Петр Никифорович, контр-адмирал – 09.09. – 06.11.1941
Фролов Александр Сергеевич, контр-адмирал – 11.09.1945 – 26.06.1942
Трайнин Павел Алексеевич, контр-адмирал – 26.06. – 11.09.1946 и 04.03. – 25.04.1943
Рутковский Владимир Иванович, капитан 1-го ранга – 11.09.1947 – 21.07.1944
Командиры Новороссийской ВМБ:
Александров Александр Петрович, капитан 1-го ранга – 22.06. – 24.07.1941
Фролов А. С., капитан 1-го ранга – 24.07. – 10.09.1941
Холостяков Георгий Никитич, контр-адмирал – 10.09.1941 – 12.1944
Зубков Александр Илларионович, капитан 1-го ранга – 12.1944 – 09.05.1945
Командиры Туапсинской ВМБ:
Кулишов И. Д., контр-адмирал – 19.10.1941 – 26.03.1942
Трайнин П. А., контр-адмирал – 26.03. – 08.04.1942
Жуков Г. В., контр-адмирал – 08.04.1942 – 22.03.1943
Голубев-Монаткин И. Ф., капитан 1-го ранга – 22.03.1943 – 29.01.1944
Васильев Андрей Григорьевич, капитан 1-го ранга – 29.01–10.08.1944.
Командир Констанцкой ВМБ:
Новиков Тихон Андреевич, контр-адмирал – 01.09.1944 – 09.05.1945
Командующие эскадрой:
Владимирский Л. А., вице-адмирал – 22.06.1941 – 05.05.1943
Басистый Н. Е., вице-адмирал – 05.05.1943 – 29.09.1944
Горшков С. Г., вице-адмирал – 29.09.1944 – 09.05.1945
Командиры бригады крейсеров и линкора:
Горшков С. Г., контр-адмирал 22 06. – 12.10.1941
Басистый Н. Е., контр-адмирал – 25.07.1942 – 29.03.1943
Командиры отряда легких сил:
Новиков Тихон Андреевич, контр-адмирал – 22.06. – 06.11.1941
Басистый Н. Е., контр-адмирал – 06.11.1941 – 25.07.1942
Командир 1-й бригады подводных лодок (ПЛ):
Болтунов Павел Иванович, контр-адмирал – 22.06.1941 – 12.08.1942
Командир 2-й бригады ПЛ:
Соловьев Михаил Георгиевич, капитан 1-го ранга – 22.06.1941 – 28.08.1942
Командиры бригады ПЛ:
Болтунов П. И., контр-адмирал – 28.08.1942 – 16.03.1943
Крестовский Андрей Васильевич, капитан 1-го ранга – 16.03.1943 – 17.01.1944
Соловьев М. Г., капитан 1-го ранга – 05.01. – 09.03.1944
Чурсин Серафим Евгеньевич, капитан 1-го ранга – 27.05–09.06.1944
Командир 1-й бригады ПЛ:
Чурсин С. Е., контр-адмирал – 23.06.1944 – 09.05.1945
Командир 2-й бригады ПЛ:
Соловьев М. Г., контр-адмирал – 23.06.1944 – 09.05.1945.
Командиры 1-й бригады торпедных катеров (ТК):
Филиппов А. М., капитан 1-го ранга – 22.06.1941 – 10.04.1944
Дьяченков Георгий Данилович, капитан 2-го ранга – 10.04.1944 – 12.03.1945
Нарыков Василий Максимович, капитан 2-го ранга – 22.04.1943 – 09.05.1945
Командиры 2-й бригады ТК:
Мельников Александр Александрович, капитан 2-го ранга – 22.06. – 24.12.1941
Савин Сергей Степанович, капитан 2-го ранга – 24.12.1941 – 22.04.1943
Проценко Виктор Трофимович, капитан 2-го ранга – 22.04.1943 – 09.05.1945
Командиры 1-й бригады траления (БТ):
Фадеев В. Г., контр-адмирал – 21.07.1942 – 10.09.1943 Новиков Т.А., контр-адмирал – 10.09.1943 – 03.09.1944 Дубровский Владимир Георгиевич, капитан 2-го ранга – 03.09.1944 – 15.01.1945
Попов Михаил Николаевич, капитан 1-го ранга – 15.01. – 09.05.1945
Командиры 2-й БТ:
Студеничников Александр Федорович, капитан 1-го ранга – 05.1944 – 21.07.1944
Катунцевский Григорий Васильевич, капитан 2-го ранга – 21.07.1944 – 09.05.1945
Командиры 3-й БТ:
Иванов Алексей Петрович, капитан 2-го ранга – 19.06.1944