С конца 50-х до первой половины 70-х годов профессорско-преподавательским составом и выпускниками академии было разработано и издано большое количество научных трудов. Особую ценность представляли научные труды профессоров В. М. Аничкова, М. И. Богдановича, Г. А. Леера, А. А. Непокойчицкого, М. И. Драгомирова, Н. В. Левицкого, Н. Н. Обручева, И. М. Зайцева, А. И. Макшеева, А. Е. Станкевича и других.
В ноябре 1862 года начальником академии был назначен генерал-майор А. Н. Леонтьев. Новый начальник не имел особых военных заслуг, но отличался большой работоспособностью, выдержкой и тактом. Он пользовался большим уважением в столичных военных кругах. Благодаря этому А. Н. Леонтьеву и его помощникам для академии удалось сделать многое. В частности, был улучшен подбор абитуриентов и созданы условия для их подготовки к вступительным экзаменам. Леонтьев добился того, что начиная с 1863 года в академию могли поступать только офицеры, прослужившие в войсках не менее четырех лет. При этом время пребывания в отпусках, прохождения службы в должности личных адъютантов и в других нестроевых должностях в срок строевой выслуги не входило. Зато преимущество отдавалось офицерам, имевшим боевой опыт и награжденным орденами.
М. Д. Скобелев и рассчитывал на это обстоятельство, когда по инстанции подавал рапорт о своем желании поступить в Николаевскую академию Генерального штаба в 1866 году. Рассматривался этот рапорт несколькими начальниками, и при отборе учитывались самые различные факторы. Но рапорт Скобелева ни у кого из них не вызвал возражений – сыграли свою роль «генеральская» фамилия и орден, полученный за бои в Польше.
С начала 60-х годов для подготовки к вступительным экзаменам абитуриентам, отобранным для поступления в академию, предоставляли четырехмесячный отпуск. Перед отпуском им вручалась программа приемных экзаменов, заблаговременно утвержденная военным министром, которая рассылалась в штабы военных округов и непосредственно в части. Получив эту программу и взяв отпуск, Михаил Дмитриевич основательно засел за учебники.
Вступительные экзамены принимались специальной комиссией, в состав которой входили не только начальник и преподаватели академии, но и представители Главного штаба. Отбор был очень строгим: в академию принимались лица, которые по итогам всех экзаменов набрали средний балл не менее 8 баллов при 12-балльной системе выставления оценок. Скобелев выдержал вступительные экзамены со средним баллом 9,4 и был зачислен слушателем первого курса этого высшего военно-учебного заведения.
В то время академия еще не имела собственного здания, а размещалась в большом служебном помещении, находившемся на Английской набережной, занимая всего девять комнат на его втором этаже. В двух комнатах размещались аудитории слушателей первого и второго курсов, третья, расположенная в самом центре фасада здания, предназначалась под конференц-зал. Остальные комнаты предназначались для