1976-1977 гг. А.Х. Касымжанов становится деканом философско-экономического факультета КазГУ, с 1977 по 1983 гг. – директором Института повышения квалификации преподавателей по общественным наукам при КазГУ, параллельно возглавляя кафедру истории философии университета вплоть до 1987 г. В этот период им были подготовлены и выпущены широко известные труды «О культуре мышления» в соавторстве с А.Ж. Кельбугановым, книга «Аль-Фараби», «Благодатное знание» (О Юсуфе Баласагуни) в соавторстве с Д.М. Мажиденовой, «Эстетические взгляды аль-Фараби». Будучи директором Института повышения квалификации, он приглашает многих известных философов в Алма-Ату, поэтому слушатели имели возможность присутствовать на лекциях известных ученых из Москвы, Ленинграда, Киева.
В 1987 г. А.Х. Касымжанов, взгляды которого в это время не совпадают с официальной оценкой декабрьских событий 1986 года, вынужден уйти из КазГУ. С 1987 по 1993 гг. работает профессором кафедры философии Алматинского зооветинститута. В это непростое для ученого и республики время Агын Хайруллович обращается к глубокому и многостороннему изучению казахской духовной культуры, организует Ассоциацию ученых «Ақыл», проводит международный семинар «Гумилевские чтения», привлекая к этой акции ученых из Венгрии, Германии, России.
В 90-е годы совместно со своей дочерью Сабиной издает небольшую, но емкую книгу «Духовное наследие казахского народа», которая содержит глобальную программу по изучению отечественной культуры. В ней подчеркнута мысль о том, что знания собственной истории и духовного самосознания чрезвычайно важны. В книге дается определение духовности как того стержня, «который позволяет народу выжить, отстоять свое право на существование». Эта большая тема была продолжена в ряде работ, среди которых должна быть выделена и книга «Қазақ» (1994). Эти труды, изданные небольшим тиражом, привлекли к себе внимание широкой общественности.
В 1993 г. А.Х. Касымжанов был приглашен в КазГУ на должность директора Центра аль-Фараби. Следует сказать, что ученый все эти годы продолжает свои исследования в области фарабиеведения. На сегодняшний день издано четыре монографии, в том числе и в переводе на арабский язык, десять брошюр, 30 статей, посвященных Абу Насру.
В 1995 г. в Оклахомском государственном университете планировалась новая учебная программа по культурологии Средней Азии. Так как никто в Оклахоме ранее не читал лекций на эту тему, нужен был консультант, который бы помог американским преподавателям в овладении этой областью знаний. В 1996 г. профессор Кит Оуэн Трибл подает заявку в фонд Фулбрайт на грант, чтобы пригласить Агына Хайрулловича в качестве «Scholarinresidence». Темами лекций казахстанского ученого в США были «Единство тюркских народов и Туркестана», «Древние корни политической традиции Средней Азии». Студенты узнали о великом вкладе Средней Азии в мировую культуру, о достижениях ее народов в области науки.
А.Х. Касымжанов был инициатором и одним из организаторов международной