getrieben. Von dieser Stelle führen zwei Schächte 800 m tief auf das Niveau des Eisenbahntunnels, die von der südafrikanischen Spezialfirma Shaft Sinkers gebohrt wurden. Erst von dort unten begannen die eigentlichen Bauarbeiten am Basistunnel. Durch diese Aufteilung wurde eine Reduzierung der Bauzeit um die Hälfte erwartet.
Am 15. Oktober 2010 wurde die Oströhre durchgebrochen, 27 km vom Nordportal entfernt und rund 2500 Meter unter dem Gipfel des 2983 m hohen Piz Vatgira. Am 23. März 2011 erfolgte der letzte Durchbruch in der Weströhre.
Insgesamt wurden 80 % der Tunnelröhren mit TBM und 20 % im Sprengvortrieb ausgebrochen. Dabei fielen über 28 Millionen Tonnen Gestein an.
Bei den Vortriebsarbeiten kamen (Stand: 2010) acht Menschen ums Leben.
Baulose
Abschnitt Erstfeld
Im Bereich des Nordportals bei Erstfeld im Kanton Uri hatte sich der Beginn des maschinellen Vortriebs verzögert. Infolge der wiederholten Einsprache seitens eines im Auswahlverfahren unterlegenen Bewerbers konnte der Bauauftrag für diesen Abschnitt erst im Februar 2007 vergeben werden. Nach dem Ausbruch der Startröhren und dem Aufbau der Tunnelbohrmaschine (TBM) Gabi I (S-229) wurde am 4. Dezember 2007 mit den Bohrarbeiten in der Oströhre begonnen, Gabi II (S-230) folgte ab Mitte 2008 in der Weströhre.
Der Gesamtzeitplan, der 2002 noch von einer Inbetriebnahme in den Jahren 2013/14 ausging, wurde durch diese Verzögerung und technische Schwierigkeiten in anderen Abschnitten verändert. Inzwischen wird Ende 2016 als Inbetriebnahmetermin angegeben (Stand Mitte 2011).
Trotz dieser Verzögerungen konnten die Bohrmaschinen den 7,6 Kilometer langen Abschnitt in weniger als zwei Jahren ausbrechen. Der Durchschlag erfolgte am 16. Juni 2009 um 11.58 Uhr und somit sechs Monate früher als geplant. Die horizontale und vertikale Abweichung betrug weniger als 1 Zentimeter.
Abschnitt Amsteg
Vom Zwischenangriff Amsteg her bohrten die beiden Tunnelbohrmaschinen Gabi I + II (S-421 + S-422) in südlicher Richtung zur Multifunktionsstelle Sedrun. Dabei mussten immer wieder Störzonen mit lockerem Gestein durchfahren werden, was den Vortrieb teilweise massiv behinderte. Die beiden TBM haben die 11,35 km bis zum Durchbruch ins Baulos Sedrun neun Monate früher als geplant zurückgelegt und wurden rückwärts hinaustransportiert, um in Erstfeld nochmals zum Einsatz zu kommen.
Abschnitt Sedrun
Im Abschnitt Sedrun mussten in nördlicher Richtung bis zum Sommer 2007 noch einige hundert Meter im Sprengvortrieb in sehr anspruchsvollem Gestein ausgebrochen werden, bis der Durchbruch am 17. Oktober 2007 in die von den beiden TBM gebohrten Röhren möglich war.
Der Durchschlag auf der südlichen Seite zwischen den Multifunktionsstellen Sedrun und Faido erfolgte in der Oströhre am 15. Oktober 2010. Das Ereignis wurde medial vorbereitet und im Fernsehen live übertragen. Kameras waren sowohl bei der Tunnelbohrmaschine auf der Seite von Faido sowie bei den geladenen Gäste auf der Sedruner Seite postiert. Die Fernsehzuschauer konnten sehen, wie die trennende Felswand von rund 10 Meter Durchmesser von dem rotierenden Bohrkopf in Brocken vor die Ehrengäste fiel und schliesslich um 14:17 Uhr durchbrochen war.
Abschnitt Faido
Im Abschnitt Faido, wo es infolge des enormen Bergdrucks immer wieder zu kleineren Einstürzen kam, lag man jahrelang im Zeitplan zurück. Deshalb beschloss 2006 die Bauherrin, die AlpTransit Gotthard AG, eine Option in den Verträgen mit den Baukonsortien einzulösen und die Losgrenze für das Baulos Sedrun um einen Kilometer nach Süden zu verschieben, um den Rückstand in Faido zu kompensieren.
Ab dem Spätsommer und Winter 2007 wurde mit zwei Tunnelbohrmaschinen in Richtung Sedrun gebohrt. Der Durchbruch erfolgte in der Weströhre am 15. Oktober 2010, in der Oströhre am 23. März 2011.
Abschnitt Bodio
Im Abschnitt vom Südportal bei Bodio wurden die beiden Tunnelröhren mit einem Durchmesser von je ca. 8,80 Meter nördlich in Richtung Faido mit Tunnelbohrmaschinen (TBM) vorgetrieben. Der Baubeginn für den rund 15 Kilometer langen Bauabschnitt erfolgte in der Röhre Ost im November 2002 und in der Röhre West im Februar 2003. Der Durchbruch in die rund 2 km lange Multifunktionsstelle Faido war für den April 2005 eingeplant gewesen, doch erfolgte er aufgrund von geologischen Problemen erst 17 Monate später am 6. September 2006 (Oströhre), jener in der Weströhre am 26. Oktober 2006.
Tunnelbohrmaschinen
Die auf der Tessiner Seite eingesetzten Tunnelbohrmaschinen (TBM) hatten einen Bohrkopf mit einem Durchmesser von 8890 mm, der mit 58 Rollenmeisseln versehen war und von zehn Motoren mit jeweils 350 kW angetrieben wurde. Die von der Firma Herrenknecht im baden-württembergischen Schwanau stammenden Geräte trugen den Namen Heidi (S-211) und Sissi (S-210) und waren inklusive Nachläufer rund 400 m lang. Nach dem Durchbruch 2006 wurden die beiden TBM zunächst generalrevidiert und die Bohrköpfe von 8,89 m auf 9,43 m erweitert, bevor sie im Sommer 2007 für den übrigen Teil des Bauloses Faido in Richtung Sedrun angedreht wurden.
Vorarbeiten für zusätzliche Optionen
Verlängerung im Norden
Im Inneren des Berges bei Erstfeld wurde für weitere 100 Mio. CHF das Verzweigungsbauwerk «Uri Süd» gebaut. Damit wurde eine mögliche spätere Weiterführung des Tunnels in Richtung Norden und damit die Umfahrung von Altdorf in der sogenannten Urner Bergvariante («Berg lang geschlossen») vorbereitet. Diese von der Urner Bevölkerung und Regierung geforderte Lösung zum Schutz der Reussebene vor weiteren Emissionen (Lärm, Erschütterung) wurde vom Bundesrat im Juni 2002 zur Planung beauftragt.
Das neue Tunnelteilstück würde im Raum Flüelen mit dem ebenfalls noch zu bauenden Axentunnel verbunden werden, was den Gotthard-Basistunnel faktisch auf rund 75 Kilometer verlängern würde. Finanzierung und der Zeitrahmen für diese weiteren NEAT-Abschnitte bleiben offen.
2007 wurden im Kanton Uri Stimmen laut, die statt der Urner Bergvariante nun doch eine Talvariante bevorzugen, um die Möglichkeiten für eine Anbindung des Kantons an den Hochgeschwindigkeitsverkehr nicht zu verbauen, wie dies mit einer Tunnelumfahrung der Fall wäre.
Porta Alpina
Rund 800 m unter dem Graubündner Dorf Sedrun liegt eine der beiden Multifunktionsstellen, die während des Betriebs u. a. als Nothaltestelle dienen werden. Seit dem Jahr 2000 wurde unter dem Namen Porta Alpina die Idee lanciert, die Multifunktionsstelle Sedrun zu einem unterirdischen Bahnhof auszubauen. Damit könnte die Region Surselva eine schnelle Verbindung zu den grossen Zentren Basel, Zürich und Mailand erhalten, wodurch sie wirtschaftlich sehr gestärkt würde. Geplant wurde eine Erweiterung beider Tunnelröhren durch den Ausbruch von vier grossen Warteräumen (zwei pro Richtung, für je 240 Personen) und ein Umbau der für den Bau errichteten Liftanlage für den Transport von jeweils 80 Passagieren.
Falls die Realisierung während des Tunnelbaus erfolgen könnte, wurden Kosten von rund 50 Millionen Franken veranschlagt, um deren Aufteilung zwischen Bund, Kanton Graubünden, der Region Surselva und der Standortgemeinde Tujetsch gerungen wurde. Da die Tunnelbohrausrüstung 2006 abgebaut werden sollte, wurden zunächst 15 Mio. Franken an Ausgaben für den Rohbau der Wartehallen bewilligt, der zügig erfolgte und im März 2007 abgeschlossen war. Doch der Projektfortgang wurde im Mai 2007 gestoppt, als vom Bundesrat der Entscheid für die Hauptinvestition der Porta Alpina auf 2012 verschoben wurde. Dadurch wurde eine Fertigstellung zusammen mit dem Basistunnel im Jahr 2016 unmöglich. Umstritten war zu diesem Zeitpunkt, ob ein Zwischenhalt an der Porta Alpina den Güter- und Personenverkehr beeinträchtigen würde.
Eine spätere Fertigstellung ist mit höheren Kosten verbunden, was im September 2007 dazu führte, dass Kanton, Region und Gemeinde mit dem Hinweis auf das Kostenrisiko und das mangelnde Interesse der SBB die Weiterführung des Projekts ablehnten. Durch den fertiggestellten Ausbruch der Wartehallen