Стечение политико-экономических и географических факторов сделало интендансию Чаркас последним оплотом испанской монархии на материке. Подкрепленная незначительными контингентами кадровых войск ее милиция оказалась последней военной силой испанской колониальной империи в Южной Америке. Вследствие этого традиции освободительной армии оказались искусственно привнесенным на боливийскую почву. Более того, ее руководители настороженно относились к местной аристократии, поскольку большинство ее представителей либо прятались в горах, либо воевали на стороне испанцев. В соответствии с проектом Боливара ветераны А. Сукре должны были получить большие земельные наделы и пополнить элиту республики. Однако этого не произошло, поскольку отвыкшие от производительного труда военные предпочитали жить в гарнизонах и проматывать жалование и награды. Они быстро распродали свои наделы земельным спекулянтам и местным богачам.
А.Сукре определил первоначальный состав армии в размере трех батальонов пехоты, полков улан и артиллерии. Декретом от 24 июня 1826 года была создана военизированная национальная полиция, главной задачей которой стало обеспечение порядка в провинции. Боеспособность боливийской армии была достаточна для подавления восстания индейцев и мятежей. Нерегулярная выплата жалования и личные амбиции старших офицеров стали причиной военного путча в конце 1828 года. Не в силах справиться с мятежниками, Сукре обратился за помощью к перуанскому президенту Х.Ламару. Там за год до этого произошли аналогичные события. Экспедиционный корпус под командованием А.Гамарры и А.Санта-Круса вошел в пределы страны и получил широкую поддержку латифундистов, враждебно настроенных к иноземцам. Они обеспечили перуанские войска проводниками, продовольствием и фуражом. За считанные дни колумбийцы были разбиты и капитулировали. Оказавшись в полной зависимости от оккупантов, А.Сукре ушел с поста президента и уехал в Колумбию, а правителем Горного Перу (как иногда называли Боливию) стал перуанский военный губернатор генерал А.Санта-Крус. Воспользовавшись сложившейся ситуацией, Х.Ламар объявил о слиянии обеих Перу в единую республику.
Схожесть социально-политического статуса объединяла креолов Боливии и Перу, среди которых была популярна идея восстановления империи инков от Эквадора до Чили. На повестке дня стоял вопрос: «Кто станет центром объединения?». Уже через год он вновь стал актуален: войска А.Сукре и Флореса уничтожили армию Х.Ламара в Эквадоре и позволили Боливии восстановить независимость. Поражением своего патрона воспользовался генерал Андреас Санта-Крус-и-Калахумана, который целое десятилетие (1829-39 гг) управлял страной. Он сделал много для воссоздания боеспособной армии, численность которой достигла 5 тысяч человек. При нем была возрождена национальная полиция. В 1835 году диктатор учредил военный колледж (Colegio Militar). Создание эффективного военного механизма позволило А.Санта-Крусу реализовать свои амбиции: в том же году он вновь воссоединил Боливию и Перу в единое государство.
В