oli näha juba Meinhardi näitest, esines Liivimaal ka rahumeelseid katseid misjonit läbi viia ja heatahtlikku suhtumist kohalikesse. Olgu mainitud, et piiskop Albert püüdis saavutada üksmeelt venelastega, peamiselt läti ja vene vürstidega Jersikas ning Kokneses. Nii sõlmis ta 1205. aastal, leedulastest lähtuva ühise ohu taustal, Koknese vürsti Vjatškoga lepingu, mis pidi kindlustama kooseksisteerimise. Ent kui Daniel von Lennewarden, üks Alberti esimesi vasalle, käitus Vjatško suhtes agressiivselt, oli viimane sunnitud 1208. aastal oma väiksest vürstiriigist lahkuma, mis näitab vägivalla otsustavat osa tolleaegsetes suhetes.
Kohalike rahvaste vastupanu tulenes nende igati loomulikust soovist olla sõltumatu. Nad ei tahtnud kanda võõraste poolt peale pandud maksukoormat ega loobuda oma usulistest tõekspidamistest ning õiguslikest tavadest. Seejuures said nad sõjalist abi leedulastelt ja üksikjuhtudel ka venelastelt. Nii toetas Novgorod juba suures osas alistatud eestlasi 1223. aastal ülestõusus sakslaste ja taanlaste vastu. Ent endiselt tuli märksa sagedamini ette novgorodlaste ja pihkvalaste sõjakäike Ida-Baltikumi hõimude vastu, seejuures püüti kohalikke elanikke nüüd röövimise ja maksude väljapressimise kõrval ka teatava määrani alistada. Nii konkureerisid venelased vähemalt osaliselt sakslaste ja taanlastega võitluses Baltikumi pärast. Teisalt tungisid sakslased, eriti 1240.–1241. aastal, Novgorodi suunas, kavatsusega vallutada Loode-Venemaa alad. Tollastest vastuseisudest Baltikumi piirkonnas on kõige tuntum venelaste lahing Saksa orduvendade ja eestlastega Peipsi jääl 1242. aastal. Ehkki Novgorodi vürst Aleksander Nevski kohtas vaid suhteliselt väikest arvu vastaseid, kelle ta alistas, on seda sündmust Vene ajaloopildis mütologiseeritud, kujutades seda kui suurt võitu sissetungijate üle. Saksa-Vene konfliktide kõrval esines 13. sajandil ka vastastikust toetamist, näiteks juba 1210. aastal sakslaste ja pihkvalaste ühises tegutsemises eestlaste vastu. Eesti ajaloolane Anti Selart on ühes põhjalikus uurimuses näidanud, et Liivimaa ja Loode-Venemaa moodustasid tollal ühise tegutsemisruumi. Seejuures suhtusid liivlased õigeusklikesse venelastesse põhimõtteliselt nagu kristlastesse. Igal juhul sai Liivimaa sisemistes lahkhelides ühe populaarse vahendina poleemikas tavaks heita Vene poolelt toetust saanud vastasele ette üksmeelt uskmatutega.
Tõeliselt ohtlikeks, kristlikku Liivimaad korduvalt ähvardavateks vastasteks jäid leedulased. Ühele Leetu tunginud kristlikule vaenuväele, kuhu kuulusid mõõgavennad, muud ristisõdijad ja Pihkva venelased, tõid leedulased 1236. aastal Saule all kaasa nii valusa kaotuse, et Mõõgavendade ordu ei saanud tegevust jätkata. Ellujäänud orduvennad võeti vastu 1190. aastal Pühal maal rajatud Saksa ordu uude Liivimaa harusse. Saaremaa eestlased ja alates 1230. aastast järk-järgult alistatud kuralased raputasid pärast Saule lahingut saksa valitsejad oma turjalt maha. Samuti viis leedulaste suur võit Saksa ordu üle Kuramaal Durbe all 1260. aastal selleni, et saarlased, kuralased ja semgalid tõusid sakslaste vastu üles. Läks aega, enne kui leedulaste poolt toetatud kuralased 1267. aastal lõplikult alistati, ja alles 1290. aastal allutas Saksa ordu oma võimule semgalid. Üks osa Kagu-Latgalest läks alles 1312. aastal Polatski võimu alt lõplikult Saksa ordule üle.
Iseenesest üsna väike hulk sakslasi ja taanlasi koos oma kohalike abilistega saavutas pärast pikka võitlust edu põhiliselt tänu sellele, et Ida-Baltikumi hõimud olid killustunud ja nende järgjärguline alistamine osutus võimalikuks. Siinjuures tegutsesid katoliiklikud jõud pärast esialgseid konflikte sakslaste ja taanlaste vahel sageli ühiselt. Mõistagi mängis oma osa ka lääne sõjameeste tehniline üleolek relvastuses. Vapratel liivlastel, lätlastel ja eestlastel polnud nende ambudele, soomusrüüdele ja piiramismasinatele midagi võrdväärset vastu panna.
Vastupanu, mida Baltikumi hõimud 13. sajandil osutasid, tuleks hinnata kui võitlust oma vabaduse eest. Aga kas sellega on nende vastaste kohta kõik ära öeldud? Kristluse sügavama mõistmise ja sellest lähtuvate moraalsete arusaamade kohaselt on tollane mõõgamisjon mõistagi taunitav. Ent Liivimaa toonaste sündmuste üle ei tohiks otsustada üksnes tänaste mõõdupuude järgi, sest toimunu vastab tollastele käitumismustritele. Üheaegselt sakslastega ja juba enne neid võtsid ristisõdu Läänemere piirkonna idaosas ette ka skandinaavlased. Esimene Rootsi ristisõda paganliku Soome vastu toimus tõenäoliselt juba 1155. aastal.
Ka Saksa-Skandinaavia vallutuste tagajärgi kohalike elanike jaoks tuleb vaadelda diferentseeritult. Kohalikke ei jäetud mitte täielikult õigustest ilma, sageli sõlmiti nendega alistumislepingud ja pikka aega säilitasid nad oma isikliku vabaduse ning omandi, samuti õiguse relva kanda. Talupoegadelt nõuti küll kõrgeid andameid ja tööd, muu hulgas linnuste ja kirikute ehitamisel, kuid nende materiaalne olukord ei olnud väga hull. Ent alates 15. sajandist olid talupojad siiski pärisorjad, 1507. aastal kaotasid nad ka relvakandmise õiguse. Sotsiaalses ja majanduslikus mõttes ei erinenud nende olukord põhimõtteliselt saksa ja muude talupoegade omast Elbest ida poole jäävatel aladel, kus nagu Liivimaalgi kujunes välja teoorjusel põhinev mõisamajandus.
Ent samas tähendasid 13. sajandil tekkinud võimusuhted kohalikele elanikele siiski katastroofi, mis tabas nii üksikisikuid kui ka hõimude ja rahvaste elukäike. Neile suruti peale sõltuvus võõrastest ja vastumeelsed elutingimused. Nad olid kaotanud oma ülemkihi, kelle ellujäänud liikmed sulandusid talurahvasse või saksa vasallkonda. Alles 19. sajandi teisel poolel said eestlased ja lätlased asuda iseseisva poliitilise enesemääramise teele. Ent nende keel ja rahvuslus ei sattunud siiski ohtu, sest juurdetulnud sakslaste arv oli väike.
Liivimaa vallutamine sakslaste ja taanlaste poolt viis paljude väikeriikide tekkimiseni, millel oli iseseisev valitsus, sõltumatu välispoliitika ja oma sõjavägi. Esimese otsustava sammu selles suunas tegi juba piiskop Albert von Buxhöveden, kes asutas 1201. aastal Riia linna – kui oma residentsi, kirikliku keskuse, sõjalise tugipunkti ja kauplemiskoha – ning tegi samal ajal algust vasallidele maade läänistamisega. Niisiis püüdles Albert ka ilmaliku võimu poole. See oli tema jaoks arusaadav käitumine, sest Saksamaal olid paljud piiskopid varemgi omandanud ka ilmaliku võimu aladel, mis allusid juba nende vaimulikule jurisdiktsioonile, kuid ei pruukinud ilmtingimata kokku langeda nende diötseesiga ehk ainult vaimuliku võimu alla kuuluvate valdustega – niisiis olid neist saanud vürstpiiskopid. Oma võimu seadustamiseks andis Albert piiskopkonna üle Saksa kuningale ja Švaabimaa keisriks designeeritud Philippile, et too selle talle siis sealsamas läänistaks. See toimus 1207. aastal ühel õuepäeval kas Sinzigis või Gelnhausenis.
1220. aastatel tekkis Liivimaale veel kaks vürstpiiskopkonda. Albert nimetas oma venna Hermanni esmalt Lihula piiskopiks ja pärast seda, kui sakslased olid Tartu vallutanud (1224), Tartu piiskopiks. 1225. aastal suutis Hermann veenda kuningas Heinrich VII andma regaale nii temale kui Albertile, nende piiskopkondi aga hakati nimetama „markideks”, niisiis keisririigi piirialadeks. 1228. aastal, pärast seda, kui Saaremaa oli alistatud (1227), lisandus Saare-Lääne piiskopkond, mis asus osaliselt saartel, osaliselt Mandri-Eestis. Ka sealne esimene piiskop Gottfried võttis oma piiskopkonna Heinrich VII-lt vastu läänina. Kõigil neil juhtudel tuli algatus läänistamiseks Liivimaa poolt ja selle tagajärjeks ei olnud Saksa riigi poolne võimuhaaramine. Hilisemad allikad aga kinnitavad, et liivimaalased pidasid end Saksa-Rooma keisririigi alamaiks ja teised võimud tunnustasid keisri ülemvõimu nende üle.
Juba aastal 1207 nõudis Mõõgavendade ordu Riia piiskopilt oma valitsuse alla ühe kolmandiku igast juba võidetud ja veel vallutatavast maast. Ta sai selle osa mitte ainult Riia diötseesist, vaid hiljem pisut teises mahus ka Tartu ja Saare-Lääne diötseesidest. Piiskopid jäid ka vastavate ordualade ülemkarjasteks; ülejäänud piiskopkondi, kus piiskoppide käes oli nii vaimulik kui ka ilmalik võim, nimetati stiftideks, nagu Saksa-Rooma riigis tavaks.
Mõõgavendade ordut juhtisid ordumeister ja üldkapiitel, kes osales oluliste otsuste langetamisel. Ordu võim toetus kuuele konvendilinnusele Riias, Tallinnas, Võnnus (Cēsises), Viljandis, Siguldas ja Aizkraukles, mis olid nii sõjalise kui ka majandusliku võimu keskused. Üks ordu probleeme oli see, et tal polnud Saksamaal piisavat baasi võitlejate värbamiseks. Seetõttu üritati mõõgavendi juba alates 1230. aastate algusest ühendada Saksa orduga, mille arengule olid tugevalt kaasa aidanud paavstid ja Hohenstaufenid ja mis tegutses tol ajal aktiivselt naabruses asuval Preisimaal. Ent Saksa ordu kõhkles Liivimaa soovidele vastu tulemast, sest tal tuli pidada ettenägematu pikkusega võitlust preislastega ning Liivimaal olid konkurendid piiskoppide