(Лишь на самое короткое время он оставляет Августейшую Семью, чтобы оказать помощь больной тифом вдове его погибшего сына Дмитрия, а когда её состояние не стало более вызывать у него опасений, Евгений Сергеевич без каких-либо просьб и принуждения возвратился назад к Августейшим Узникам.)
Незадолго до возвращения Государя после отречения в Царское Село, все Его Дети друг за другом стали заболевать корью, разносчиком которой явился один из товарищей по детским играм Наследника Цесаревича. И в этот тяжёлый для Августейшей Семьи момент Евгений Сергеевич вместе с Государыней практически сутками не отходил от постелей больных Детей, а когда Их болезнь пошла на спад, Е. С. Боткин проявил себя в новом качестве, став заниматься с Алексеем Николаевичем чтением русской литературы. И надо сказать, что занятия эти доставляли обоим огромное удовольствие, поскольку доктор сумел увлечь ещё совсем юного подростка красотой лирики М. Ю. Лермонтова, стихи которого Наследник Цесаревич заучивал наизусть…
12 (25) апреля 1917 года Александровский Дворец посещает Министр Юстиции А. Ф. Керенский. В ожидании аудиенции у Государыни, он имел разговор с доктором Е. С. Боткиным, который, ссылаясь на нездоровье всех Членов Царской Семьи, на правах домашнего врача настоятельно рекомендует для своих Августейших Пациентов перемены климата и отправки Их в более спокойное место, ещё не охваченное вихрем революционных событий. А. Ф. Керенский даёт понять, что бояться нечего, и что уже совсем скоро все Романовы будут доставлены в Крым.
Но, как показали дальнейшие события, этого не случилось…
В конце июля 1917 года Министр-Председатель Временного Правительства А. Ф. Керенский объявил Государю и Его Семье, что все Они вместо поездки в Крым будут отправлены в один из сибирских городов.
Верный своему долгу, Е. С. Боткин, ни минуты не колеблясь, принимает решение разделить Их участь и выехать в эту сибирскую ссылку вместе со своими детьми. А на вопрос Государя, на кого он оставит своих самых младших детей Татьяну и Глеба, он ответил, что для него нет ничего выше, чем забота об Их Величествах.
Прибыв в Тобольск, Е. С. Боткин, вместе с частью слуг экс-Императора, пожелавших добровольно отправиться в изгнание, проживал в доме купца-рыбопромышленника И. Н. Корнилова, расположенном почти напротив Губернаторского дома, где была размещена Царская Семья.
В доме Корнилова Е. С. Боткин занимал две комнаты, где он в соответствии с полученным разрешением мог принимать солдат Сводного Гвардейского Отряда по охране бывшего царя и местное население. И куда 14 сентября 1917 года прибыла его дочь Татьяна, а ещё через несколько дней – и сын Глеб.
Об этих последних в своей жизни днях врачебной практики, об отношении солдат, тобольчан и просто приезжавшего к нему издалека местного населения, Е. С. Боткин написал в последнем письме, адресованному «другу Саше»:
«Их доверие меня особенно трогало, и меня радовала их уверенность, которая их никогда не обманывала, что я приму их с тем же вниманием и лаской, как всякого другого больного и не только как равного