1917 года начались большевистские гонения на Церковь, преподобный Анатолий оставался в Оптиной пустыни, пока это было возможно, разделяя с братией страдания, выпавшие на долю монастыря. В конце июля 1922 года в монастырь нагрянула комиссия ГПУ, начались допросы, тяжело больному батюшке объявили об аресте. Праведник смиренно попросил себе отсрочку, чтобы приготовиться в путь. Он уединился в своей келье и молился всю ночь, можно только догадываться, какой силы была эта молитва. Под утро келейник нашел старца стоящим на коленях, а когда через несколько минут вернулся, то увидел, что отец Анатолий тихо отошел ко Господу. Наутро приехали члены комиссии, подошли к келье старца, грозно спросили: «Старец готов?» – «Да, готов», – ответил келейник и открыл перед ними дверь в келью, где на столе в гробу лежал «приготовившийся» почивший старец. Его похоронили возле могилки старца Амвросия, у которой он стоял за две недели до своей смерти и повторял: «А тут ведь вполне можно положить еще одного. Как раз место для одной могилки. Да, да, как раз…». После прославления в 2000 году отец Анатолия (Потапова) в лике святых Русской Православной Церкви, его мощи поместили для поклонения во Владимирском храме Оптиной пустыни, в котором он так любил беседовать с духовными чадами.
Преподобный отче Анатолий, отрадный луч зари благодати Оптинского старчества! Прозвал народ тебя утешителем за твою великую любовь и сострадание ко всем Познал ты чистым сердцем всякую нужду и немощь в людях и через то умел и каждого понять и каждому помочь. Господь наш Сердцевед не оставлял твои молитвы без внимания, и помогал прибегшим к твоему совету. И ныне к этому совету прибегаем мы и просим утешения во всех страданиях, и бедах и напастях. Как встарь, благослови нас и прости, успокоение пошли уставшим душам нашим. Направь наш путь к тому, что уготовал нам Господь, и помоги понять значение и смысл событий нашей жизни. Простить, помочь, утешить… Сколь много Бог дал тем, кто к этому способен, и сколь необходимы те, кто к этому готов. В суровую годину испытаний ты не утратил этот дар, но преумножил свою помощь людям. Мы помним это, и тебя благодарим и просим нам помочь. Помочь советом в том, как научиться жить и следовать воле Божией. Мы помним твое слово, что чрез всех и все нам Бог являет Свою Волю и доставляет много случаев запечатлеть добротность направления к спасению Пошли нам старец, верность этому пути. Не дай забыть нам также то, что этот путь ведет нас в Царство Божие через страдания и скорби Преодолей твоей молитвой наше малодушие, напомни нам, что пред кончиной будем Господа благодарить за горе и страдания. И чем их было больше в нашей жизни, тем легче души наши будут возноситься к Богу.
Мы также верим, тем не менее, и в то, что Бог пошлет нам утешение по старческой твоей молитве. Ты говорил, что горе, и болезни, и страдания – все это посещения Господни, которые нам всем пойдут на пользу. И милостивый Бог нам сотворит покой и мир душевный среди скорбей.