кластерами с неопределенной внутренней структурой. По счастью, этих «трудных» генов в каждом геноме относительно немного.
Таблица 3–1. Классификация гомологичных связей генов: ортологи, паралоги и методы их определения.
Эволюционные связи генов:
• Гомология: гены, имеющие общее происхождение.
• Ортология: гомологичные гены, эволюционировавшие путем видообразования.
• Паралогия: гомологичные гены, эволюционировавшие путем дупликации.
• Ксенология: гомологичные гены, имитирующие ортологи, но образовавшиеся в результате горизонтального переноса гена из другой ветви.
• Паралогия, внутренняя и внешняя: паралогичные гены, возникшие в результате видоспецифической дупликации после (внутренняя) или до (внешняя) определенного события видообразования.
• Со-ортология: внутренне-паралогичные гены, совокупно ортологичные по отношению к генам другой ветви (из-за их общего происхождения в ходе видообразования).
• Ортологичная группа (КОГ): совокупность всех потомков данного предкового гена.
Изначально не вполне складная аббревиатура КОГ относилась к кластерам ортологичных групп (белков), чтобы обозначать соортологичные связи, вызванные дупликацией генов (см. табл. 3–1; Tatusov et al., 1997). Сейчас я предпочитаю расшифровывать КОГ просто как кластеры ортологичных генов, однако само по себе это сокращение остается чрезвычайно удобным для обозначения фундаментального свойства таких кластеров. Эта трехбуквенная аббревиатура широко используется в литературе, и я использую ее в данной книге в качестве сокращенного названия наборов ортологичных генов. Обычно каждый секвенированный геном более чем на 70 процентов состоит из генов, относящихся к КОГ (см. рис. 3–4). В эволюции генома, к которой мы обращаемся в этой книге неоднократно, эта величина представляется важной. Таким образом, существенное большинство генов в каждом геноме весьма консервативно, то есть представлено ортологами во многих далеко отстоящих друг от друга организмах.
Мультидоменные белки и сложность связей ортологов
В этой главе основной упор делается на рассмотрении взаимосвязи между стабильностью и изменчивостью в ходе эволюции. В настоящем разделе мы сосредоточим внимание на отдельных элементах белковой структуры, доменах и мультидоменной организации многих белков (Doolittle, 1995). Таким образом, мы заглянем по другую сторону генной эволюции, которая противостоит стабильности ортологичных линий, отмеченной ранее, и дополняет ее. Домен – центральное понятие в исследовании белков, и определение ему можно дать по меньшей мере на двух уровнях. По первому определению, домены представляют собой компактные элементы белковой структуры с характерными размерами около ста аминокислотных остатков. В этой главе нас интересуют родственные связи геномов, в частности ортология, поэтому необходимости