православного церковного собору відбулися вже за Гетьманату П. Скоропадського. Невдовзі після гетьманського перевороту, 18–20 травня 1918 року, відбувся київський єпархіальний елекційний собор. Він обрав митрополитом Київським і Галицьким Антонія (Храповицього), який, за словами Сергія Єфремова, мав репутацію «найзапеклішого обрусителя й реакціонера». Характерно, що ані Гетьман П. Скоропадський, ані його міністри не були в захваті від такого рішення і не визнавали митрополита Антонія до затвердження на Всеукраїнському соборі, але й не вважали за можливе тиснути на делегатів або вимагати перегляду результатів виборів. 4 червня московський патріарх Тихон і Священний Синод затвердили Антонія митрополитом Київським і Галицьким – попри протест гетьманського уряду. Всі українські єпархії визнали його главою церкви.
Проросійське крило в середовищі церковників намагалося відтермінувати або й взагалі скасувати другу сесію Всеукраїнського собору. Вони побоювалися, що проукраїнські сили будуть активно боротися за автокефалію та скористаються підтримкою з боку гетьманського уряду, насамперед, чиновників міністерства ісповідань. Та все ж, за погодженням із владою, 20 червня – 11 липня відбулися засідання другої сесії. На її проведення Рада міністрів Української Держави асигнувала міністерству ісповідань 1 117 600 карбованців.
Із самого першого дня роботи другої сесії, так само як і на першій, позначилося протистояння проросійської більшості та проукраїнської меншості делегатів. 7 липня членів Всеукраїнської православної церковної ради позбавили мандатів, і вони були змушені припинити участь в сесії собору. Це дало змогу проросійському крилу 8 липня безперешкодно ухвалити «Положення про Вище церковне управління на Україні». Воно зберігало юрисдикцію московського патріарха над українською церквою та фактично нівелювало вплив органів державної влади на церкву. Так, московський патріарх мав затверджувати Київського і Галицького митрополита та всіх єпископів. Богослужбовою мовою в Україні залишили церковнослов’янську, зважаючи на її «багатство і придатність висловлювати істини Христової віри, душевну потребу всіх народів молитися не буденною розмовною мовою», а також те, що «від часів Кирила і Мефодія церковно-слов’янська мова об’єднує усі слов’янські церкви і народи». Українською дозволялося виголошувати проповіді за бажанням прихожан. Матеріальне забезпечення духовенства та духовних шкіл було вирішено покласти на державу.
Третя сесія Всеукраїнського православного церковного собору відбулася в Благовіщенській церкві Києво-Печерської лаври з 28 жовтня до 16 грудня 1918 року – в умовах загострення політичного становища в Україні, кризи й повалення гетьманського режиму. Проукраїнські сили на ній знову опинилися в меншості: 60–70 представників із загальної кількості в 351 делегата (тобто, менше 20 %).
Відповідно, питання про українську автокефалію знову було провалене, хоча на автокефалії наполягав гетьманський уряд, який також відмовився затвердити «Положення про