astus ta 1907. aastal kuueteistkümneaastasena, pärast esimest Vene revolutsiooni, kui paljud, kes olid toimunus pettunud, astusid vastupidise sammu – lahkusid parteist. Tema parteilised varjunimed olid Tjomka, Öökull, Üksildane ja Galuškin.
Nižni Novgorodis tutvus ta Maksim Gorkiga, kellega sõbrustas kogu elu.
Genrihh lõpetas eksternina kaheksa klassi, töötas põrandaaluses trükikojas ja astus Sormovos võitlussalka. Teoinimesena kippus ta anarhistide seltsi. Revolutsioonilise tegevuse eest arreteeriti ta 1911. aastal, kuid vabastati peagi. Ta sõitis Moskvasse õe Roza juurde, kes kuulus anarhistide parteisse, Moskvas elas Jagoda Galuškini nime all. 1912. aastal arreteeriti ta uuesti ja saadeti kaheks aastaks Simbirskisse politsei järelevalve alla.
Seejärel suundus Jagoda Petrogradi, töötas Putilovi tehase haigekassas, tegi kaastööd ajakirjale Voprossõ Statistiku. 1915. aastal võeti ta sõjaväkke. Jefreitor Jagoda teenis 20. laskurpolgus ja sai rindel haavata.
Pärast Veebruarirevolutsiooni tuli tagasi Petrogradi. Osales aktiivselt relvastatud oktoobriülestõusus, mille tulemusena bolševikud haarasid võimu. Novembris hakkas ta toimetama ajalehte Krestjanskaja Bednota.
1918. aasta aprillis saadeti energiline Jagoda Punaarmee kõrgema sõjaväelise inspektsiooni asjadevalitsuse juhatajaks. Ta viibis tihti Lõunarindel ja Kagurindel. Räägitakse, et Tsaritsõnis sai ta tuttavaks Staliniga, kes hindas noore mehe energiat, algatusvõimet ja ustavust. See asjaolu oli Jagoda elus määrava tähtsusega. Need, kes olid Tsaritsõnis Stalini lähikonnas, läksid karjääriredelil ülespoole. Nende seas ka Jagoda ning tema tulevane esimene asetäitja siseasjade rahvakomissariaadis Jakov Agranov.
Olles aastail 1919–1922 väliskaubanduse rahvakomissariaadi kolleegiumi liige, hakkas Jagoda samal ajal tööle ka Tšekaa eriosakonnas.
1920. aasta 29. juulil kinnitas Lenin ametisse Tšekaa kolleegiumi kolmteist liiget: Dzeržinski, Kedrovi, Petersi, Avanessovi, Ksenofontovi, Mantsevi, Medvedi, Lacise, Zimini, Messingi, Kornevi (Tšekaa vägede juhataja), Menžinski ja Jagoda. Dzeržinski ja Menžinski jõudsid surra oma surma. Ülejäänud hävitas Stalin.
Tšekaas, seejärel aga GPU-s ja OGPU-s oli ametkonna asjadevalitsejana töötav Jagoda Dzeržinski parem käsi. Ülemus hindas ja edutas teda. 18. septembril 1923. aastal määras ta Jagoda OGPU esimehe teiseks asetäitjaks. Genrihh Jagoda vahetas Menžinski enda välja ka GPU–OGPU eriosakonna juhataja ametis, seega hakkas ta jälgima korda sõjaväes. Hiljem hakkas ta Menžinski asemel juhatama juba kogu salajast operatiivvalitsust, sedasama, mis tegeles võitlusega nõukogudevastaste elementide vastu.
Armee ja sõjalaevastiku rahvakomissar Trotski, kes oli tuntud oma õelate hinnangute poolest, iseloomustas talle ette kandma tulnud uut eriosakonna ülemat nii: „Jagoda on väga täpne, liiga aupaklik ja täiesti ilmetu. Ta on kõhn, hallika jumega (tal oli tuberkuloos), lühikeste vurrudega, seljas sõjaväefrentš. Temast jäi püüdliku tühisuse mulje.”
Trotskiga oli tihti nii, et ta alahindas teisi inimesi. Jagoda polnud sugugi tühine mees.
Pärast Felix Dzeržinski surma määrati OGPU esimeheks Menžinski, kes oli kõige vanem ja kõige pikema parteistaažiga ja üldse kõige kogenum. Kuid Jagodast ei saanud mitte lihtsalt tema esimene asetäitja, vaid hoopis selle ametkonna tegelik juht. Tema tegeles kõigi praktiliste asjadega, juhtis kogu aparaati, sest ülemus oli tihti pikalt haige.
1930. aastal sai Jagoda teise Punalipu ordeni. Valge mere–Balti mere kanali ehituse eest sai ta veel ka Lenini ordeni.
Kuid tee ülesmäge polnud roosiline. Ka OGPU-s oli Jagodal arvukalt vaenlasi. Tema vastu astus esimehe asetäitja Mihhail Trilisser, kelle Stalin aga organeist ära koristas. Rahulolematust Jagodaga ilmutasid veel ka vastuluure osakonna ülema asetäitja Artur Artuzov, salajase operatiivvalitsuse ülem Jefim Jevdokimov ja välismaa osakonna ülem Stanislav Messing.
See avaldas Stalinile muljet. Jagoda positsioon muutus hapraks. 1931. aastal viidi ta esimese asetäitja ametikohalt üle teiseks asetäitjaks. Tema kohale määrati Ivan Akulov, kuid 1932. aasta lõpus lahkus ta organitest, ta saadeti Kiievisse Ukraina KP keskkomitee sekretäriks.
Stalin ei hellitanud oma tšekiste, kui need oli julgenud teda pahandada.
1932. aasta suvel kirjutas ta Kaganovitšile:
„Ei tohi jätta osutamata tähelepanu kuritegelikule faktile, et ei täideta KK direktiivi nõudeid OGPU ja luurevalitsuse lubamatu põrandaaluse tegevuse kohta Mandžuurias. Mingite korealastest diversantide arreteerimine ja meie organite seos sellega tekitab (võib tekitada) Jaapaniga uue konflikti provotseerimise ohu. Kellele seda vaja on, kui mitte nõukogude võimu vaenlastele?
Arutage seda Molotoviga ja rakendage karme vahendeid OGPU-s ja luurevalitsuses tegutsevate kurjategijate suhtes (väga võimalik, et need härrad on meie vaenlaste agendid meie endi keskel). Näidake, et Moskvas on veel võim, mis saab kurjategijate karistamisega eeskujulikult hakkama.”
Jagoda ei saanudki esimehe esimeseks asetäitjaks, kuid partei kongressil valiti ta KK-sse. See aga oli Stalini soosingu märk.
10. mail 1934. aastal suri südameinfarkti tagajärjel Menžinski. Kaks kuud, mil Jagoda ootas oma saatuse otsustamist, oli ta ebamäärases olukorras: sellele ametikohale vaagiti mitmeid kandidaate. Liikusid kuuldused, et OGPU uueks esimeheks saab poliitbüroo liikmekandidaat, varustamise rahvakomissar Anastass Mikojan, kellesse suhtuti suure lugupidamisega. Ta kõneles tihti tšekistidele, tema temperamentsed ja teravmeelsed esinemised olid populaarsed.
Veebruarist alates tegutses komisjon, mis kaalus julgeolekuorganite ümberkorraldamise erinevaid variante. Otsustati tõsta OGPU staatust. Kahe kuu pärast võttis Kesktäitevkomitee vastu määruse NSVL Siseasjade Rahvakomissariaadi (NKVD) moodustamise kohta.
NKVD oli eksisteerinud nõukogude võimu esimestest päevadest alates (Dzeržinski ise juhtis seda mõned aastad), kuid 1930. aastal oli rahvakomissariaat likvideeritud, et see juba nelja aasta pärast uuesti luua.
10. juulil kinnitati Jagoda siseasjade rahvakomissariks. See oli ülendamine. Struktuurilt erines NKVD OGPU-st küll vähe. Luurega, vastuluurega, vaenulike parteidega võitlemisega ja riigi kõrgema juhtkonna kaitsmisega tegelevad operatiivosakonnad ühendati Riikliku Julgeoleku Peavalitsuseks (GUGB).
Peavalitsusele juhatajat ei määratudki, selle operatiivtegevust juhtis rahvakomissari esimene asetäitja Jakov Agranov.
Kui loodi NKVD, siis arvasid paljud, et see samm tähendab julgeolekuorganite mõju vähenemist, sest see ei olnud enam iseseisev ametkond. Seda enam, et ka NKVD õigust represseerida oli kitsendatud: rahvakomissariaadile ei läinud üle OGPU õigus langetada kohtuotsuseid enamikus poliitilistes kohtuasjades. OGPU kohtukolleegium likvideeriti, NKVD pidi kõik juureldud süüasjad kohtusse saatma. Tekkis õiguskorra näiline võidukäik.
Näiteks oli Jagoda omapead, ilma keskkomitee sanktsioonita, andnud korralduse luua NKVD laagrites oblasti- ja kraikohtute osakonnad, mis pidid menetlema laagrites toime pandud kuritegusid. NSV Liidu prokuröri asetäitja Andrei Võšinski esitas selle otsuse peale protesti. Prokuratuuri tahtmisega arvestati ja poliitbüroo tühistas Jagoda otsuse. Kuid kõik see lõppes pärast Kirovi tapmist 1. detsembril 1934. aastal.
Jagoda kehtestas Riikliku Julgeoleku Peavalitsuse juhtivkoosseisule erilised auastmed – alates julgeoleku seersandist kuni riikliku julgeoleku esimese järgu komissarini. Tema juhtnööride alusel kavandati spetsiaalne vormiriietus ja eraldusmärgid.
Jagoda saavutas selle, et juhtivkoosseisu auastmed olid eluaegsed. Neid auastmeid sai ära võtta ainult kohtuotsusega. Ühtegi Riikliku Julgeoleku Peavalitsuse juhtivtöötajat ei tohtinud arreteerida ilma rahvakomissari eelneva loata. Nähtavasti arvas Genrihh Grigorjevitš naiivselt, et ta on sellega hoolitsenud ka enda tuleviku eest…
1935. aasta 26. novembril anti Jagodale Kesktäitevkomitee ja Rahvakomissaride Nõukogu otsusega riikliku julgeoleku kindralkomissari auaste, mis võrdsustati marssali auastmega. Partei XVII kongressil valiti ta keskkomitee liikmeks.
Jagoda nimi kõlas üle kogu