Ebene gegenüber Paderborn wurde von Erzbischof Jaeger bereits im Februar 1945 eingeleitet.204 Nachdem er von den Beschlüssen der Jalta-Konferenz und der bevorstehenden Teilung Deutschlands in Zonen erfahren hatte, stattete er Propst Weskamm umgehend für die befürchtete Separierung mit weitreichenden Vollmachten aus. Diese einzusetzen war für den Fall vorgesehen, dass es dem Erzbischof unmöglich werden sollte, Kontakt zum Kommissariat aufnehmen zu können. Damit wurde die Loslösung des Kommissariates Magdeburg von der Erzdiözese Paderborn vorbereitet. Der nächste Schritt erfolgte 1949 mit einer Auflistung weiterer Vollmachten, zu einem Zeitpunkt, da sich die Trennung der Zonen verfestigt hatte und die doppelte Staatsgründung bevorstand.205 Die weitere Einschränkung der persönlichen Kontaktaufnahme und des pastoralen Austausches zwischen Paderborn und Magdeburg durch die SMAD wurde zu diesem Zeitpunkt bereits befürchtet.206 Infolge der politischen Neuordnung im Nachkriegsdeutschland sollte der Bereich Paderborn-Ost einen zweiten, eigenen Orientierungspunkt erhalten. Die Pastoral richtete sich zunächst weiterhin an Paderborn aus.207 Kirchenpolitisch aber wurden die Entscheidungen, die vom Berliner Bischof getroffen wurden, auch für das Kommissariat Magdeburg immer erheblicher. Doch die beginnende Exkorporation aus dem Erzbistum Paderborn ging nicht nahtlos in eine Einbindung in die Ostdeutsche Ordinarienkonferenz über. Die Verantwortlichen in Magdeburg versuchten, sich sowohl eine relative Selbständigkeit gegenüber dem Erzbistum als auch gegenüber der Ordinarienkonferenz zu erhalten.
In der gesamtdiözesanen Jugendpastoral des Erzbistums Paderborn wurde nach dem Krieg noch nicht zwischen dem Ost- und dem Westteil unterschieden. Folglich mussten die bischöflichen Richtlinien des Erzbistums Paderborn für die kirchliche Jugendseelsorge und Jugendorganisation vom November 1945 zunächst auch als Orientierung für den östlichen Teil gedacht werden,208 obwohl sie durch die politische Situation in der SBZ nicht umsetzbar waren, gingen sie doch von einer organisierten Form der Jugendarbeit, auch außerhalb der Pfarreien, aus.209 Bei aller pragmatischen und später formellen Verselbständigung des Kommissariates galt aber für die Jugendseelsorge im Kommissariat Magdeburg wenn möglich immer auch das, was in Paderborn an Anregungen erstellt wurde. Als Angebot für Paderborn-Ost wurden in den ersten Jahren immer auch die Jugendlichen des Ostteiles zu allen zentralen Aktivitäten des Erzbistums nach Paderborn oder Hardehausen eingeladen.
In der Anfangszeit des Neuaufbaues versuchten vor allem die Seelsorger des Kommissariates den Kontakt nach Paderborn nicht abreißen zu lassen. Man erhoffte sich dadurch, dass die Jugendseelsorge im Ostteil des Bistums belebt würde.210 Zugleich war es vor allem für die Diaspora wichtig, durch solche Kontakte das Einheitsbewusstsein unter der neu entstehenden Jugend in der Erzdiözese zu stärken. Die Verbindung aufrecht zu halten aber war von beiden Seiten nicht ohne weiteres möglich.211 Bis 1944 hatte der gesamtverantwortliche Diözesanjugendseelsorger von Paderborn, A. Reineke, jedes Jahr auch die Dekanate des Kommissariates Magdeburg regelmäßig für zwei Wochen bereist. In diesen beiden Wochen standen Kontakte und Schulungen mit den Jugendseelsorgern des Kommissariates und mit den Jugendhelfern auf dem Programm. Zugleich pflegte er einen regen Erfahrungsaustausch mit H. Aufderbeck.212 Diese Besuchsmöglichkeiten wurden ab 1945 dadurch erschwert, dass es nicht mehr möglich sein sollte, ohne mehr oder weniger gravierende Behinderungen in die sowjetisch besetzte Zone einzureisen. Zur Sorge vor den eventuellen Schwierigkeiten, die mit einer Einreise in die SBZ verbunden waren, kam für A. Reineke noch seine Doppelbelastung hinzu, zusätzlich zur Arbeit als Jugendseelsorger auch die Leitung des neuen Paderborner Jugendhauses in Hardehausen übernehmen zu müssen, die seine Besuche in den Ostteil des Erzbistums reduzierten. Die Beanspruchung durch beide Aufgaben machte es ihm schließlich unmöglich, dem Ostteil des Bistums die bisher gewohnte Aufmerksamkeit zukommen zu lassen. Folglich konnte auf offizieller Ebene in der Paderborner Jugendseelsorge dem Ostteil immer weniger Aufmerksamkeit geschenkt werden. Auch die Besuche anderer Geistlicher wurden aufgrund der vielfältigen Schwierigkeiten spärlicher. Dass ein solcher Austausch aber unbedingt stattfinden musste, war den Verantwortlichen in Magdeburg, W. Weskamm und H. Aufderbeck ein besonderes Anliegen,213 selbst wenn mit den Ungewissheiten einer solchen Reise in die SBZ und später in die DDR den Jugendseelsorgern viele Schikanen zugemutet wurden, bereits beginnend mit der Antragstellung von solchen Reisen.214
Nicht nur die politischen Umstände verschärften die Trennung zwischen Ost und West in den folgenden Jahren. Dass man mit Problemen im westlichen Teil des Erzbistums hinreichend ausgelastet war, ließ den Blick der Paderborner für das Kommissariat im anderen Teil Deutschlands unschärfer werden. In einem Referat, gehalten vor englischen und deutschen Kirchenführern in Herford am 21. Oktober 1946, vermerkte der Paderborner Diözesanjugendseelsorger Reineke die Jugendseelsorge des Kommissariates Magdeburg nur noch in einem Nebenabsatz unter der Überschrift „Jugend im russisch besetzten Raum“.215 Bereits ein Jahr später wurde in einem Bericht an den Apostolischen Visitator, Bischof Muench, über die Jugendseelsorge in Paderborn der Ostteil des Erzbistums nicht mehr erwähnt.216 Diese Beispiele zeigen, dass der tagespolitische Alltag Fakten geschaffen hatte, die alle wohlgemeinten Versuche des Zusammenzuhaltens relativierten.217 Im Ostteil des Erzbistums aber wurden die sich reduzierenden persönlichen Kontakte sehr vermisst.218 A. Reinekes Erleichterung ist in den wenigen Zeilen seines Rückblickes über seine Zeit als Jugendseelsorger für Paderborn-Ost deutlich zu spüren, in denen er von der Errichtung des Jugendamtes in Magdeburg berichtet. Denn mit dessen Selbstständigkeit wurde er von der Verantwortung für die Jugendseelsorge des Kommissariates quasi entpflichtet.219
Es gab aber neben der politischen noch eine weitere West-Ost-Trennung im Kommissariat Magdeburg. Je weiter östlicher und nördlicher die Gemeinden lagen, desto ländlicher war das Gebiet und umso verstreuter waren die katholischen Gemeinden. Der Austausch zwischen den Jugendlichen war abseits der Industrieregionen viel spärlicher. So wie das gesamte Kommissariat sich nach Impulsen aus Paderborn sehnte, so warteten der nördliche und der östliche Teil des Kommissariates auch auf Impulse aus der Jugendseelsorge der großen Städte Magdeburg und Halle.220 Vor allem die im Verlaufe des Krieges zerstörte Infrastruktur erschwerte diesen Austausch zusätzlich.
Angesichts der vielfältigen Schwierigkeiten entwickelte sich der Aufbau des Jugendamtes in Magdeburg nur sehr schleppend. Einfacher war es in Berlin, wo zunächst ein Jugendseelsorgeamt für die geteilte Stadt zuständig war und der Ostteil wegen der räumlichen Nähe direkt davon profitieren konnte. Noch bis 1948 war die Jugendseelsorge in Magdeburg an das Seelsorgeamt in Paderborn angegliedert, ohne groß davon profitieren zu können. Waren 1949 in den anderen Bistümern der SBZ bereits mehrere hauptamtliche Mitarbeiter eingestellt,221 verzögerten vor allem die Umstände der Bestellung des Jugendseelsorgers eine frühere personelle Ausstattung des Jugendseelsorgeamtes im Kommissariat Magdeburg. Diese Probleme wurden auch nicht mit der Errichtung eines eigenen Seelsorgeamtes für das Kommissariat behoben. 1948 wurde H. Aufderbeck zum Leiter des von ihm aufzubauenden Seelsorgeamtes222 für das Kommissariat Magdeburg berufen.223 Er genoss als anerkannter Pastoraltheologe und experimentierfreudiger Theologe einen über das Kommissariat hinausgehenden, aber nicht unumstrittenen Ruf.224 Seine Aktivitäten sollten mit dieser Berufung fortan nicht nur Halle, sondern dem gesamten Kommissariat zugute kommen.225 Auch in seiner Funktion als Seelsorgeamtsleiter lag ihm die Jugendseelsorge am Herzen. Bis zur Ernennung von J. Brinkmann zum hauptamtlichen Jugendseelsorger fungierten ergänzend zum Engagement von H. Aufderbeck noch zwei nebenamtliche Jugendseelsorger jeweils für die Mädchen- und Jungenseelsorge.
Die äußeren Rahmenbedingungen der damaligen Zeit zeigen, dass personell wie organisatorisch in den ersten Nachkriegsjahren der Aufbau der Jugendseelsorge sehr spontan, ohne entwickelte Konzepte geschehen musste und vor allem von der Persönlichkeit des Jugendseelsorgers vor Ort bzw. der überregional agierenden Seelsorger Aufderbeck und Schmidt abhängig war. Jugendseelsorge erfolgte in erster Linie lokal und nicht zentral, eher charismatisch und weniger amtlich sowie oft auf äußere Begrenzungen reagierend. Es war eine Pastoral, die von Pragmatik, Kreativität und Persönlichkeit der Seelsorger geprägt war, denen der Dienst an der Jugend ein Herzensanliegen war. Wie auch schon in Zeiten vor dem Krieg lebten die Jugendlichen in einem engen Kontakt mit den Seelsorgern. Diese versuchten nicht, die Jugendseelsorge zu klerikalisieren und ausschließlich an ihre Person zu binden. Die Jugendlichen selbst hatten Verantwortung