Muñoz nació en Valencia. Inició sus estudios en la universidad de esta ciudad y se graduó en ella de bachiller en artes el 6 de junio de 1537.1 La etapa de su primera formación cabe situarla, por tanto, en la década 1530-1540. En esta época, la Universidad de Valencia, fundada en 1499, comenzaba ya a destacar como uno de los principales centros docentes de todos los reinos hispánicos y el más importante de la Corona de Aragón. Era una típica universidad municipal, mantenida económicamente y regentada directamente por la oligarquía burguesa local. El cuadro de las enseñanzas seguía el esquema normal de las universidades: estudios de gramática y latinidad, de carácter básico; facultad de artes, y las tres mayores de teología, cánones y leyes, y medicina. Contaba, desde 1503, con una cátedra de matemáticas que, en la segunda mitad del siglo y durante algún tiempo, se desdobló en dos. El Estudio General valenciano desarrolló de manera preferente la enseñanza de la medicina y de los estudios humanísticos, quedando muy en segundo término la docencia teológica y jurídica, en contraposición a lo que sucedía en los grandes centros castellanos de la época. En la época de las Germanías, Juan Andrés Strany, discípulo de Nebrija, trató de impulsar los estudios humanísticos, y aunque a partir de 1522 fue apartado de sus puestos, sus discípulos continuaron su labor. En 1524 se introdujo una cátedra de griego, con lo que la universidad valenciana se convirtió en la tercera, después de Salamanca y Alcalá, que impartía enseñanzas de esta materia. Desde 1525 existía una cátedra «Lorenzo Valla», lo que indica la introducción del latín humanístico, y en 1532 se introdujo una cátedra de hebreo. Por los mismos años (1525) fue nombrado rector de la Universidad Juan de Celaya, el «doctor parisiensis» formado en la Universidad de París y destacado miembro del grupo de nominalistas y «calculatores» de esa universidad de principios de siglo. En conjunto, en el Estudio valenciano convivieron estos años –no sin conflictos– las diversas corrientes doctrinales e ideológicas de la época: la tradición luliana, el neonominalismo de signo parisiense, las diversas manifestaciones del humanismo, la inquietud renovadora del erasmismo y ciertos brotes reformistas.2
En medicina, desde los primeros años de funcionamiento del Estudio existían dos cátedras, una dedicada a la exposición de los fundamentos doctrinales y otra a la enseñanza de la anatomía y medicamentos simples o hierbas. Además, se incorporó la enseñanza de la cirugía, que se venía impartiendo en la ciudad desde 1462. Con esto, la Universidad de Valencia dispuso de las primeras cátedras hispánicas, tanto de cirugía como de anatomía y simples.3
Entre los profesores de la Universidad de Valencia en los años treinta, cuando Muñoz estudió en ella, cabe destacar a Miguel Jerónimo Ledesma, catedrático de griego e introductor en Valencia del humanismo médico;4 Pedro Antonio Beuter, titular de la cátedra de Biblia y autor, entre otras obras, de la Primera part de la Història de València; Francisco Stela, profesor de hebreo entre 1532 y 1536, año en que se retira la cátedra hasta su recuperación en 1544, y Juan Angel Gonsalves, catedrático de poesía y oratoria e importante figura del humanismo valenciano vinculado al círculo de Mencía de Mendoza. La cátedra de matemáticas y astronomía estaba a cargo de Miguel Cerves, entre 1531 y 1545, del que no sabemos nada ni tampoco del contenido de sus enseñanzas.5
Concluidos sus primeros estudios y con el grado de bachiller en artes, Muñoz viajó por Europa para completar su formación.6 Los viajes constituyen un aspecto esencial del proceso de constitución de las modernas ciencias. A partir del Renacimiento, cuando se inició el proceso de cambios habitualmente conocidos como Revolución Científica, surgieron muchos lugares de transmisión del saber y de sociabilidad intelectual, además de fundarse nuevas universidades que se sumaron a las ya existentes. Los estudiosos europeos con recursos económicos se movían cruzando las fronteras de las naciones, los regímenes políticos, las religiones y las lenguas, unidos por el latín y una herencia cultural común. Recorrían largos itinerarios en su ambición por desarrollar y ampliar sus conocimientos y, en su caso, para colaborar con los sabios de gran reputación, privadamente, en las residencias de estos o en otros lugares como academias, cortes de los príncipes o estancias de los nobles o aristócratas, universidades, museos u otros lugares de sociabilidad o de enseñanza de los saberes científico-técnicos o humanísticos.
En sus obras manuscritas Muñoz menciona, como maestros propios, a Oronce Finé y a Gemma Frisius,7 lo que implica que Muñoz debió de residir algún tiempo en París, donde enseñaba Oronce Finé, y en Lovaina, siguiendo las enseñanzas de Gemma Frisius.
Oronce Finé fue profesor de matemáticas del Colegio Real (Collège Royal) de París, fundado por Francisco I. Bajo la influencia de los humanistas, especialmente por Guillaume Budé, Fancisco I estableció la institución de los Lecteurs Royaux para enseñar materias ajenas a los escolásticos (o apenas tratados por ellos), particularmente griego y hebreo, en un principio, seguidas por las disciplinas matemáticas, que no gozaban del mismo estatus que las lenguas. Más tarde se añadieron latín, retórica, filosofía y medicina. El Colegio Real se convirtió en un centro de atracción para los humanistas de todos los países. Andres Laguna, un destacado médico español, al parecer aprendió griego con un profesor de esta institución.8 Las obligaciones de Finé eran impartir cursos para una audiencia tan amplia como fuera posible y elaborar y publicar manuales de la materia. En cuanto a su audiencia, se ha señalado cierto grado de ambigüedad: enseñaba y escribía para expertos, pero también para un público amplio que asistía a los cursos del Colegio Real: aristócratas, navegantes, topógrafos y comerciantes. Las lecciones eran de asistencia libre y abierta al público parisino en general. La labor de Finé fue esencial para difundir y elevar el estatus de las matemáticas en Francia. Finé formó a toda una generación de matemáticos franceses, incluido Petrus Ramus, Jacques Peletier y Pierre Forcadel. Finé fabricaba y vendía instrumentos, diseñaba mapas, preparaba las ilustraciones de sus muchos libros y trabajó como editor y corrector en las imprentas y editoriales parisinas. Sus obras publicadas abarcan todo el espectro de las matemáticas renacentistas. Las bibliografías publicadas por los biógrafos de Finé listan unos 70 libros (incluyendo los editados por él mismo) sobre temas como geometría práctica, aritmética, gnomónica, óptica, música, astronomía y cosmografía. Entre los textos que editó de otros matemáticos figura la Arithmética theórica y práctica (1519) del español Juan Martínez Siliceo, que estudió teología en París, las Theoricae de Peurbach (1525) y los seis primeros libros de Elementos de Euclides (1536).9
Las obras y actividades de Finé en matemáticas, según se entendían estas disciplinas en su época, es decir, incluyendo lo que se ha llamado la tradición de matemáticas prácticas, tuvieron una gran influencia en Jerónimo Muñoz, así como las enseñanzas y obras de su otro profesor, al que él mismo cita como «institutor noster», Reiner Gemma Frisius.10
Aunque no conocemos la secuencia exacta podemos suponer que, tras su estancia en París, hacia finales de la década de 1530 o principios de la de 1540, Muñoz se trasladó a Lovaina a estudiar con Gemma Frisius. Médico y matemático, Gemma ejerció la medicina (fue médico de Carlos V) y enseñó esta materia en la Universidad de Lovaina. Pero, al parecer, Gemma estaba más interesado en las matemáticas, especialmente en las matemáticas prácticas, que en la medicina, y aunque nunca enseñó estas materias en la universidad desde 1543 y al menos hasta 1547, impartía lecciones privadas de geometría y astronomía en su domicilio, frecuentadas por autores como el flamenco Georg Mercator, el español Juan de Rojas, el inglés John Dee y el propio