в геномах которых кодирующие нуклеотиды находятся в меньшинстве (см. рис. 3–7). В пересчете на один сайт, ограничения в компактных геномах, особенно у прокариот, на несколько порядков сильнее, чем ограничения в больших геномах многоклеточных эукариот. Белок-кодирующие последовательности и последовательности, кодирующие структурные РНК, подвержены наиболее сильным ограничениям во всех геномах. Подавляющее большинство белок-кодирующих генов, особенно у прокариот, имеют низкие значения Ka/Ks, что указывает на сильное давление очищающего отбора на эти последовательности (см. рис. 3–8 и предыдущую главу). В то же время во всех группах организмов существует значительная положительная корреляция между Ka и Ks, указывающая, что даже синонимические сайты в белок-кодирующих генах ограничены примерно в пропорции к ограничениям на несинонимичные сайты (Drummond and Wilke, 2008; см. также гл. 4). Учитывая, что прокариотические геномы почти полностью состоят из белоккодирующих генов со вкраплениями генов структурных РНК и коротких межгенных промежутков, в основном занятых разно образно ограниченными регуляторными регионами, эти компактные геномы содержат мало неограниченных сайтов. Заметным исключением являются псевдогены, редкие у большинства прокариот, но распространенные у некоторых паразитических бактерий, особенно растущих внутри эукариотических клеток, например Rickettsia или Mycobacterium leprae (Harrison and Gerstein, 2002). Геномы большинства вирусов еще более компактны, чем геномы прокариот, причем почти вся последовательность генома занята белок-коди рующими генами.
Рис. 3–8. Распределение отношения Ka/Ks в геномах прокариот и эукариот. Salinispora sp.: вычислено по ортологам в S. arenicola CNS-205 и S. tropica CNB-440 (актинобактерии). Homo sapiens: вычислено по ортологам в H. sapiens и Macaca mulatta (приматы). Значения Ка и Ks оценены с использованием программного обеспечения PAML (Yang, 2007). График в логарифмических координатах по оси абсцисс; ФПВ обозначает функцию плотности вероятности.
Рис. 3–9. Схематическая сводка эволюционных ограничений, действующих на различные классы геномных сайтов.
Одноклеточные эукариоты, напоминающие прокариот общей архитектурой генома, демонстрируют примерно одинаковые распределения эволюционных ограничений, хотя доля очевидно не подверженных ограничениям некодирующих последовательностей в их геномах несколько выше. Геномы многоклеточных эукариот (растений и особенно животных) являют собою разительную противоположность. Эти организмы имеют богатые интронами геномы с длинными межгенными промежутками; существенная, хотя и переменная часть этих некодирующих последовательностей, по-видимому, эволюционирует, не подвергаясь ограничениям. Доля нуклеотидов в геноме, подверженных эволюционным ограничениям, оценивается методами, основанными на критерии Макдональда – Крайтмана (см. табл. 2–2). Полученные оценки существенно отличаются даже между животными: у Drosophila около 70 процентов нуклеотидных сайтов в геноме, в том числе 65 процентов некодирующих участков, по всей видимости,