Тут же нашлись люди, которые стали нашёптывать Сигизмунду III Ваза, что старый вельможа затмевает его личность, и тот стал выказывать своему канцлеру столь явное пренебрежение, что Замойский даже вынужден был удалиться от всех дел в своё имение. На дворце Замойского в Замостье красовалась надпись: «Польша – звезда шляхетства и свободы». Здесь бывший канцлер предавался исключительно трудам в области наук и искусства, литературы и поэзии, чем немало способствовал дальнейшему распространению в Речи Посполитой идей гуманизма. С удалением канцлера от двора в оппозицию к королю перешёл и сторонник Замойского – Миколай Зебжидовский, которому ещё предстояло в будущем немало попортить нервы королю Сигизмунду.
«Принцип свободы вероисповедания имел особое значение для Речи Посполитой – и не только ввиду присоединения населённых „схизматиками“ украинских земель, но и по причине бурного развития тут протестантства. Этот принцип провозглашали преемники Сигизмунда-Августа – Генрих Валуа, Стефан Баторий, Сигизмунд III» («История Украины: новый взгляд»). Обострение социальных противоречий во второй половине XVI века способствовало дальнейшему развитию реформационного движения в Литве, охватившего более широкие слои населения. Оно проникло и в среду простых горожан. Но католическая церковь не собиралась сдаваться. С помощью Ордена иезуитов она взяла в свои руки школьное дело и печать в Литве. «В стране разворачивалась деятельность иезуитов, которые направляли усилия на борьбу с реформацией. Параллельно они активно отстаивали идею церковной унии. Ей, в частности, была посвящена работа иезуитского проповедника Петра Скарги „Про единство Церкви Божией“ (1577), адресованная князю Василию-Константину Острожскому. На него, как и на других современников, она оказала заметное влияние» («История Украины: новый взгляд»). Отсутствие социальной базы для широкого реформационного движения в среде крестьянства и горожан позволило католической церкви уже к концу XVI века свести на нет влияние реформаторских идей на территории Речи Посполитой.
Несмотря на объединение Польши и Литвы, литовская шляхта ещё долгое время сохраняла стремление к государственной обособленности Великого княжества Литовского от Короны. Канцлер Великого княжества Лев Сапега стал инициатором создания важнейшего правового документа в Европе – третьего Статута Великого княжества Литовского, в котором нашла отражение его широкая эрудиция, государственно-правовая мудрость, позволявшая Сапеге находить компромисс между различными социально-политическими силами, группами и личностями. Когда на престол Речи Посполитой избирался новый король Сигизмунд из семейства Ваза, литовские представители в начале 1588 года выдвинули своё условие: он должен утвердить новый Литовский Статут, в котором провозглашалась фактическая независимость Литвы от поляков. 28 января 1588 года король утвердил этот важный для литвинов