С ноября 1926 по июль 1927 г. находился на учебе на Московских военно-политических курсах. По их окончании назначен в 16-й кавалерийский полк 3-й кавалерийской дивизии УВО, где проходил службу в должностях политрука полковой школы, политрука и врид командира пулеметного эскадрона. В ноябре 1929 г. переведен политруком эскадрона в 14-й кавалерийский полк этой дивизии. В мае 1931 г. И. М. Шепетов зачислен слушателем в Военную академию РККА им. М. В. Фрунзе. В мае 1934 г. окончил ее по 1-му разряду и был назначен пом. начальника штаба (он же начальник 1-го отдела) Таджикского горно-кавалерийского полка 7-й кавалерийской дивизии САВО. С августа 1935 г. и. д. начальника штаба 80-го Гиссарского горно-кавалерийского полка. С ноября 1935 г. был начальником штаба и врид командира 120-го кавалерийского полка 30-й кавалерийской дивизии ЛВО. В мае 1937 г. И. М. Шепетов был назначен пом. начальника учебного отдела по кавалерии Пензенского кавалерийского училища, он же пом. начальника училища по учебной части. С 22 октября 1937 г. и. д. начальника этого училища (15 ноября 1937 г. реорганизовано в Пензенское артиллерийское училище). С марта 1938 г. был начальником учебного отдела Тамбовского Краснознаменного кавалерийского училища им. 1-й Конной армии. С мая 1940 г. и. д. заместителя командира, он же начальник пехоты 115-й стрелковой дивизии (с октября – в составе ПрибОВО). В ноябре 1940 г. полковник И. М. Шепетов был назначен командиром 2-й моторизованной бригады. С 22 марта 1941 г. вступил в командование 96-й Винницкой горнострелковой дивизией им. Я. Ф. Фабрициуса, входившей в состав 17-го стрелкового корпуса 12-й армии КОВО. С началом Великой Отечественной войны дивизия в составе корпуса была подчинена 18-й армии Южного фронта и участвовала в приграничном сражении. Ее части вели тяжелые бои на восточном берегу р. Синявино, западнее г. Станиславов и на уманском направлении. В конце июля – начале августа 1941 г. дивизия обороняла северные подступы к г. Николаев (Уманская оборонительная операция). В середине августа город был окружен противником, дивизия оказалась отрезанной от соседних соединений. Перегруппировав свои силы, она штурмом заняла ст. Грейгово, чем обеспечила выход из окружения войск 18-й и 9-й армий. За организацию боя у ст. Грейгово и за прорыв кольца вражеских войск командир дивизии полковник И. М. Шепетов был удостоен звания Героя Советского Союза. В середине сентября 1941 г. части дивизии отошли на новый рубеж – с. Темрюк, Н. Павловка, с. Матвеевка – и держали здесь оборону до ноября 1941 г. Затем дивизия в составе 9-й армии Южного фронта участвовала в Ростовской наступательной операции. В боях на подступах к Ростову было захвачено до 400 автомашин, десятки орудий и танков. 15 декабря ее части заняли оборону по р. Миус, где находились до конца года. В январе 1942 г. дивизия была переброшена в район Лисичанска, затем Барвенково, где в составе 37-й армии участвовала в Барвенково-Лозовской наступательной операции. За мужество, отвагу и героизм личного состава она была преобразована в 14-ю гвардейскую. В феврале 1942 г. дивизия была передана 57-й армии этого же фронта. В мае 1942 г. в ходе Харьковского сражения в боях за Барвенковский выступ генерал-майор И. М.