В течение XVI и XVII веков они сражались с ойратами и джунгарами, но сумели удержать свои позиции, и в 1771 году Аблай, правитель «Средней Орды», расположенной к западу от озера Балхаш, был утверждён правителем Китая и России. Однако российская экспансия, мотивированная стремлением приблизиться к Индийскому океану, вынудила киргиз-кайсаков уступить. Хотя некоторые Киргиз-кайсакские лидеры, такие как султан Кинесары, оказали яростное сопротивление (1837—1847 гг.), Русские достигли линии Сырдарьи к середине XIX века. Здесь можно обратиться к произведениям Василия Верещагина о «подвигах» русской армии в Средней Азии.
Узбекское Кокандское ханство было присоединено в 1876 году; Хива и Бухара стали протекторатами России в 1873 и 1868 годах соответственно. Завоевание Туркестана в последней четверти XIX века определило южную границу России (ныне Туркменистан) с Ираном и Афганистаном.
Русские завоевания в Средней Азии дали царям контроль над обширной территорией поразительного географического и человеческого разнообразия, приобретённой с относительно небольшими затратами людей и денег. Мотивы завоевания не были в первую очередь экономическими, Крестьянская колонизация девственных степей и систематическое выращивание хлопка были более поздними событиями. Факторы, определявшие наступление русских в этом районе, были сложными и взаимосвязанными. Они включали историческое притяжение границы, жажду военной славы со стороны офицерского корпуса и страх дальнейшего британского проникновения в Среднюю Азию через реку Инд, а также заразительную риторику империализма, присущую той эпохе.
С самого начала цели России как колониальной державы были строго ограничены: поддерживать «закон и порядок» с минимальными затратами и как можно меньше нарушать традиционный образ жизни своих новых подданных. Такому подходу способствовала удалённость местности и её изолированность даже от остального мусульманского мира. Маловероятно, чтобы почти полностью неграмотное население, его предрассудки сформированы продажным и обскурантистскими имамами (класс мусульманских богословов и учёных), могло оказать какое-либо согласованное сопротивление русскому присутствию, так оно и было. Русские, как и другие колониальные державы, действительно переживали периодические восстания, как правило, очень локального характера, но подавляющее военное превосходство, продемонстрированное русскими во время первоначального завоевания, неспособность жителей ханств оказать эффективное сопротивление и жестокость, с которой было решено последующее восстание или неповиновение, гарантировали минимальное сопротивление. Наконец, сохранив титульный суверенитет эмира Бухары и хана Хивы, они оставили значительную часть населения, особенно городские классы, наиболее глубоко преданные исламскому образу жизни, под властью традиционно настроенных мусульманских правителей.
В первой половине XIX века произошла очередная природная катастрофа: