Николай Константинович, генерал-майор береговой службы – 22.06.1941—03.09.1945.
Начальники отдела внешних коммуникаций:
Сендик Иосиф Моисеевич, капитан 1-го ранга – 06.10.1941—13.12.1944;
Сергеев Николай Дмитриевич, капитан 1-го ранга – 13.12.1944—30.08.1945.
Начальники исторического отдела:
Круглов Владимир Ильич, генерал-майор береговой службы – 22.06–16.08.1941 и 05.09.1944—03.09.1945 (креатура Л. П. Берия; исполнитель воли советских историков, создавших капитальные труды по теме: история Русского государства и становления советской державы, – в которых обвинили царизм в жестокой эксплуатации народов, а также заодно и в разрушении Русского флота, в результате чего он проиграл Крымскую войну и войну с Японией… В сложившейся сложной обстановке в июле-сентябре 1941 г. многим деятелям «новой исторической науки» стало не по себе в Ленинграде и Москве, и они, зная, как гестапо поступает с евреями, покинули обе бывшие русские столицы для дальнейшей «творческой деятельности» в столице советского Узбекистана Ташкенте. Подал рапорт с занимаемой должности и начальник исторического отдела Круглов В. И. Именно в то время нарком ВМФ принял решение поставить на должность руководителя исторической службы капитана 2-го ранга Ивана Николаевича Быкова, но не суждено было этому офицеру стать ведущим историком флота… После того, как утрясутся события на фронтах и в столице, «выдающиеся» советские деятели науки, в том числе и Владимир Ильич Круглов, вновь возвратятся на свои «исторические» должности.);
Быков Иван Николаевич, капитан 2-го ранга – 16.08–30.10.1941;
Бологов Николай Александрович, контр-адмирал – 30.10.1941—20.07.1943;
Долинин Михаил Михайлович, контр-адмирал – 20.07.1943—05.09.1944.
Начальники управлений боевой подготовки:
Харламов Н. М., вице-адмирал – 22.06. – 20.07.1941 и 20.11.1944—27.04.1945;
Кузнецов Константин Матвеевич, капитан 1-го ранга – 25.07–03.09.1941;
Ставицкий Сергей Петрович, вице-адмирал – 03–25.09.1941 и 17.03.1942—20.11.1944;
Коренев Константин Юлианович, контр-адмирал – 25.09.1941 – 17.03.1942;
Грен Иван Иванович, вице-адмирал – 27.04–03.09.1945.
Начальник управления связи:
Гаврилов Виктор Михайлович, инженер – вице-адмирал – 22.06.1941 – 03.09.1945 (эту кандидатуру нарком лично утвердил у Сталина, и вопросов у Генсека не возникло);
Начальник управления кораблестроения:
Исаченков Николай Васильевич, инженер-вице-адмирал – 22.06.1941 – 03.09.1945.
Начальники артиллерийского управления:
Акулин Михаил Иванович, контр-адмирал – 22.06.1941 – 03.1942;
Егоров Владимир Александрович, контр-адмирал – 03.1942—03.09.1945.
Начальник минно-торпедного управления:
Шибаев Николай Иванович, контр-адмирал – 22.06.1941—03.09.1945.
Начальники технического управления:
Орлов Александр Григорьевич, инженер-вице-адмирал – 22.06.1941—28.04.1945;
Савин Александр Николаевич, инженер-контр-адмирал – 22.04–03.09.1945.
Начальники химического управления (креатуры Л. П. Берия):
Смирнов Сергей Павлович, капитан 1-го ранга – 22.06.1941—09.1942;
Романов Борис Иванович, контр-адмирал – 09.1942 – 03.09.1945.
Начальник управления радиолокаций:
Архипов Сергей Николаевич, инженер-контр-адмирал