Михайловна Юсупова еще почти 30 лет после смерти мужа жила в Спасском и управляла им. В ее распоряжении, как написано в «Экономических примечаниях» Московской губернии за 1766–1770 годы, в селе Спасском-Котово Воскресенского уезда значится «церковь каменная Спаса Нерукотворного Образа, господский дом деревянный, сад с плодовитыми деревьями».
В 1772 г. умерла одна из дочерей Бориса Григорьевича и Ирины Михайловны – Анна Борисовна Протасова. В связи с этим в северном Владимирском приделе около левого клироса под столом был устроен склеп, в котором она была погребена.
По смерти Ирина Михайловна была похоронена рядом с дочерью в склепе храма. Над прахом обеих были положены чугунные доски и поставлена мраморная урна. Так скромная усадебная церковь превратилась в родовую усыпальницу князей Юсуповых, которую позже хотела заменить Зинаида Николаевна Юсупова, построив с помощью архитектора Р. И. Клейна, перед революцией 1917 г. в Архангельском огромный мемориал «Колоннада» Храм-Усыпальницу, но не успев перенести в него прах никого из князей Юсуповых, ни из Спасского-Котово, ни из Петербурга…
Побродив по погосту, я зашел внутрь храма, благо он был открыт, служб не было, и я спокойно мог походить внутри, рассматривая современное состояние храма и подмечая старинные детали, которые сохранились сквозь глубь веков, надгробные чугунные две плиты в углу под клиросом точно оттуда. Зашла молодая служительница храма и начала убирать потухшие огарки свеч, я заговорил с ней и к моему удивлению, она неплохо знала историю храма и поделилась своими знаниями со мной.
Следующим владельцем имения стал сын Бориса Григорьевича и Ирины Михайловны, известный екатерининский вельможа Николай Борисович Юсупов. При нем усадьба Спасское-Котово вошла в апогей своей обустроенности в культурно-бытовом плане, в селе появился кирпичный завод. В 1820 г. в северо-западном углу четверика Спасского храма (центральной части) в склепе под полом была похоронена невестка князя Николая Борисовича, Параскева (Прасковья) Павловна Юсупова, урожденная Щербатова. Место захоронения также обозначено надгробной плитой. Сам князь Николай Борисович хотя и мало бывал в Спасском-Котово, пожелал здесь провести последние годы. Он был похоронен в 1831 г. за алтарем Владимирского придела. Через год его сын, хозяйственник, благотворитель и филантроп Борис Николаевич Юсупов, выстроил над могилой отца часовню-усыпальницу, она сохранилась до наших времен под шаровидным куполом-крышей на мусульманский манер. Когда умер Борис Николаевич в 1849 году, то он был похоронен рядом с первой любимой супругой Прасковьей Павловной в склепе четверика.
До 1850-х годов Спасская церковь имела только один придел, Владимирской иконы. В 1850 г. при Николае Борисовиче Юсупове, внуке одноименного вельможи, был составлен проект южного придела, в честь святителя Николая Чудотворца. Новый придел, освященный в 1853 г. значительно расширил пространство храма.
В 1859 г. Юсуповы устроили при храме богадельню во имя св. мученицы