С 1935 года «Аненербе» было поручено изучать всё, что касалось духа, деяний, традиций, отличительных черт и наследия «индогерманской нордической расы». Основной целью изучения древней германской истории было научным способом подтвердить превосходство арийской расы.
В 1937 году «Аненербе» переходит под полный контроль рейхсфюрера СС Генриха Гиммлера, который интегрировал это общество в СС, подчинив его себе как отдел по управлению концентрационных лагерей. С 1937 года штаб-квартира «Аненербе» стала находится в городе Вайшенфельд (Бавария). Общество действовало столь успешно, что в январе 1939 года Гиммлер включил его в состав СС уже как отдельную структуру, а его руководители вошли в личный штаб рейхсфюрера.
В дальнейшем общество получило в своё подчинение более полусотни исследовательских институтов, которые занимались поиском древних знаний, позволяющих разрабатывать новейшие технологии, управлять с помощью магических методов человеческим сознанием, проводить генетические манипуляции в целях создания «сверхчеловека». Сотрудниками «Аненербе» широко практиковались нетрадиционные методы получения знаний, когда подопытные с помощью галлюциногенных препаратов и наркотиков вводились в состоянии транса для установления контактов с «Высшими Неизвестными», или, как их называли, «Умами Внешними». Использовались и найденные с помощью «Аненербе» старинные оккультные «ключи» (формулы, заклинания и т.п.), позволявшие устанавливать контакт с «Чужими».
Учёные «Аненербе» добились достаточно весомых результатов и в других нетрадиционных областях знаний: в психотронике, парапсихологии, в использовании «тонких» энергий для управления индивидуальным и массовым сознанием и т. п. Солидное финансирование позволило привлечь к научным исследованиям многих первоклассных университетских ученых. По заданию руководства Германии археологами «Аненербе» были произведены раскопки укреплений викингов IX века, состоялись экспедиции в Тибет и на Ближний Восток, позднее осуществлялись исследования и охрана древних поселений и курганов в оккупированных южных частях Украины.
1 января 1939 общество «Аненербе» получило новый статус, которым на него были возложены научные изыскания в области медицины. В целях более тесной связи с военными нуждами рейха в обществе в 1940 году был создан «Институт прикладных военных исследований». С началом Второй мировой войны медицинские исследования нашли своё продолжение в экспериментах, непосредственно проводимых на людях в концлагерях Дахау, Аушвиц (Освенцим), Бухенвальд и других, особенно часто для проведения медицинских экспериментов, связанных с изучением поведения человеческого организма в экстремальных условиях, привлекали советских военнопленных. Медицинские эксперименты занимали важное место в «научной» работе Института прикладных военных исследований. Так, например, доктор Йозеф Менгеле из концентрационного лагеря Освенцим занимался проблемой