Михельсону было приказано упор делать только на оборону. Наступательные действия возлагались на Черноморский флот и балтийскую эскадру адмирала Дмитрия Николаевича Сенявина, крейсировавшую в Средиземном море в рамках Второй Архипелагской экспедиции, а также на русские войска, дислоцированные в Грузии. При этом следует отметить, что адмиралу Сенявину в 1807 году удалось разгромить турецкий флот в Дарданелльском и Афонском сражениях. Тем временем 17 июня 1807 года русский отряд численностью до 1000 человек переправился на правый берег Дуная, соединился с сербами и начал осаду крепости Неготин.
25 июня (8 июля) 1807 года Россия заключила с Французской империей Тильзитский мир, по которому она обязалась прекратить военные действия на Балканах. Вследствие этого 2 августа 1807 года было заключено с Османской империей Слободзейское перемирие. По условиям этого перемирия русские в течение 35 дней обязывались покинуть Дунайские княжества, возвратить остров Тенедос и захваченные у турок корабли. Турки же, сохранив всё ещё державшиеся крепости Измаил, Браилов и Журжу, обязывались не входить в княжества и прекратить военные действия в Сербии. Но император Александр I был крайне недоволен этим перемирием, шедшим вразрез с целью войны (приобретением Молдавии и Валахии), и приказал остановить начавшуюся уже эвакуацию войск из Дунайских княжеств. Состав Дунайской армии был удвоен прибытием из Польши четырёх дивизий и доведён до 80000 человек. Главнокомандующим русской армии вместо генерала Мейендорфа был назначен ветеран елизаветинских войн генерал-фельдмаршал Александр Александрович Прозоровский.
Осенью 1807 года в обстановке перемирия турецкий султан Мустафа IV предпринял попытку урегулировать отношения с сербами, предоставив им желанную автономию. Весной 1808 года сербы вступили в переговоры с властями Австрийской империи, но они закончились безрезультатно. В конце ноября 1808 года в селе Топола Карагеоргий был объявлен верховным правителем Сербии с наследственной властью.
Весь 1808 год прошёл в бездействии и переговорах. Россия начала войну со Швецией, а в Турции произошёл очередной переворот, в ходе которого Мустафа IV был низложен, а султаном провозглашён Махмуд II.
В Эрфурте в период с 27 сентября по 14 октября 1808 года прошли переговоры между Александром I и Наполеоном. Их результатом стало подписание союзного договора между Россией и Францией. При этом Наполеон, в ущерб интересам Турции, чтобы заручиться поддержкой России в блокаде Англии и назревающем конфликте с Австрией, согласился на приобретение Россией Молдавии и Валахии.
После этих переговоров Александр I повелел Прозоровскому вступить в переговоры непосредственно с Мустафой-пашой рущукским, ставшим великим визирем, и требовать от него уступки Молдавии и Валахии, а также протектората России над Сербией. Визирь уже было согласился на эти чрезвычайно выгодные для России условия,