природы требует большого формата, и в 1861-м заказывает камеру под пластинки 18x22» (45,7х55,9 см.), которую использует при первом же своем путешествии в долину Йосемити (Yosemite) в горах Сьерра Невада в Калифорнии. Там он снимает на свою камеру тридцать негативов – помимо сотни стереографических видов, которые делает на другую – (стерео)камеру. Его съемка долины одной из первых получает известность на восточном побережье США, более того – она превращается в фактор, повлиявший на издание в 1864-м президентом Линкольном закона, по которому долина объявляется неприкосновенной: этот закон кладет начало системе национальных парков. В своих путешествиях Уоткинс обычно использует две-три громоздкие камеры, которые, вместе со всем остальным фотографическим грузом и запасом продуктов на несколько недель, делают передвижение крайне затруднительным. И поскольку у Уоткинса нет возможностей, существовавших у британских фотографов в Индии, он пользуется выгодами сотрудничества с железнодорожными компаниями, снимая для них в обмен на постоянный проезд. В результате в 1873-м Уоткинс уже путешествует сразу в двух вагонах: в одном перевозит оборудование, а в другом – лошадей. Кроме того, в 1865 году Уоткинс становится официальным фотографом Геологической службы штата Калифорния (California State Geological Survey), не пренебрегая и этими возможностями для своих путешествий. Его фотографии показываются на международных выставках, и в 1867-м на Парижской международной выставке он получает первый приз за свои пейзажи (там же фотографии выставляются на продажу, но стоят дорого – по $150).
В том же году Уоткинс открывает в Сан-Франциско Художественную галерею Йосемити (Yosemite Art Gallery), стены которой завешивает крупноформатными изображениями в черных рамах из ореха и в паспарту с золотым обрезом. Подобное оформление опять же дает ему повод назначать на свои работы огромные цены, однако, будучи плохим бизнесменом, в 1874-м он вынужден объявить о своем банкротстве. Его негативы – вместе со всей галереей – продаются фотографу Исайе Тэберу (Isaiah Taber, 1830–1912), который публикует уоткинсовские изображения под собственным именем (фотограф вообще неоднократно страдает от присвоения его фотографий или же точек съемки коллегами). Однако Уоткинс продолжает снимать и спустя семь лет становится менеджером своей бывшей галереи – уже при другом владельце.
В 1879-м, в возрасте 50-ти лет, он женится на 22-летней Фрэнс Снид (Frances Sneade) и у них рождается двое детей. Семья Уоткинса живет в постоянной бедности, временами домом им даже служит заброшенный товарный вагон. К концу жизни у фотографа сильно падает зрение и с 1897-го он во всем вынужден полагаться на своего помощника Чарльза Таррелла (Charles B.Turrill, 1854–1927).
В 1906 году в результате землетрясения и пожара в Сан-Франциско студия Уоткинса и все его фотографии, которые он намеревался сохранить для Стэнфордовского университета, оказываются уничтожены. Тремя годами позже его признают неправоспособным, а в 1910-м году отправляют в больницу для душевнобольных Napa State Hospital, где он и умирает. Его хоронят на больничной территории в могиле без имени.