Литвиненко свидетельствует в книге «Лубянская преступная группировка»: «Нашей целью было обратиться к парламенту, президенту и общественности и рассказать, что творится в ФСБ, и что при таких спецслужбах неминуем откат к тоталитарному обществу… Но на следующий день читаю в газете, что это провокация Березовского…»
Приказ убить Березовского был отдан Литвиненко 27 декабря 1997 года Камышниковым А. П., замначальника УРПО ФСБ РФ, капитаном I ранга, на оперативном совещании в присутствии других лиц. 15 апреля 1998 года Березовский обратился к замруководителя администрации Ельцина Савостьянову Е. В. с просьбой расследовать дело. 2 октября Главная военная прокуратура ответила Березовскому (документ № 29/00/0008-98): «Установлено, что руководством и сотрудниками указанного Управления в 1997–1998 годах никаких противоправных действий в отношении Вас не планировалось и не осуществлялось /…/ Что касается необдуманных высказываний Камышникова А. П. в Ваш адрес, допущенных 27 декабря в присутствии подчиненных Литвиненко, Шебалина, Понькина и Латышенка, то эти высказывания дискредитируют его как руководителя, однако не свидетельствуют о намерении организовать совершение убийства». Это прокуратура пишет о человеке, сказавшем Литвиненко: «Ты знаешь Березовского – ты его и уберешь».
История началась, когда директором был Ковалев Н. Д. Когда директором стал Путин, Литвиненко по совету Березовского сходил к новому директору на прием. «Путин со всем соглашался, список оставил (коррупционный, который принес ему Литвиненко), справку про узбекскую группировку взял. Попросил домашний телефон. Обещал позвонить, но не позвонил. Позже из материалов уголовного дела мне стало ясно, что сразу после встречи Путин приказал продолжить слежку за мной», – свидетельствует А. Литвиненко в своей книге «Лубянская преступная группировка». На следующий день после назначения Путина, сообщает Литвиненко, генерал-полковник Трофимов А. В., замдиректора ФСБ, «…меня позвал и говорит: «Передай Березовскому, они что там, в Кремле, с ума посходили?! Зачем они его поставили? Они не понимают, что происходит в Питере, это же бандиты». Впоследствии Литвиненко сидел на Лубянке восемь месяцев и, наконец, бежал в Лондон.
Весной 1999 года произошел один из самых громких скандалов в современной России: «дело Скуратова», по центральным каналам была показана видеопленка, где был зафиксирован «человек, похожий на Генпрокурора» в постели с двумя проститутками. 7 апреля 1999 года Путин выступил на телевидении и сообщил, что предварительная оценка экспертов ФСБ и МВД признала видеозапись сексуальных развлечений «человека, похожего на Генпрокурора» подлинной, а в прессе («Коммерсант», 1999, 8 апреля) высказался за добровольную отставку Скуратова. Он также заявил, что «мероприятие», зафиксированное на видеопленке, оплачивалось «лицами, проходящими по уголовным делам», и заявил о необходимости объединить материалы двух уголовных дел – дела по статье 285 УК РФ («Злоупотребление служебным положением») относительно Скуратова и дела