5 самолетов полка, остальные экипажи отбомбились по запасным целям. Вспоминая об этих днях, Семен Федорович Жаворонков отмечал: «В первом полете на Берлин много было взлетов неуверенных, почти опасных, и я глубоко внутренне переживал их. С каждым из них как будто отрывалась и уходила вместе с ними частица моего сердца. Кто знает, что их ждет в этом далеком и опасном полете на двухмоторных колесных самолетах над морем, затем над территорией противника и, наконец, над главным, хорошо защищенным логовом врага, каким являлась столица фашистского государства». Последний налет на фашистскую столицу был совершен 5 сентября. После оставления советскими войсками Таллина полеты с островов стали невозможны. Всего за 10 налетов на Берлин было сброшено 311 бомб. За руководство операцией С.Ф. Жаворонков был награжден орденом Красного Знамени. Семен Федорович руководил авиацией и при отражении массированных налетов на Ленинград. В ноябре 1941 года во время проведения Тихвинской оборонительной операции, часть морской авиации, по его указанию поддерживала оборонявшиеся советские войска. Он лично руководил воздушным прикрытием Ладоги, где проходила «Дорога жизни», единственная коммуникация, связывавшая блокадный город с Большой землей. С осени 1941 года одним из важных направлений деятельности Жаворонкова стала защита союзных конвоев, приходивших из Англии в Мурманск и Архангельск и отправлявшихся из этих портов обратно в английские порты. За первый период войны таких конвоев прибыло 20 и убыло 16. Официальным признанием заслуг морской авиации и ее командующего в тяжелый 1941 год стало присвоение четырем авиационным полкам гвардейского звания. С учетом опыта боевых действий генерал Жаворонков значительное внимание уделял техническому перевооружению, развитию организационного строительства и способов применения морской авиации. В 1942 году на вооружение авиачастей поступили штурмовик Ил-2, пикирующий бомбардировщик Пе-2, в истребительных частях стали преобладать машины новых типов Як-1, Як-7, Як-9, ЛаГГ-3, Ла-5 и Ла-7. В 1942–1943 годах, исходя из насущных требований войны, в составе авиации флотов были сформированы новые соединения – штурмовые и бомбардировочные (пикировочные) бригады. В январе 1943 года управление ВВС ВМФ было реорганизовано в Главное управление ВВС ВМФ, что повышало его статус в структуре Наркомата ВМФ (в мае С.Ф. Жаворонкову было присвоено звание генерал-полковника авиации). К лету все авиационные бригады ВВС флотов были переформированы в авиационные дивизии (минно-торпедные, истребительные, штурмовые, бомбардировочные). По инициативе Семена Федоровича истребительная авиация ВМФ была разделена на объектовую (прикрытие военно-морских баз и кораблей, транспортов на выходах в море и коммуникациях) и авиацию сопровождения бомбардировщиков и штурмовиков. При поддержке наркома ВМФ Жаворонков реализовал свою идею о «свободной охоте» торпедоносцев – крейсерских полетах одиночных самолетов-торпедоносцев. Проникая в открытое море
