Афанасий еще в раннем труде «Против язычников» раскрывает идею творения из ничего и ту пропасть, которая отделяет Бога от сотворенного Им мира. «Все сотворенное по сущности своей не имеет ничего общего со своим Творцом, ибо какое может быть сходство между тем, что произошло из ничего, и Творцом, из ничего созидающим это?» Он повторяет Божие Имя, названное Моисею: IHWH – Истинно Сущий. Бездну между Богом и миром принципиально нельзя преодолеть – никакое число посредников или эманаций не в состоянии это сделать, поэтому Христос единосущен Богу и, конечно, есть истинный человек одновременно. Отношение Отца к Сыну Афанасий старается пояснить в виде потенции и действия, хотя, говоря о рождении Сына, замечает: «Кто дерзает на подобные изыскания, тот безумствует, речью желая высказать неизреченное». Вместе с тем продолжает: «Сын-образ и сияние Отца, начертание и истина Его. Если есть свет, есть и образ – Его сияние».
Несмотря на непознаваемость и неизреченность Бога, Его дела в мире видны наблюдательному верующему. «Никто не смеет сказать, что Бог во вред нам употребил невидимость естества Своего и оставил Себя совершенно непознаваемым для людей. Напротив, он привел тварь в такое устройство, что будучи невидимым по сущности, доступен познанию из Своих дел, ибо Слово, распространенное повсюду, – все наполнило ведением о Боге. В мире на всей твари положены некий отпечаток и подобие божественной Премудрости и Слова, – и это сохраняет мир от тления и распада». Как тут не вспомнить уже упоминавшийся принцип analogia entis – подобие Сущего, – принятый в XIII веке на Латеранском Соборе. Здесь Афанасий хочет подчеркнуть двойственность твари: в ней присутствует текучая и распадающаяся материя и одновременно есть животворящая, упорядочивающая благодать.
К середине IV в. обострились споры по поводу сущности Святого Духа. Ариане объявляли Св. Дух, как и Сына, сотворенным по словам Афанасия, поскольку Св. Дух является источником освящения и приобщает сотворенные существа Богу, обоживая их, то «Он неотделим от Святой Троицы и единосущен Отцу и Сыну». Строго следуя Никейскому символу веры, Афанасий не допускает в Троице никакой иерархии различных ипостасей, хотя католики, вводя в символ filiogue, т. е. исхождение Св. Духа «и от Сына», что такую иерархию вносит, ссылались, в частности, на так называемый символ веры Афанасия. Однако этот документ, как выяснено теперь, появился только в конце V в. и св. Афанасию не принадлежит. Как Отец Церкви и практик св. Афанасий ряд работ посвятил православной антропологии. Его всегда занимали проблема происхождения зла и способы борьбы с ним. «Сначала не было зла, ибо и теперь нет его в святых, и для них оно не существует; зло – несущее, и нет порожденного творца зла». Бог зла не творил, все, сотворенное Им, – благо, но человек, созданный для добра, «стал потом сам против себя воображать злое». Зло есть удаление, отвращение человека от Бога, сосредоточение на самом себе, на своей плоти. Борьба со страстями – один из мотивов его знаменитого «Жития Антония», которое стало одним из