c. i k. armii i w armii rosyjskiej żołnierze z jednej strony, a z drugiej oficerowie stanowili odseparowane od siebie światy. W jednostkach dowodzonych przez oficerów, zwłaszcza zaś podoficerów z armii carskiej, zdarzały się przypadki bicia żołnierzy. W jednym z raportów czytamy, że stosunek podoficerów do żołnierzy „przybiera formy niepożądane […]. Konieczne jest wpojenie w podoficerów przekonania, że żołnierz jest obywatelem, że należy mu rozkazywać, ale nie pomiatać nim”. Żołnierze widzieli, że niejednokrotnie podoficerowie oszukiwali przy wydawaniu prowiantów, a „zaoszczędzone” produkty sprzedawali kupcom spekulantom. Obserwowali, jak do magazynów wojskowych podjeżdżały fury żydowskie i zabierały produkty takie jak pasy, mundury, płaszcze, żywność, które później zasilały „czarny rynek”. Lecz były to praktyki znane ze wszystkich armii tego czasu. Z pewnością demoralizacja jakiejś części kadr podoficerskiej i oficerskiej wywołana wieloletnią wojną, a także głodowe gaże wojskowe zachęcały do poszukiwania dodatkowych źródeł zarobkowania. Podobne praktyki zdarzały się także w dywizjach legionowych, aczkolwiek stosunki między wojskowymi były tam najczęściej bliskie, oparte na wzajemnym zaufaniu i solidarności. Świadczyły o tym między innymi przykłady spożywania posiłków ze wspólnego kotła. Żołnierze legionowi doceniali też starania dowództwa, aby