протестантов в Литве стало заметно снижаться. Знать Великого княжества Литовского стала в массовом порядке возвращаться в католическую веру. Такому переходу способствовали умелая деятельность иезуитов, покровительство им со стороны королей, сближение литовской и польской знати, война с Московским государством и давление со стороны Османской империи, которые укрепляли патриотические чувства литовской шляхты. Борьба с московитами и турками рассматривалась как своеобразный крестовый поход, направленный на защиту западно-христианского мира от варваров-иноверцев.
В 1588 году канцлер Литвы Лев Сапега также перешёл в католичество, но при этом он продолжал отстаивать принципы веротерпимости. По этой причине во времена канцлерства Сапеги в Великом княжестве Литовском начала осуществляться идея унии между православной и католической церковью, в результате чего, однако, не произошло слияние двух христианских религий в одну, а возникло новое религиозное направление.
На территории Великого княжества Литовского успеху католической пропаганды способствовали беспорядки, которые в то время господствовали в жизни православной церкви. Исходя из существования практики «подания» (то есть раздачи церковных должностей светскими лицами, в ведении которых они находились), церковные должности нередко рассматривались лишь как источник доходов. Те же, кто получал их в погоне за «достатком мирским» и «властительством», часто не только не являли собой образец христианских достоинств, но и не придерживались наиэлементарнейших моральных норм – были, по выражению современника, не святителями, а «сквернителями». В этих условиях на защиту авторитета православия выступили городские организации – братства, которые создавались при приходских церквях. Энергичное вмешательство патриархии в дела местной церкви и явная поддержка Константинополем братского движения вызывали недовольство верхушки духовенства. Уния гарантировала им полное освобождение из «неволи константинопольских патриархов», и потому идея перехода под верховенство римского папы начала постепенно овладевать умами православных владык. Инициатива в этом деле принадлежала владыке Гедеону Балабану, которого на съезде в Белзе поддержали луцкий, турово-пинский и холмский епископы, письменно засвидетельствовавшие свою приверженность унии (1590). Их намерения были одобрены Сигизмундом III. Объединительная идея была резко осуждена в послании Василия-Константина Острожского, в котором он призывал к решительному отпору действиям владык, которые стремились к унии.
Ни в это время, ни в последующее, в развитии Великого княжества Литовского национальный фактор не играл ведущей роли по сравнению с религиозным и социальным. Главным для людей был не ответ на вопрос: «Кто ты – русский, литвин или поляк?», а проблемы иного порядка: «Кто ты – православный или католик? Шляхтич, чернец или быдло?».