Guiteras presentó una apretada síntesis sobre la cosmovisión de San Pedro Chenalhó (1961), Verbitsky expuso los resultados de una comparación de las comunidades de la región bajo estudio desde el punto de vista de sus características corporadas, siguiendo los planteamientos de Nash y de Wolf (Verbitsky, 1961). Finalmente, McQuown presentó dos ponencias, una con un balance de los resultados de las investigaciones lingüísticas y otra en la que apuntaba los logros y los problemas pendientes del proyecto, pues para entonces estaban ya aprobados los presupuestos para la segunda parte de Man-in-Nature (McQuown, 1961a, 1961b).
El grupo director del proyecto, con McQuown a la cabeza, consiguió presupuesto para el tercer año de la primera etapa, e incorporó a tres estudiantes con financiamiento externo; se trataba de Esther Hermitte y Albert Wahrhaftig, antropólogos sociales, y Christopher Day, lingüista. Esther y Chris se instalaron en Villa Las Rosas, una comunidad tzeltal.
Durante la segunda etapa (1959-1962) el proyecto se extendió a toda la región tzeltal-tzotzil e incluso algunos de sus investigadores hicieron incursiones en la zona limítrofe con Guatemala, particularmente los arqueólogos y los lingüistas. Creció también el número de investigadores, tanto en el papel de coordinadores, como fue el caso del británico Julian Pitt-Rivers, como en el grupo de colaboradores mayenses en lingüística. En este último grupo se preparó a diez hablantes de diversas comunidades para escribir y leer su lengua, hacer transcripciones y generar textos para los lingüistas; el más hábil, según McQuown, fue Mariano Juárez de Aguacatenango; otros hablantes de tzeltal eran Alonso Méndez Ton y Pedro Jiménez Wakax, de Tenejapa; José Gómez López, de Oxchuc; Alberto Méndez Tovilla, de Villa Las Rosas, y Juan Álvaro, de Sivacá. Hablantes de tzotzil eran Antonio López Tzintán, alto funcionario de Zinacantán; Bartolomé Hidalgo Sabanillas, de Venustiano Carranza; Salvador López Castellano y Juan Méndez Tzotzec, de Chamula.
Junto con Pitt-Rivers participaron como coordinadores del trabajo de campo Guiteras y Muriel E. Hunt (antes conocida por su nombre de soltera, Eva Verbitsky). Robert M. Adams continuó como coordinador del equipo de arqueología y McQuown del de lingüística, además de ser el director general de todo el proyecto. Nuevos equipos se formaron para trabajar en las comunidades. En Venustiano Carranza se instalaron Michel Salovesh, antropólogo social; Díaz de Salas, antropólogo social de la ENAH, y Harvey Sarles, lingüista. En Sivacá trabajaron Manuel Zabala y Evangelina Arana de Swadesh, ambos de la ENAH; en Pinola, continuó Hermitte y se incorporó R. Radakrishnan, un estudiante tamil de lingüística; en Tenejapa me instalé para hacer una investigación etnográfica, y Brent Berlin, para lingüística; en Ocosingo, una pequeña ciudad del noreste de Chiapas poblada principalmente por ganaderos y comerciantes ladinos y antigua entrada a la selva, llevaron a cabo una investigación etnográfica Julian Pitt-Rivers y Charles E. Mann; en Bachajón hicieron trabajo de campo Guiteras y Roberta Montagú; finalmente, en Chiapilla, una antigua población chiapaneca asentada en la ribera del río Grande de Chiapas, también conocido como Grijalva, hizo trabajo etnográfico Lilo Stern, una estudiante inglesa y alumna de Pitt-Rivers.
En vista de la magnitud del proyecto se rentó una casa en el barrio de San Francisco, en San Cristóbal de Las Casas, y se contrató a un grupo de mujeres del barrio de Mexicanos para ocuparse de la cocina, la limpieza y la lavandería, pues en la casa residirían los colaboradores mayenses y los visitantes ocasionales a la ciudad. Allí se realizaron los seminarios de una semana en que se reunían todos los investigadores para presentar sus avances, o bien, como en el caso de los antropólogos sociales, para responder a los guiones temáticos que nos impartían los coordinadores. Entonces se generó una intensa actividad social, además del intercambio académico, entre los investigadores del proyecto. Nos reuníamos para comer, o acabábamos el día reunidos frente a la chimenea y cantando canciones, alentados por la guitarra de Michael Salovesh. Las canciones más frecuentes provenían de los republicanos españoles. Entonces se invitaba a cantar a doña Margot, la esposa de Pitt-Rivers, procedente de la aristocracia hispana y prima de Francisco Franco, quien declinaba el convite y, con gesto altanero, se pronunciaba del lado de los triunfadores de la guerra civil.
Se concretaron seis seminarios, dos en 1960 (en septiembre y en diciembre) y cuatro en 1961 (en marzo, junio, septiembre y diciembre); en todos ellos inevitablemente se cerraba la semana con una fiesta en la que se cenaba y se bebía en abundancia (al menos en las cuatro de 1961 en las que participé). A estas fiestas se invitaba a visitantes extranjeros que pasaban por la ciudad y a intelectuales chiapanecos como don Prudencio Moscoso, el cronista de San Cristóbal. Hicimos buena amistad con Juanito Hotchkiss y Nick Hopkins; otros lingüistas fueron Gerald Williams y Terry Kaufman. Como Manuel Zabala, el estudiante colombiano discípulo de Fernando Cámara, estaba con su esposa y tres pequeñas niñas, asistía brevemente, aunque yo tenía una buena amistad com él, establecida desde las aulas de la ENAH. En estas reuniones se tejió una muy buena amistad entre Esther Hermitte, Marcelo Díaz de Salas y yo, lo que me dio la oportunidad de visitar a ambos en las comunidades donde hacían sus investigaciones etnográficas, y de tomar fotos de sus amigos y colaboradores; incluso hice tomas de ellos mientras conversaban entre sí, dejando ver la calidez amistosa de sus vínculos.
Todos nosotros llevábamos un diario de campo y entregábamos una copia a los coordinadores, sobra cuya base hacían preguntas, comentarios o sugerencias; era el punto de partida para profundizar algunas cuestiones, como seguramente sucedió entre Esther y Cali Guiteras sobre el tema de la cosmovisión, particularmente con referencia a las manifestaciones diversas y particulares sobre el nahualismo, es decir, las relaciones entre la persona y lo que Esther llamó “sus coesencias”. En esta segunda etapa se diluyó la perspectiva funcionalista, estando ya ausente Manning Nash, y se abordaron más las cuestiones relacionadas con el simbolismo, particularmente sobre la visión del mundo. De este entorno temático resultó el sugerente trabajo de Díaz de Salas sobre las manifestaciones de los tzotziles de Venustiano Carranza (Díaz de Salas, 1963).
El Instituto Nacional Indigenista solicitó al director del proyecto un conjunto de colaboraciones para publicar un volumen en la serie de antropología social, en el cual se reunieron las contribuciones a la antropología mexicana; el libro fue editado por McQuown y Pitt-Rivers (1970), y contiene sendos artículos de Robert M. Adams y Philip Wagner, los cuales son traducciones de textos publicados en revistas de Estados Unidos; Edward Calnek y Esther Hermitte entregaron avances de sus respectivas tesis doctorales, en tanto que los lingüistas presentaron trabajos también relacionados con sus tesis, como fue el caso de Chris Day y Harvey Sarles, que trataban temas de sociolingüística, igual que McQuown. Nick Hopkins preparó un muy sugerente ensayo sobre la dialectología del tzeltal y el tzotzil. El libro abre con un ensayo conjunto de McQuown y Pitt-Rivers que incluye una descripción de los planteamientos del proyecto, particularmente en su segunda etapa, una enumeración de los integrantes que participamos en las investigaciones, señalando su estatus académico, y una referencia al financiamiento por las fundaciones de las que se consiguió el presupuesto.
Pitt-Rivers publicó en el referido volumen un ensayo sobre el contraste entre indios y ladinos en los Altos de Chiapas, en el cual destacaba aquello que compartían, es decir, su común base cultural establecida en siglos de convivencia, y que contrastaba con las distinciones que los oponían, porque eran remarcadas fuera por los propios sujetos o por la mayor parte de los estudiosos dedicados a las relaciones interétnicas en los Altos de Chiapas. Fue ésta la principal contribución de este antropólogo británico a los estudios del área (Pitt-Rivers, 1970). Por su parte, Roberta Montagu presentaba un ensayo sobre los tzeltales que vivían en las fincas del noreste de Chiapas, peones acasillados que mantenían su organización comunitaria. Este trabajo etnográfico se ha convertido en histórico, pues las movilizaciones agrarias de la segunda mitad del siglo XX y el levantamiento zapatista acabaron con estas antiguas formas de explotación de los campesinos tzeltales (Montagu, 1970).
El papel de los niños como mensajeros de los adultos en Teopisca fue el tema del ensayo de John Hotchkiss, una situación que revelaba mucho de la vida cotidiana de esta comunidad compuesta principalmente por ladinos, con la presencia de algunas familias tzotziles de reciente arribo (Hotchkiss, 1970). Gerry Williams y Duane Metzger presentaron un ensayo desde la incipiente antropología cognitiva, enfoque que también compartía Brent Berlin, dedicado a investigar los sistemas de clasificación de las plantas de la cultura tzeltal