olid saanud leedulastelt 1236. aastal ülalmainitud valusa kaotuse lahingus, kus langesid ordumeister Volquin ja ligikaudu viiskümmend orduvenda – peaaegu pool nende koguarvust. Juba järgmisel aastal kuulutas paavst Gregorius IX Viterbos välja ellujäänud mõõgavendade liitmise suuremate ordudega ja varsti pärast seda siirdus kuuskümmend Saksa ordu rüütlit Liivimaale. Liivimaa orduriik jäi Saksa orduriigist Preisimaal põhilises osas sõltumatuks, kuigi Preisimaal Marienburgis (Malbork) oli alates 1309. aastast ametis ordu kõrgmeister, samal ajal kui Liivimaal oli vaid maameister.
Saksa ordu Liivimaa haru mängis kuralaste alistamisel märkimisväärselt suurt rolli ja paavsti legaat Guillelmus Modenast andis ordule 1245. aastal kaks kolmandikku Kuramaast, äsjaloodud Kuramaa stiftile seevastu jäi vaid üks kolmandik. Seega võeti eeskuju Preisimaast, kus piiskoppide valduses olid vaid suhteliselt väiksed alad. Preisi piiskopkondade (v.a Ermland) eeskujul olid piiskopid koos Kuramaa toomkapiitli liikmetega ühtlasi ka Saksa ordu preestervennad, niisiis sellega liitunud. Sel moel tekitatud sõltuvuse tõttu ordust polnud Kuramaa piiskopkonnal tollal iseseisvat poliitilist tähendust.
Liivimaal ei võidelnud võimu pärast mitte ainult need neli mainitud stifti ja orduriik, vaid pärast 1219. aastat, mil kuningas Valdemar II oli alustanud Põhja-Eesti vallutamist, oli lisandunud ka üks Taani valdus. Selle Taani territooriumi üle valitses kuninga asehaldur, kes resideeris eestlaste Lindanise linnuse kohale rajatud Toompea lossis. Asehalduriteks olid sel valdusel enamasti taanlased, aga vasallid olid suuremalt jaolt pärit Põhja-Saksamaalt. Viimased moodustasid peagi korporatsiooni, kellel oli juba 1284. aastal oma pitsat. Piiskopid, kelle Taani kuningas Tallinnas ametisse määras, allusid Lundi peapiiskopkonnale ja vastavalt Taanis valitsenud korrale ei olnud neil oma territooriume.
Kõigi maahärrade kohta kehtis kord, et nende sissetulekud koosnesid kümnisest või seda asendavast maksust ja talupoegadest alamate kohtumaksudest. Esialgu elasid vasallid maahärrade linnustes ja said talupoegade maksudest oma osa kätte, umbes 1270. aastast võisid nad kaaluda neile ette nähtud maa-alale elama asumist ja sealsete talupoegade tööjõu kasutamist. Piiskopid, kes olid oma ilmalikult valitsetava territooriumi ülemhaldurid, määrasid vastavaks piiratud ajavahemikuks ametisse „stiftifoogtid”, kelle nad värbasid oma arvukate vasallide seast. Linnused ja maahärrade isiklikud majapidamised täitsid piirkondlike halduskeskuste ülesannet ja neid juhtisid haldusametnikud, Saksa ordu puhul linnuses elavad komtuurid või foogtid, niinimetatud käsknikud.
Vallutuste ja maa jagamise tulemusena kuulus ordule 13. sajandi lõpul Liivimaal umbes 55 000 km2 suurune ala. Riia stift (alates 1255. aastast peapiiskopkond) seevastu hõlmas vaid veidi rohkem kui 18 000 km2, Tartu stifti alade suurus oli 9600 km2, Saare-Lääne stiftil oli see 7600 km2 ja Kuramaa omal 4500 km2. Taani kuninga Eestimaa hertsogkonna pindala oli 12 000 km2. Sellesse lõdvalt seotud riikide kogumisse olid sisemised konfliktid sisse kirjutatud. Sellegipoolest püsis Vana-Liivimaa riikide kooslus muutumatuna kuni 16. sajandi keskpaigani, kui jätta kõrvale Taani kuningriigi Eestimaa hertsogkonna müümine ordule.
Keskaegsel Liivimaal oli kakskümmend linna. See arv tundub väike, kui võrdleme seda ligikaudu saja linnaga naaberriigis Preisimaal või suisa 3000–4000 Saksa linnaga. Üldiselt langes linnastumise tase Euroopas ida suunas. Umbes pooled Liivimaa linnakogukondadest tekkisid juba 13. sajandil. Neist kolm kõige vanemat linna – Riia, Tallinn ja Tartu – olid kõige suuremad ja on tänase päevani kõige tähtsamad (kui mitte arvestada Tartu vahepealset langust). Kindlasti mõjutas nende linnade eriliselt soodne asend varustatuse ja kaugkaubanduse seisukohalt juba nende asukoha valikut ning soodustas edasist arengut. Nendest kolmest linnast said ka tähtsad poliitilised keskused.
Riia asub vaid 15 km kaugusel Läänemerre suubuva Daugava suudmealast. Oma ligi 1000 kilomeetriga kujutas Daugava endast võimsat tagamaad Riia kaubandusele. Oma nime sai linn väiksest Daugava lisajõest Rīgest (ehk Riia jõest), mis oli osaliselt ka uue rajatise piiriks. Tallinn omakorda asub suurepärase sadamakohana ühes Soome lahe abajas ning Tartu tekkis kohta, kus ristuvad Lõuna-Eestist Põhja-Eestisse viiv maantee ja laevatatav Emajõgi, mis suubub Peipsi järve, st viib Venemaale.
Riia asutamisega piiskop Alberti poolt 1201. aastal oleme tänu Läti Henriku kroonikale hästi kursis, ent Tallinna ja Tartu kohta meil täpseid andmeid ei ole. Mõlemad linnad võisid tekkida 1230. aasta paiku ja olla 13. sajandi keskpaigaks täiesti välja kujunenud. Igal juhul andis Taani kuningas Erik Adraraha Tallinnale 1248. aastal Lübecki õiguse, Tartu rae olemasolu kohta on tõendeid pisut hilisemast ajast.
Kuni 1328. aastani oli osa Liivimaast ka Klaipėda (Memel), mida tuntakse Preisi ja tänapäeval Leedu linnana, kuid selle rajasid Kuramaa piiskop ja Saksa ordu Liivimaa haru meister 1252. aastal. 13. sajandi teisel poolel lisandusid Eestis linnade hulka Viljandi, Uus-Pärnu, Haapsalu, Paide, Rakvere ja Narva, millest mõned said linnaõiguse siiski alles 14. sajandil. Kõik need linnad tekkisid maahärrade linnuste ümbruses. Esialgu väiksed linnad täitsid linnuste varustamise ülesannet ja moodustasid osa nende kaitsesüsteemist. Eriti silmatorkavaks muutub see niinimetatud „kilbil” asuvate linnade puhul (nagu Viljandi), mis olid oma müüridega otsekui eeslinnused.
Nagu mainitud, oli Baltikumis juba varakristlikul ajal asundusi, kuhu oli koondunud kaubandus ja käsitöö. Mõned teadlased on oletanud, et linnad olid olemas ka juba enne 1200. aastat. Nii väitsid Läti rahvuslikud ja nõukogulik-marksistlikud ajaloolased, et Riia oli olemas juba enne Saksa vallutust. Praeguste teadmiste valguses, mida kinnitavad värskeimad arheoloogilised tööd, tuleb vastavate asunduste puhul rõhutada pigem nende arengu järjepidevusetust kui järjepidevust. Tänapäeval on ka Läti arheoloogid kindlalt seisukohal, et 12. sajandil ei olnud Riia kohal keskusena toimivat asulat, ja kahe tollal seal paiknenud liivi küla areng 13. sajandi linnani ei kulgenud sirgjooneliselt. Ka Tartu puhul ei saa 11. ja 13. sajandi vahel juttu olla asunduste arengu järjepidevusest ning Tallinna all-linna (st linnuse jalamil asuva tegeliku linna) maa-alal puuduvad täielikult jäljed varasest asustusest. Sellega ei taheta öelda, et muinasaegse ja 13. sajandi asunduse vahel polnud mitte mingit seost. Kindlused, mille asupaikadesse tekkisid saksa linnad, rajati enamasti endistele linnusevallidele, mille ümbruses paiknesid osaliselt ka asulad. Linnaelanikeks ei saanud hiljem mitte üksnes Riia piirkonna liivlased, vaid nagu näitavad värsked arheoloogilised leiud, oli kohalike elanike osakaal varaste linnade elanikkonnas ka mujal suurem kui seni arvatud. Saksa vallutuste eelsete asunduste katkematut üleminekut 13. sajandi linnadeks ei ole aga kusagil täheldatud.
Mis puutub haldusesse ja seadustesse, siis kujutas saksa linn endast Baltikumis midagi täiesti uut. Alates 10. sajandist oli õhtumaades (sh piirkonniti Itaalias, Prantsusmaal, Saksamaal ja Hollandis) välja kujunenud vaba, ennast ise haldava kodanikkonnaga linnatüüp, mille sakslased kandsid üle Põhja- ja Ida-Euroopasse. Esimene linn Läänemere ääres, kus raad kehtestas niinimetatud raekorra, oli Lübeck, ja selle mudeli järgi viidi ka Riias, kus algul oli sõnaõigus maahärral piiskop Albertil, 1226. aastaks sisse kord, mille kohaselt valitses linna raad. Teised Liivimaa linnad järgisid Riia eeskuju.
Piiskop Albert andis Riiale linnaõiguse, mis kehtis sakslastele Ojamaal. Keskaegne linnaõigus reguleeris eraisikute õigussuhteid, majanduselu ja administratiivset korraldust linnakogukondades. Riia raad arendas Ojamaa õigust edasi, ent võttis 13. sajandi lõpul suuresti üle hoopis Hamburgi linnaõiguse. Sel viisil tekkinud Riia õiguse võttis üle enamik Liivimaa linnadest. Tallinnale ja 14. sajandil ka Rakverele ja Narvale andsid Taani kuningad aga Lübecki õiguse, et tõrjuda oma valitsusalal Riia võimalikku mõju. Eraldi kohtuastme läbimise Lübeckis – st õigusabi hankimise sealsest apellatsioonikohtust – võttis küll ette üksnes Tallinna raad.
Liivimaa linnades valitses pikka aega üldine kauplemisvabadus, mis meelitas kohale välismaiseid kaupmehi. Täiesti võrdsed õigused olid ka eestlastel, lätlastel ja liivlastel. Ent kestvalt ei suutnud nad kaugkaubanduses siiski läbi lüüa, sest saksa kaupmeestel oli enamasti rohkem kapitali ja paremad sidemed lääne tarnijate ning vahendajatega. Eemale tõrjuti ka skandinaavlastest ojamaalased, kes Saksa vallutuste eelsel ajal olid olnud kuralaste, liivlaste ja eestlaste tähtsad partnerid.
Varase Hansa külaliskaupmehed saabusid Liivimaale peamiselt elava kaubanduse ja tööndusega Vestfaalist ja Lübeckist. On iseloomulik,