1586 года умер от инсульта пожилой Никита Романович Юрьев, один из регентов царя Федора, популярный в Москве боярин, поддерживавший Бориса Годунова, поручив его заботам своих детей. Воспользовавшись ослаблением противника, князья Шуйские и Ф. И. Мстиславский пошли в «наступление» и подняли в столице бунт, пытаясь скинуть, наконец, ненавистного временщика. Толпа бесчинствующих сторонников Шуйских ворвалась в Кремль и потребовала выдать им Годунова на расправу. Сообщение с внешним миром было прервано, и царь оказался в буквальном смысле заложником ситуации, в которой повел себя безукоризненно: он не выдал погромщикам Бориса Годунова. В конце концов, князю Ивану Петровичу Шуйскому пришлось собственноручно усмирять своих разбушевавшихся «сочувственников», так как нужного результата от царя он так и не добился, а поддерживать буйствующую чернь слишком долго было уже рискованно для самих князей. Толпу вывели из крепости, но Кремль, «затворившись», сел в мае в самую настоящую военную осаду.
Уже с первых месяцев царствования Фёдора Ивановича семейство Нагих активно участвует в мятежах и заговорах, почувствовав, что страх со смертью Грозного ушел, и наступило время перемен. Джером Горсей записал свои впечатления от приватной беседы с Борисом Годуновым летом 1586 года, когда тот вернулся из Англии: «Я был огорчён, услышав о заговорах родственников царицы, матери царевича Дмитрия и отдельных князей, объединённых с ним (Борисом Годуновым) в регентстве по воле старого царя, которых он, зная теперь свою силу и власть, не мог признавать как соперников»51. Соперниками на престол для царя Фёдора Ивановича могли реально быть князья Шуйские и Ф. И. Мстиславский, чьи права на тот момент выглядели куда более весомыми, чем у худородных Нагих, потому им приходилось входить в «политические альянсы» с теми или другими дворцовыми группировками.
В этом году противостояние Годунова и Шуйских достигло апогея – большая часть думы, выступавшая на стороне князей Шуйских, затеяла бракоразводный процесс царя Фёдора с царицей Ириной под предлогом бездетности брака. Был созван Земский собор во главе с митрополитом Дионисием, по итогам которого был написан «приговор», доставленный земцами царю. В нём рекомендовалось отпустить царицу в монастырь и «принять» второй брак, «чадородия ради». В невесты ему подобрали самую родовитую во всем государстве девицу – Ирину Ивановну Мстиславскую – родную сестру боярина Фёдора Ивановича. Но царь Фёдор неожиданно для всех проявил характер и категорически отказался разводиться, тем самым развязав руки Годунову, немедленно начавшего процесс против «изменщиков» -руководителей Земского собора: в сентябре были осуждены, а 13 октября 1586 года лишены сана и отправлены в ссылку митрополит Дионисий и его «собеседники», организовавшие этот земско-церковный собор. Неудавшуюся невесту срочно выдали замуж, но Шуйские и не думали сдаваться. Боярская оппозиция снова ответила беспорядками в Москве, начиная