За престол ожесточённо боролись две партии: сторонники воеводы Зборовского стояли за избрание в короли брата императора Священной Римской империи Рудольфа – эрцгерцога Максимилиана, про которого в Речи Посполитой ходили слухи, что его хотят избрать в цари московские бояре после смерти Фёдора Ивановича; сторонники канцлера Яна Замойского хотели видеть на престоле сына шведского короля Юхана III Вазы и Екатерины Ягеллонки (сестры бывшего польского короля Сигизмунда II Августа) королевича Сигизмунда. Будущий руководитель рокоша против Сигизмунда III магнат Миколай Зебжидовский в период бескоролевья был на стороне Яна Замойского и поддерживал Сигизмунда III.
«Обе враждующие стороны расположились двумя отдельными военными станами на левом берегу Вислы под Варшавой. А на правом берегу реки был лагерь 3-й партии, литовской, которая своим избранником выставила царя Фёдора Ивановича. Московское правительство было весьма озабочено возможностью избрания королевича Сигизмунда, который должен был наследовать после смерти Юхана III и шведский престол, соединив, таким образом, в своём лице обоих врагов России – Речь Посполитую и Швецию. Чтобы избежать этого, в Варшаву на избирательный Cейм было отправлено большое посольство во главе с боярином С. Годуновым, князем Ф. Троекуровым и дьяком В. Щелкаловым, которые должны были заявить, что в случае избрания на польский престол Фёдора Ивановича Литва и Польша будут пользоваться полным внутренним самоуправлением и, кроме того, Москва выплатит все долги, сделанные Стефаном Баторием во время подготовки к новой войне с Россией.
Русское посольство встретило в Варшаве самый радушный приём со стороны многочисленных сторонников русско-польско-литовского сближения, но крупной его ошибкой было то, что оно не привезло с собой денег. Радные паны прямо высказали послам своё недоумение по этому поводу. Но и без денег московская партия была очень сильна не только у литовцев, но и среди поляков, многие из которых высоко оценили поступок царя Фёдора Ивановича, отпустившего всех польских и литовских пленных без выкупа, и уже тогда осознавали выгоды объединения двух родственных славянских государств. Однако на собрании вельмож – «в рыцарском коле», когда дело коснулось уже конкретных условий, которые должен был выполнить русский царь, чтобы взойти на престол Польско-Литовского государства, дело застопорилось» (Богуславский В. В.). Поляки выдвинули требования, неприемлемые для московитов. Литовские вельможи ещё некоторое время настаивали на избрании Фёдора Ивановича, но вскоре и они отступились.
Строй православной церкви в Руси, подвластной Польше, был в печальном положении. Высшие духовные сановники, происходя из знатных родов, вместо того, чтобы, согласно православным обычаям, проходить лестницу монашеских чинов, получали свои должности не по испытанию, а по связям. Архиереи и архимандриты управляли церковными имениями со всеми привилегиями суда и власти светских панов своего времени, держали у себя вооружённые