1894 года он был спешно вызван из Кронштадта в Ливадию напутствовать умирающего императора Александра III.
В дневнике отец Иоанн оставил запись, как помазал императора перед смертью елеем от чтимой чудотворной иконы и старался облегчить его страдания: «…Государь Император выразил желание, чтобы я возложил мои руки на главу его, и я долго держал их. Государь находился в полном сознании, просил меня отдохнуть, но я сказал, что не чувствую усталости, и спросил его:
– Не тяжело ли Вашему Величеству, что держу долго руки мои на главе Вашей?
– Напротив, мне очень легко, когда вы их держите, – сказал он. Потом ему угодно было сказать: Вас любит русский народ.
– Да, – отвечал я, – Ваш народ любит меня».
В феврале 1895 года протоиерей Иоанн Сергиев был назначен настоятелем Кронштадтского Андреевского собора – до того он почти сорок лет служил в его штате одним из священников.
Все эти годы – от безвестности и репутации городского юродивого до всероссийской славы – образ жизни отца Иоанна оставался неизменным. Как всегда, он просыпался около четырех часов утра, после келейной молитвы ехал в Андреевский собор, где проводил богослужение, а примерно после полудня садился в карету и объезжал по приглашениям дома жителей Кронштадта или ехал в Петербург. Летом в столицу через Финский залив можно было добраться на пароходе, зимой – по льду на лошадях.
«Лицо было свежее, всегда с ярким румянцем, происходившем оттого, что отец Иоанн ежедневно, зиму и лето, во всякую погоду переезжал через море в Петербург и обратно», – поясняет близко знавший кронштадтского пастыря Я. В. Ильяшевич в своей книге «Отец Иоанн Кронштадтский» (изданной под псевдонимом И. К. Сурский).
Спал отец Иоанн мало, примерно три-четыре часа, питался скромно, хотя, как он сам говорил о себе, «никогда не показывал себя ни постником, ни подвижником».
Знаменитый профессор душевных и нервных болезней Иван Алексеевич Сикорский писал об Иоанне Кронштадтском: «Несмотря на свои шестьдесят три года, он выглядит человеком, имевшим не более сорока пяти лет: он постоянно бодр, свеж, неутомим. Недостаточный сон и крайнее напряжение сил, которое требует его сложная миссия, не только не оказывают вредного воздействия на его здоровье, но, по-видимому, только укрепляют и закаляют его на новые подвиги».
Во время Великого поста отец Иоанн отменял поездки в Петербург и по вечерам принимал исповедь в Андреевском соборе. Иногда исповедь длилась с двух часов дня до двух ночи с небольшими перерывами, но принять всех желающих просто физически было невозможно – люди ехали исповедоваться в Кронштадт к отцу Иоанну со всей России. С какого-то времени на правах настоятеля отец Иоанн ввел у себя в храме общую исповедь – новое и исключительное явление в русской церковной жизни.
«После полного окончания литургии батюшка обратился к народу со словом, главное содержание которого – призывание всех к покаянию. Говорил он около часа времени,