Se practicó un sistemático exterminio de los milicianos de izquierdas y de todo aquel sospechoso de simpatizar con el Frente Popular. En Almendralejo se fusiló a mil prisioneros, incluidas cien mujeres. En apenas una semana avanzaron 200 kilómetros.
El 7 de agosto Franco vuela a Sevilla e instala su cuartel general en el lujoso palacio de la marquesa de Yundari.
El 11 de agosto es tomada Mérida y el 15 de agosto, Badajoz (tras la toma de esta ciudad se produjo lo que se conoce como la masacre de Badajoz en la que las tropas moras asesinaron a varios miles de personas) lográndose unir las tropas rebeldes de las dos zonas controladas, Norte y Sur. Las dificultades que Yagüe encontró para tomar Badajoz hicieron que Italia y Alemania se decidan a incrementar su ayuda a Franco. Mussolini envió un ejército de voluntarios, la Corpo Truppe Volontarie (CTV), de unos 12.000 italianos plenamente motorizado, y Hitler, un escuadrón de profesionales de la Luftwaffe (2JG/88) con alrededor de 24 aviones.
El 26 de agosto Franco traslada su cuartel general al palacio de Los Golfines en Cáceres.
El 3 de septiembre las tropas de Franco toman Talavera. La publicidad de la ferocidad desplegada por las tropas moras en Badajoz provocó que parte de las milicias republicanas y de la población, huyeran de la ciudad antes de presentar batalla. El 20 de septiembre, las columnas llegan a Maqueda, a unos 80 km de Madrid). La decisión de Franco de avanzar por Extremadura en lugar de hacerlo directamente por Córdoba, había sido cuestionada; pero después de avanzar a un ritmo vertiginoso más de 500 kilómetros en dos meses, conquistando las principales ciudades del suroeste, su prestigio nuevamente se vio reforzado.
Con las tropas en Maqueda, casi a las puertas de Madrid, Franco desvía fuerzas hacia Toledo para liberar el Alcázar. Esta controvertida decisión permitió a los republicanos reforzar las defensas de Madrid, pero personalmente le supuso un gran éxito propagandístico. El Alcázar era un foco de resistencia donde en los primeros días de la sublevación se habían refugiado un millar de guardias civiles y falangistas con sus mujeres e hijos. Estaban ofreciendo una resistencia desesperada. Las tropas de Franco los liberaron el 27 de septiembre, convirtiendo esta liberación en una leyenda y afianzando su posición dentro de los líderes rebeldes.
Ascenso al poder
Sanjurjo había sido elegido por unanimidad para capitanear la sublevación. Con su muerte, la sublevación quedó descabezada, y los fracasos de Goded en Barcelona y Fanjul en Madrid dejaron al general Mola sin competidores en la carrera por dirigir el levantamiento. El 23 de julio, Mola creó una Junta de Defensa Nacional integrada por siete miembros y encabezada por Miguel Cabanellas (el general más antiguo) en la que no figuraba Franco. Fue el 3 de agosto cuando Franco es incorporado a la Junta. Para entonces, las primeras unidades de África habían cruzado el estrecho y Franco disfrutaba de unas relaciones privilegiadas con Italia y Alemania. En conversación telefónica, el 11 de agosto, ambos generales valoraron que no era efectivo duplicar los esfuerzos para conseguir la ayuda internacional y Mola cedió a Franco la relación con los que ya eran sus aliados y con ello, el control de los suministros.
A las dificultades que encontró Mola en su avance hacia Madrid (Mola tuvo que distraer tropas para responder al ejército republicano en el norte y su avance se vio frenado en el puerto de Somosierra) se contrapuso el vertiginoso avance de Franco. Si en los primeros momentos del levantamiento Franco no disponía de posibilidades de liderarlo, ya en septiembre (no habían pasado dos meses) se había convertido en el más sólido candidato para encabezarlo. El 15 de agosto Franco tomó una iniciativa que permite suponer que ya contempla esa posibilidad y que probablemente contribuyó a consolidar su posición. Franco, sin consultar con Mola, en un solemne acto público celebrado en Sevilla, adoptó la bandera roja y gualda. Posteriormente, la Junta de Defensa Nacional, forzada por esta iniciativa, confirmó oficialmente la bandera. Sólo dos semanas antes, Mola había rechazado contundentemente a Juan de Borbón, el heredero de la corona, cuando intentó incorporarse al levantamiento. Franco se aseguraba así el apoyo de los monárquicos.
A finales de agosto, Messerchmidt, representante en España de la operación alemana para enviar los suministros a los rebeldes, se entrevistó con Franco. Inmediatamente después envió el siguiente comunicado a Alemania: "Excuso decir que todo debe quedar en las manos de Franco para que pueda haber un dirigente que lo mantenga todo unido". Franco, por entonces disponía de un grupo de militares (Kindelán, Nicolás Franco, Orgaz, Yagüe y Millán Astray) dispuestos a maniobrar para elevarlo a comandante en jefe y jefe de Estado.
El 14 de septiembre se celebró en Burgos una reunión de la Junta en la que no se planteó el tema del mando único. El 17 de septiembre Queipo de Llano y Orgaz fueron incorporados a la Junta como vocales; y el 21 de septiembre, convocada por Franco, se reunió nuevamente la Junta, esta vez en Salamanca. En una reunión tensa, Kindelán insistió reiteradamente, con el apoyo de Orgaz, para que se tratase el tema del mando único. La reunión se había iniciado a las 11 de la mañana, se pospuso al mediodía y al reanudarse a las 4 de la tarde, Kindelán insistió: “Si en el plazo de ocho días no se nombra Generalísimo yo me voy”. Kindelán propuso a Franco y contando incluso con la conformidad de Mola, Franco fue nombrado Jefe de los ejércitos, "Generalísimo". No contó con el apoyo de Cabanellas que propuso una dirección colegiada y recordó las vacilaciones de Franco para unirse al levantamiento hasta el último momento. La reunión terminó con el compromiso de mantener en silencio la decisión hasta que no se publicase en el decreto.
Ese mismo día, Franco, retrasando el avance sobre Madrid, decide desviar sus tropas hacia Toledo, una plaza mucho más asequible que la capital, para liberar el Alcázar. El día 27 el Alcázar es liberado y en Cáceres se celebra una manifestación de exaltación a Franco.
Al día siguiente en Salamanca, el 28 de septiembre, se celebró otra reunión de la Junta de Defensa Nacional. Kindelán llevaba preparado un borrador del decreto por el que se nombraría a Franco Generalísimo de los ejércitos y jefe del Gobierno durante el periodo de guerra. Ante las reticencias del resto de miembros de la Junta a unir el mando militar y el político, Kindelán propuso una pausa para almorzar; y en el transcurso de ésta, presionó junto con Yagüe al resto de miembros del consejo para que apoyasen la propuesta. Reanudada la reunión la propuesta fue aceptada por todos excepto por Cabanellas y con las reticencias de Mola. El consejo quedó con el encargo de redactar el decreto definitivo. El general Cabanellas comentaría a miembros de la Junta:
Ustedes no saben lo que han hecho porque no lo conocen como yo, que lo tuve a mis órdenes en África como jefe de una de las unidades de la columna a mi mando; y si, como quieren va a dársele en estos momentos España, va a creerse que es suya y no dejará que nadie le sustituya en la guerra, ni después de ella, hasta la muerte.
Si bien la propuesta de Kindelán contemplaba que el nombramiento fuese durante el periodo de guerra, en el decreto no figuró esa limitación. Y habiendo sido nombrado "Jefe del Gobierno", Franco comenzó a referirse a sí mismo como "Jefe del Estado". Al día siguiente, los medios de comunicación franquistas daban la noticia de que había sido investido "jefe de Estado"; y, también ese mismo día, Franco firmó su primera orden como "jefe de Estado".
Desde la batalla de Madrid hasta el final de la Guerra Civil
Una vez autonombrado jefe del Estado, comenzó el culto a su personalidad. Se inició una campaña de propaganda al estilo fascista, la zona sublevada se inundó de carteles con su efigie, los periódicos debían encabezarse con el eslogan: “Una Patria, un Estado, un Caudillo”. Franco escogió, al igual que Mussolini escogiera “Duce”, la distinción de “Caudillo”. A su paso, en sus discursos y en actos públicos se le aclamaba “¡Franco!, ¡Franco!, ¡Franco!” y se difundió masivamente sus supuestas virtudes: inteligencia, voluntad, justicia, austeridad,... Surgieron sus primeros hagiógrafos calificándolo de “Cruzado de Occidente, Príncipe de los Ejércitos”. A su dechado de virtudes se le sumaban dotes excepcionales: “Mejor estratega del siglo”. Expresiones, citas, ocurrencias y discursos suyos se repitieron insistentemente en todos los medios de comunicación. Desde entonces, una de sus obsesiones fue la de controlar los medios de comunicación.
Franco envió telegramas a Hitler y Rudolf Hess en los que, en tono cordial, les comunicaba su proclamación. Hitler le respondió