було тогочасне чеське суспільство, яке всі свої сили витрачало на національну, та й то дуже часто суто формальну, боротьбу з німцями, не звертаючи уваги на застій у науці, хуторянство у громадських відносинах. І тому він пішов зі своїми публіцистичними працями та публічними виступами просто до народу і поступово зробився вчителем – спочатку пражан, а потім усього чеського народу. Але для цього йому довелося виграти «рукописну війну».
1817 року бібліотекар новозаснованого Чеського музею в Празі Вацлав Ганка знайшов в архіві маєтку (двору по-чеськи) Кралєво рукопис IX–X століття з віршами про славне минуле чеського народу. Наступного року невідомий надіслав Ганці відшуканий у Зеленій Горі ще один такий старовинний рукопис – уривок тогочасної поеми про легендарну, як уважалося доти, княгиню Лібушу. З Кралєдворського і Зеленогорського рукописів ясно витікало, що вже в IX–X століттях чеські землі мали надзвичайно високий, як на ті часи, рівень соціального і культурного розвитку. Коли німці, нинішні володарі Чехії, ще «жерли сирі жолуді», чехи вже були розвинутою нацією. Рукописи ці стали вагомими аргументами у боротьбі чехів за своє національно-культурне відродження. Навіть великий історик Палацький використав їх як історичні джерела, пишучи про старовинне чеське право. Зайве казати, що вони цитувалися в кожній читанці чеською мовою. Щоправда, деякі вчені, особливо німецькі, ставили під сумнів достовірність цих рукописів. Але це, безумовно, було викликано лише їхнім німецьким шовінізмом і чехофобією.
І ось у першому числі заснованого і редагованого Масариком журналу «Атеніум» 1886 року з’явилася стаття чеського славіста Яна Ґебауера «Про необхідність подальшого дослідження Кралєдворського та Зеленогорського рукописів», де дуже делікатно, несміливо ставилася під сумнів їхня ідентичність. Масарик же від імені редакції зобов’язався друкувати дальші дослідження Ґебауера.
Важко навіть уявити собі, який зчинився скандал. На той час існувало дві основні чеські партії – старочехи та молодочехи, які ворогували між собою в усьому, окрім опозиції до Відня. А тут чи не вперше вони об’єдналися. Причому основний удар було спрямовано не стільки проти Ґебауера, скільки проти Масарика. Старочеські «Народні лісти» в статті «Філософи самогубства» писали про Масарика: «Досить уже нам його наукової праці, хай собі шукає іншого народу… Іди, прилучися до ворога нашого, якому служиш, позабудь, що ти ходив чеською землею, ми тебе відлучаємо від нашого народу, як гидку болячку». У молодечеській же «Златій Празі» з’явилася ціла поема, «присвячена» Масарикові. «Я вірю, вас народила не чеська мати, а зла змія, – писав поет Гейдук, – що раз у раз прагне чеської крові у данину… Геть, наволоче, геть!» Домовласник-чех відмовив Масариковій родині у квартирі. Переляканий Ґебауер «захворів» і тижнями не виходив з дому. Але спокійний та усміхнений Масарик, який так само добре, як і Ґебауер, знав, що рукописи – фальсифікати, чи не силою добився від філолога дальших статей.